30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET_De5S on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET_De5S  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  244  3.9999999999999997e-63  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00210959  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0002  5S ribosomal RNA  99.18 
 
 		 123 bp  234  4.0000000000000004e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000189718  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_55  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 118 bp  232  2e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000747481  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0040  5S ribosomal RNA  89.23 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0050  23S ribosomal RNA  89.23 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0046  5S ribosomal RNA  93.02 
 
 		 114 bp  61.9  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0058  5S ribosomal RNA  93.02 
 
 		 114 bp  61.9  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0037  5S ribosomal RNA  93.02 
 
 		 114 bp  61.9  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.10728 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0058  5S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.751089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0045  5S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.837643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0036  5S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.840936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0038  5S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0047  5S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0060  5S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6503  5S ribosomal RNA  90.7 
 
 		 119 bp  54  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6506  5S ribosomal RNA  90.7 
 
 		 119 bp  54  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4503  5S ribosomal RNA  90.7 
 
 		 119 bp  54  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4506  5S ribosomal RNA  90.7 
 
 		 119 bp  54  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0020  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 115 bp  48.1  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00562128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0052  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 115 bp  48.1  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.903426  normal  0.0492547 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0055  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 115 bp  48.1  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0551184  normal  0.899413 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0007  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 115 bp  48.1  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.146572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0047  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 		 117 bp  48.1  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0798933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0017  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 		 117 bp  48.1  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.711795  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0016  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 118 bp  46.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0061  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 114 bp  44.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0045  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 114 bp  44.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.490117  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0066  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 120 bp  44.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0008  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 120 bp  44.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.044416 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0051  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 115 bp  44.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.205109 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>