More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0461 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  98.97 
 
 		 97 aa  189  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  87.63 
 
 		 97 aa  170  6.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  90.11 
 
 		 107 aa  164  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  75 
 
 		 98 aa  142  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  68.04 
 
 		 101 aa  133  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  67.01 
 
 		 101 aa  132  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  67.74 
 
 		 131 aa  131  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  67.71 
 
 		 99 aa  130  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  67.71 
 
 		 99 aa  130  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  67.71 
 
 		 99 aa  130  7.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  65.93 
 
 		 97 aa  120  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  67.03 
 
 		 102 aa  118  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  56.84 
 
 		 106 aa  108  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  58.95 
 
 		 99 aa  108  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 97 aa  107  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 97 aa  105  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 104 aa  68.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 74 aa  68.6  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 81 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  45.31 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 81 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 93 aa  62  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  47.44 
 
 		 81 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  45.68 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 81 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 81 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  43.28 
 
 		 69 aa  61.2  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 		 79 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 91 aa  59.7  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 73 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 73 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 73 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 81 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  47.69 
 
 		 68 aa  58.5  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  39.39 
 
 		 72 aa  58.2  0.00000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 233 aa  57.8  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  42.42 
 
 		 81 aa  57.8  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  47.14 
 
 		 81 aa  57.4  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  40 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 233 aa  57  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  41.54 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  50 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  42.19 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  41.54 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 91 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 81 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  41.54 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0415  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 88 aa  56.2  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187389  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  43.28 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  43.28 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  43.28 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  43.28 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  43.28 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  43.28 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 81 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  43.08 
 
 		 67 aa  54.7  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 106 aa  54.7  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1328  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000725972  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 88 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 86 aa  54.3  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 117 aa  54.3  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  37.68 
 
 		 75 aa  53.9  0.0000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 178 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 71 aa  53.9  0.0000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 71 aa  53.9  0.0000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 180 aa  53.5  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 178 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 185 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 94 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 78 aa  53.5  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 190 aa  53.5  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 185 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  40 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  40 
 
 		 190 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  40 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  40 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  40 
 
 		 190 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  40 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  40 
 
 		 190 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 68 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 68 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 89 aa  52.8  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 91 aa  53.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 101 aa  53.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 76 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 76 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 68 aa  52  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 77 aa  52.4  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 68 aa  52  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>