More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0029 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  87.53 
 
 
391 aa  682    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
393 aa  803    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  80.56 
 
 
389 aa  624  1e-178  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  72.32 
 
 
389 aa  586  1e-166  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  70.83 
 
 
397 aa  559  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  35.19 
 
 
397 aa  214  1.9999999999999998e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  34.6 
 
 
397 aa  205  1e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
394 aa  169  9e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.58 
 
 
403 aa  137  5e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
385 aa  133  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.58 
 
 
410 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.52 
 
 
420 aa  126  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  25.4 
 
 
443 aa  99  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  25.75 
 
 
408 aa  97.8  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  27.33 
 
 
437 aa  95.9  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
403 aa  95.9  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.07 
 
 
424 aa  94  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 
387 aa  93.2  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
385 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
385 aa  92.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  24.85 
 
 
441 aa  92.4  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  26.55 
 
 
402 aa  92  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  27.25 
 
 
406 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  24.55 
 
 
441 aa  90.1  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.93 
 
 
426 aa  89.7  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.42 
 
 
438 aa  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  24.92 
 
 
427 aa  89.4  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
384 aa  89.4  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
387 aa  89.4  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  25.94 
 
 
442 aa  88.6  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
377 aa  87.8  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  24.14 
 
 
444 aa  87.4  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  26.01 
 
 
443 aa  87.4  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.45 
 
 
425 aa  87  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  24.34 
 
 
441 aa  86.7  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
398 aa  86.7  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.85 
 
 
445 aa  86.3  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  26.38 
 
 
410 aa  86.3  9e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.61 
 
 
426 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.98 
 
 
404 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.97 
 
 
429 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
386 aa  84  0.000000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
376 aa  84  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
411 aa  84  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  24.22 
 
 
428 aa  83.6  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.25 
 
 
429 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.71 
 
 
429 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.42 
 
 
407 aa  83.2  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
411 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 
459 aa  82.4  0.00000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25.61 
 
 
409 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.15 
 
 
445 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  26.88 
 
 
410 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  22.99 
 
 
426 aa  81.6  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
411 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
390 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
406 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 
410 aa  82  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  24.17 
 
 
386 aa  82  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25.84 
 
 
409 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 
410 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  23.69 
 
 
438 aa  80.9  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  25.07 
 
 
426 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
411 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
409 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  24.21 
 
 
392 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
392 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 
375 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
401 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.67 
 
 
392 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.63 
 
 
379 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  24.84 
 
 
389 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
411 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.47 
 
 
399 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  30.1 
 
 
409 aa  78.2  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  25.34 
 
 
440 aa  77.4  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 
406 aa  77  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.41 
 
 
397 aa  76.6  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 
453 aa  76.6  0.0000000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 
409 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  24.84 
 
 
426 aa  76.6  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 
385 aa  76.3  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 
435 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
382 aa  75.5  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
411 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  22.57 
 
 
444 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.1 
 
 
414 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
380 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.57 
 
 
444 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  23.08 
 
 
449 aa  74.3  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
377 aa  74.3  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  23.03 
 
 
388 aa  74.3  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
382 aa  74.3  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 
406 aa  73.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  23.66 
 
 
408 aa  74.3  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  31.62 
 
 
406 aa  73.9  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  23.39 
 
 
386 aa  73.9  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
368 aa  73.9  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  22.43 
 
 
446 aa  73.6  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  25.43 
 
 
377 aa  73.6  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>