294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0782 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
289 aa  589  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  67.25 
 
 
295 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  48.08 
 
 
297 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.25 
 
 
294 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.6 
 
 
294 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.56 
 
 
292 aa  218  7e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.49 
 
 
288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.53 
 
 
283 aa  171  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  32.04 
 
 
283 aa  170  3e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 
290 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.62 
 
 
285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  37.55 
 
 
282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  35.21 
 
 
282 aa  158  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.84 
 
 
282 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.53 
 
 
289 aa  149  7e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  32.6 
 
 
295 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.46 
 
 
282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.33 
 
 
282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  32.6 
 
 
295 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  32.99 
 
 
290 aa  142  8e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  33.7 
 
 
293 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.8 
 
 
288 aa  132  6.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.8 
 
 
281 aa  125  8.000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  35.09 
 
 
268 aa  123  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.42 
 
 
293 aa  123  4e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.96 
 
 
275 aa  123  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.43 
 
 
283 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  36.9 
 
 
283 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.34 
 
 
290 aa  119  7.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.19 
 
 
297 aa  115  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.63 
 
 
283 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  34.43 
 
 
278 aa  103  4e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.41 
 
 
282 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.4 
 
 
262 aa  100  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  26.47 
 
 
270 aa  100  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.48 
 
 
264 aa  98.6  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  31.22 
 
 
295 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32 
 
 
295 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  42.06 
 
 
262 aa  92  9e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.49 
 
 
260 aa  85.9  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.92 
 
 
264 aa  85.9  7e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.31 
 
 
274 aa  85.5  8e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  32.93 
 
 
262 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  32.93 
 
 
262 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.93 
 
 
262 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  32.93 
 
 
262 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  32.93 
 
 
262 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  33.54 
 
 
262 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  31.93 
 
 
262 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  32.32 
 
 
262 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.1 
 
 
270 aa  79  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.06 
 
 
303 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  30.04 
 
 
285 aa  73.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  36.44 
 
 
263 aa  72.8  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  27.84 
 
 
250 aa  68.9  0.00000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  31.98 
 
 
256 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.96 
 
 
275 aa  66.6  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  35.16 
 
 
260 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5488  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.95 
 
 
285 aa  66.2  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.479008 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  28.08 
 
 
260 aa  65.9  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  35.16 
 
 
260 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  35.16 
 
 
260 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.71 
 
 
286 aa  64.7  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.65 
 
 
259 aa  64.3  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  26.67 
 
 
257 aa  63.9  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  33.59 
 
 
260 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  31.97 
 
 
259 aa  63.2  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  32 
 
 
299 aa  62.8  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.22 
 
 
310 aa  61.6  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  30.56 
 
 
271 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2682  xylose isomerase domain-containing protein  31.33 
 
 
258 aa  61.6  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  32 
 
 
260 aa  60.8  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  33.09 
 
 
258 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.2 
 
 
256 aa  60.5  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  33.61 
 
 
266 aa  60.1  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.31 
 
 
265 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.29 
 
 
288 aa  59.7  0.00000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5990  xylose isomerase domain-containing protein  28.38 
 
 
339 aa  59.3  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0730403  normal  0.114286 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  28.81 
 
 
258 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.83 
 
 
264 aa  58.5  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  28.81 
 
 
258 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  28.81 
 
 
258 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  30.77 
 
 
260 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  29.58 
 
 
264 aa  58.2  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  30.77 
 
 
259 aa  58.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  31.45 
 
 
262 aa  58.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  31.3 
 
 
265 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  25.64 
 
 
334 aa  57.4  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  27.8 
 
 
278 aa  57  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  26.4 
 
 
259 aa  57  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  28.23 
 
 
271 aa  57.4  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  31.2 
 
 
268 aa  57.4  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  32.06 
 
 
260 aa  57  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  30.53 
 
 
264 aa  57  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  26.55 
 
 
256 aa  56.6  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2228  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.31 
 
 
287 aa  56.6  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498591  normal  0.437814 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  27.97 
 
 
258 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  26.84 
 
 
254 aa  56.6  0.0000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  31.09 
 
 
258 aa  56.6  0.0000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>