More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0143 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
413 aa  815    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  62.6 
 
 
416 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.56 
 
 
382 aa  372  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  41.84 
 
 
396 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.28 
 
 
418 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.28 
 
 
418 aa  310  4e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  42.86 
 
 
435 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  40.96 
 
 
381 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.96 
 
 
381 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  40.96 
 
 
381 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  40.96 
 
 
381 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  40.96 
 
 
381 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  40.96 
 
 
381 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  40.96 
 
 
381 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  43.26 
 
 
396 aa  303  5.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.55 
 
 
415 aa  301  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  40.69 
 
 
381 aa  301  1e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.31 
 
 
390 aa  301  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.63 
 
 
446 aa  300  4e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.15 
 
 
415 aa  299  5e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.12 
 
 
386 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  42.24 
 
 
396 aa  295  1e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.81 
 
 
416 aa  293  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  40.8 
 
 
418 aa  293  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.98 
 
 
407 aa  293  6e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.77 
 
 
410 aa  292  8e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
404 aa  292  9e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.67 
 
 
409 aa  291  1e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.29 
 
 
368 aa  291  1e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.12 
 
 
382 aa  290  2e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.48 
 
 
433 aa  290  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  43.17 
 
 
425 aa  290  3e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.55 
 
 
418 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.11 
 
 
434 aa  289  7e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.43 
 
 
389 aa  288  9e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.16 
 
 
388 aa  288  1e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  42.82 
 
 
420 aa  288  2e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.38 
 
 
406 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.45 
 
 
415 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.29 
 
 
413 aa  286  4e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.08 
 
 
407 aa  286  4e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.09 
 
 
406 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  41.13 
 
 
406 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.82 
 
 
424 aa  286  5.999999999999999e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.58 
 
 
406 aa  285  9e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.03 
 
 
395 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.64 
 
 
392 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.1 
 
 
407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.08 
 
 
407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.7 
 
 
394 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00125099  normal  0.9776 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.3 
 
 
413 aa  283  4.0000000000000003e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.8 
 
 
394 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.9 
 
 
387 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  40.84 
 
 
406 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  39.95 
 
 
544 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  39.95 
 
 
577 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.22 
 
 
411 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  39.95 
 
 
406 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.31 
 
 
393 aa  281  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  39.95 
 
 
406 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  39.95 
 
 
568 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  40 
 
 
393 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  39.95 
 
 
406 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  43.77 
 
 
421 aa  281  1e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  39.95 
 
 
406 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  40.36 
 
 
395 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  40.35 
 
 
406 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.96 
 
 
411 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  40.2 
 
 
406 aa  281  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  40.67 
 
 
390 aa  281  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
406 aa  280  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.16 
 
 
415 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.96 
 
 
406 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  42.38 
 
 
389 aa  280  3e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  40 
 
 
407 aa  280  4e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
426 aa  280  4e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  38.79 
 
 
381 aa  280  5e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.79 
 
 
381 aa  279  5e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  38.79 
 
 
381 aa  280  5e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
426 aa  279  6e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  41.33 
 
 
401 aa  279  6e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.9 
 
 
407 aa  279  7e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  40.21 
 
 
383 aa  279  7e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.29 
 
 
419 aa  279  7e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.9 
 
 
399 aa  278  9e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.31 
 
 
423 aa  278  9e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.15 
 
 
399 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  39.53 
 
 
422 aa  278  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.21 
 
 
406 aa  277  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
452 aa  277  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  39.2 
 
 
407 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.67 
 
 
422 aa  277  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  37.4 
 
 
393 aa  277  3e-73  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.21 
 
 
406 aa  276  4e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
407 aa  276  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1827  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.98 
 
 
445 aa  276  7e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125103  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1727  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.59 
 
 
405 aa  276  7e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.478605  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  41.79 
 
 
448 aa  276  7e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.21 
 
 
400 aa  275  8e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5243  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.08 
 
 
385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431214  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>