More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0069 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0069  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 
411 aa  813    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1999  D-amino-acid dehydrogenase  56.72 
 
 
403 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1545  D-amino-acid dehydrogenase  55.77 
 
 
406 aa  387  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1936  D-amino-acid dehydrogenase  56.2 
 
 
429 aa  370  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0466359 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4738  D-amino-acid dehydrogenase  56.47 
 
 
408 aa  366  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0700  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.78 
 
 
425 aa  318  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2001  D-amino-acid dehydrogenase  45.1 
 
 
416 aa  314  1.9999999999999998e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1385  D-amino-acid dehydrogenase  44.11 
 
 
401 aa  309  5e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.71736  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  44.55 
 
 
415 aa  302  9e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  45.23 
 
 
416 aa  300  3e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2074  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.26 
 
 
422 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00739126  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2589  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.08 
 
 
426 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5823  putative oxidoreductase  44.88 
 
 
416 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4441  D-amino acid dehydrogenase 2 small subunit  44.92 
 
 
417 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136724  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5290  D-amino-acid dehydrogenase  43.28 
 
 
413 aa  279  5e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2262  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.9 
 
 
425 aa  278  2e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.66021  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2467  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.82 
 
 
422 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.16 
 
 
432 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.12 
 
 
432 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0215  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  43.31 
 
 
415 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67150  putative oxidoreductase  44.5 
 
 
416 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54131  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2211  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  43.56 
 
 
415 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1933  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  43.56 
 
 
415 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1670  hypothetical protein  43.56 
 
 
415 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0305  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  43.56 
 
 
415 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1236  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  43.56 
 
 
415 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0948  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  43.32 
 
 
415 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  38.12 
 
 
417 aa  261  1e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0223  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  44.58 
 
 
445 aa  258  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.31 
 
 
418 aa  257  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  39.1 
 
 
436 aa  256  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  38.86 
 
 
436 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.68 
 
 
433 aa  255  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  38.05 
 
 
444 aa  254  3e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.82 
 
 
434 aa  251  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3716  D-amino-acid dehydrogenase  39.36 
 
 
429 aa  249  8e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.276162 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.02 
 
 
432 aa  249  9e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.56 
 
 
433 aa  247  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.53 
 
 
433 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 
428 aa  246  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  36.95 
 
 
418 aa  245  8e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.04 
 
 
434 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.28 
 
 
432 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.8 
 
 
432 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  36.41 
 
 
433 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.67 
 
 
434 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.8 
 
 
432 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.91 
 
 
428 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.91 
 
 
428 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.91 
 
 
428 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.08 
 
 
428 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.79 
 
 
434 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.56 
 
 
432 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.56 
 
 
432 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.56 
 
 
432 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  37.05 
 
 
443 aa  243  3.9999999999999997e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.79 
 
 
434 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  37.77 
 
 
434 aa  242  7.999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  37.1 
 
 
433 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0122  D-amino-acid dehydrogenase  38.48 
 
 
407 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.79375 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  36.6 
 
 
428 aa  241  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  35.96 
 
 
444 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  38.9 
 
 
419 aa  239  5e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.89 
 
 
417 aa  239  5.999999999999999e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.95 
 
 
433 aa  239  8e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.63 
 
 
434 aa  239  9e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.63 
 
 
434 aa  239  9e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.63 
 
 
432 aa  238  1e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  35.63 
 
 
432 aa  238  1e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.63 
 
 
432 aa  238  1e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.63 
 
 
432 aa  238  1e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  35.63 
 
 
432 aa  238  1e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.63 
 
 
432 aa  238  1e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.05 
 
 
428 aa  238  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2000  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.77 
 
 
435 aa  237  2e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.881788  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.38 
 
 
432 aa  237  3e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.05 
 
 
428 aa  236  4e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  35.95 
 
 
448 aa  236  4e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.15 
 
 
434 aa  237  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.15 
 
 
434 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.15 
 
 
434 aa  237  4e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.82 
 
 
428 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.82 
 
 
428 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.82 
 
 
428 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.82 
 
 
428 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.82 
 
 
428 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.82 
 
 
428 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.82 
 
 
428 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0948  D-amino-acid dehydrogenase  36.02 
 
 
435 aa  236  6e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.65 
 
 
417 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0158  D-amino acid dehydrogenase subunit  32.62 
 
 
443 aa  235  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000347437 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.25 
 
 
432 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.64 
 
 
421 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3877  D-amino-acid dehydrogenase  41.31 
 
 
398 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.52 
 
 
425 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.27 
 
 
435 aa  234  3e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.385338  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  36.09 
 
 
446 aa  234  3e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.83 
 
 
418 aa  233  3e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  36.09 
 
 
454 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.41 
 
 
434 aa  233  5e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>