More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0259 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0259  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  665    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3911  LysR family transcriptional regulator  64.45 
 
 		 311 aa  394  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.954756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4290  LysR family transcriptional regulator  51.48 
 
 		 308 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0807  LysR family transcriptional regulator  53 
 
 		 310 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  38.61 
 
 		 312 aa  197  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  39.41 
 
 		 367 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 367 aa  196  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 312 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 353 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 312 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 351 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 351 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 351 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 351 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 351 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 351 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 351 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 351 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 349 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 349 aa  188  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 349 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 349 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  36.42 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 299 aa  179  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 		 300 aa  178  9e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4797  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 331 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0282773  hitchhiker  0.00000720419 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 300 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 312 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  35.56 
 
 		 355 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 302 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 298 aa  169  8e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  34.5 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 296 aa  165  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52930  transcriptional regulator  34.5 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4638  transcriptional regulator  34.5 
 
 		 314 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 313 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 313 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 313 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  35 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2278  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4120  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2866  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  160  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1305  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 322 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1894  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 324 aa  159  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  159  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5764  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 322 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  159  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 322 aa  159  9e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  159  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  34.35 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  34.35 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3493  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.911238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0937  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  34.35 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>