115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET1408 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET1408    100 
 
 		 1276 bp  2529    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000173103  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1215  transcription termination factor Rho  91.3 
 
 		 1275 bp  1641    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000539864  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1189  transcription termination factor  96.16 
 
 		 1275 bp  2133    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000172016  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1187  transcription termination factor Rho  91.01 
 
 		 1263 bp  113  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.481707 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2363  transcription termination factor Rho  83.89 
 
 		 1269 bp  105  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.016195  normal  0.176581 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2118  transcription termination factor Rho  84.85 
 
 		 1263 bp  103  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299268  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1123  transcription termination factor Rho  88.89 
 
 		 1263 bp  99.6  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.117933  normal  0.145069 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2135  transcription termination factor Rho  88.76 
 
 		 1263 bp  97.6  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0173843  normal  0.544833 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2248  transcription termination factor Rho  90 
 
 		 1263 bp  95.6  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.336797  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1031  transcription termination factor Rho  87.78 
 
 		 1263 bp  91.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0464905  normal  0.199586 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5130  transcription termination factor Rho  82.55 
 
 		 1263 bp  89.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0923516  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  83.72 
 
 		 1338 bp  89.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1365  transcription termination factor Rho  88.75 
 
 		 1263 bp  87.7  0.000000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0123945  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2375  transcription termination factor Rho  88.75 
 
 		 1263 bp  87.7  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1855  transcription termination factor Rho  88.75 
 
 		 1263 bp  87.7  0.000000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0042  transcription termination factor Rho  88.75 
 
 		 1263 bp  87.7  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2210  transcription termination factor Rho  88.75 
 
 		 1263 bp  87.7  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.171913  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1126  transcription termination factor Rho  88.75 
 
 		 1263 bp  87.7  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.722702  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  83.59 
 
 		 1455 bp  87.7  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2217  transcription termination factor Rho  87.95 
 
 		 1263 bp  85.7  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0809447  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1767  transcription termination factor Rho  87.95 
 
 		 1263 bp  85.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548344  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1740  transcription termination factor Rho  87.95 
 
 		 1263 bp  85.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.318458  normal  0.139414 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1824  transcription termination factor Rho  82.19 
 
 		 1269 bp  83.8  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.025276  normal  0.0977479 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  82.48 
 
 		 1248 bp  81.8  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6250  transcription termination factor Rho  87.5 
 
 		 1263 bp  79.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.156064  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1829  transcription termination factor Rho  87.5 
 
 		 1263 bp  79.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156095  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1444  transcription termination factor Rho  87.5 
 
 		 1263 bp  79.8  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.440911  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1853  transcription termination factor Rho  87.5 
 
 		 1263 bp  79.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344697  normal  0.110087 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3439  transcription termination factor Rho  89.83 
 
 		 1275 bp  69.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  81.68 
 
 		 1248 bp  69.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  87.32 
 
 		 1245 bp  69.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2806  transcription termination factor Rho  82.11 
 
 		 1263 bp  69.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0638  transcription termination factor Rho  85.54 
 
 		 1263 bp  69.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  82.11 
 
 		 1308 bp  69.9  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2402  transcription termination factor Rho  88.71 
 
 		 1290 bp  67.9  0.000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  81.97 
 
 		 1266 bp  67.9  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1308  transcription termination factor Rho  88.71 
 
 		 1263 bp  67.9  0.000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  87.88 
 
 		 1257 bp  67.9  0.000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  87.88 
 
 		 1257 bp  67.9  0.000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0037  transcription termination factor Rho  89.47 
 
 		 1260 bp  65.9  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.245355 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  81.4 
 
 		 1251 bp  65.9  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2830  H+transporting two-sector ATPase alpha/beta subunit central region  82.3 
 
 		 1239 bp  65.9  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0110893 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08060  transcription termination factor Rho  89.47 
 
 		 2139 bp  65.9  0.00000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2899  transcription termination factor Rho  81.67 
 
 		 1263 bp  63.9  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.321036  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 1260 bp  63.9  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0949  transcription termination factor Rho  85 
 
 		 1263 bp  63.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.545356 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0708  transcription termination factor Rho  83 
 
 		 1980 bp  63.9  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.310243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1362  transcription termination factor Rho  86.76 
 
 		 1299 bp  63.9  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.511014  normal  0.514608 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0056  transcription termination factor Rho  88.14 
 
 		 1257 bp  61.9  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.624347  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  88.14 
 
 		 1314 bp  61.9  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1282  transcription termination factor Rho  81.3 
 
 		 1293 bp  61.9  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0183251  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  81.15 
 
 		 1266 bp  60  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  79.12 
 
 		 1335 bp  60  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  83.72 
 
 		 1254 bp  60  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1356  transcription termination factor Rho  81.15 
 
 		 1254 bp  60  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00013646  hitchhiker  0.000000585861 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  83.72 
 
 		 1254 bp  60  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  87.5 
 
 		 1257 bp  56  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2638  transcription termination factor Rho  82 
 
 		 1263 bp  56  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.105772  hitchhiker  0.00838522 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2604  transcription termination factor Rho  82 
 
 		 1263 bp  56  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0157  transcription termination factor Rho  94.44 
 
 		 1260 bp  56  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  80.65 
 
 		 1266 bp  56  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2353  transcription termination factor Rho  87.5 
 
 		 2136 bp  56  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000144518 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  86.67 
 
 		 1260 bp  56  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  80.49 
 
 		 1260 bp  54  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0120  transcription termination factor Rho  80.49 
 
 		 1257 bp  54  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2620  transcription termination factor Rho  86.44 
 
 		 2190 bp  54  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0002  transcription termination factor Rho  88.24 
 
 		 1305 bp  54  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00303251  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0309  transcription termination factor Rho  94.29 
 
 		 1260 bp  54  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  80.49 
 
 		 1266 bp  54  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  84 
 
 		 1260 bp  54  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2469  transcription termination factor Rho  88.24 
 
 		 1260 bp  54  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  79.47 
 
 		 1248 bp  54  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  86.44 
 
 		 1557 bp  54  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  80.49 
 
 		 1266 bp  54  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  87.04 
 
 		 1248 bp  52  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  82.56 
 
 		 1314 bp  52  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  88 
 
 		 1260 bp  52  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000767102  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2668  transcription termination factor Rho  87.04 
 
 		 1269 bp  52  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.169241  normal  0.40239 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  88 
 
 		 1266 bp  52  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  82.56 
 
 		 1314 bp  52  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  86.21 
 
 		 2040 bp  52  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  96.67 
 
 		 1248 bp  52  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  85.48 
 
 		 1263 bp  52  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  92.11 
 
 		 2073 bp  52  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  90.24 
 
 		 1260 bp  50.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0262  transcription termination factor Rho  84.62 
 
 		 1251 bp  50.1  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  85.96 
 
 		 1266 bp  50.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1747  transcription termination factor Rho  85.25 
 
 		 1737 bp  50.1  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.179757  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2196  transcription termination factor Rho  86.79 
 
 		 1263 bp  50.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.430526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2358  transcription termination factor Rho  81.72 
 
 		 1263 bp  50.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.139464  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  90.24 
 
 		 1260 bp  50.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0180  transcription termination factor Rho  85.96 
 
 		 1260 bp  50.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0511  transcription termination factor Rho  85.96 
 
 		 1260 bp  50.1  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0322242 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  90.24 
 
 		 1260 bp  50.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4034  transcription termination factor Rho  85.96 
 
 		 1260 bp  50.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462931  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1295  transcription termination factor Rho  96.55 
 
 		 2253 bp  50.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.623564 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1500  transcription termination factor Rho  81.72 
 
 		 1263 bp  50.1  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  88.64 
 
 		 1260 bp  48.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3646  transcription termination factor Rho  93.75 
 
 		 2028 bp  48.1  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3999  transcription termination factor Rho  90 
 
 		 1260 bp  48.1  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>