More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET0962 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  100 
 
 
413 aa  856  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  77.37 
 
 
416 aa  675  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  76.64 
 
 
416 aa  666  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  42.96 
 
 
436 aa  305  9e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  36.82 
 
 
454 aa  296  5e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  39.66 
 
 
435 aa  282  8e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  2.21997e-06  hitchhiker  7.85503e-07 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  37.7 
 
 
436 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  36.83 
 
 
434 aa  276  3e-73  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  35.29 
 
 
450 aa  274  2e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  34.59 
 
 
450 aa  271  2e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  34.59 
 
 
450 aa  271  2e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  34.59 
 
 
450 aa  270  4e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  34.59 
 
 
450 aa  270  4e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  34.59 
 
 
450 aa  270  4e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  34.59 
 
 
450 aa  270  4e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.14 
 
 
430 aa  270  4e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  35.4 
 
 
434 aa  270  5e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  34.59 
 
 
450 aa  268  1e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.61 
 
 
450 aa  268  1e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  34.35 
 
 
450 aa  268  2e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  34.35 
 
 
450 aa  268  2e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  34.12 
 
 
450 aa  266  4e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.56 
 
 
438 aa  265  9e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  34.73 
 
 
451 aa  264  3e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  7.47616e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  35.51 
 
 
449 aa  263  6e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.68 
 
 
466 aa  260  2e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.62 
 
 
450 aa  260  3e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  35.43 
 
 
431 aa  259  4e-68  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.7 
 
 
434 aa  258  1e-67  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  34.25 
 
 
441 aa  255  8e-67  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.86 
 
 
434 aa  254  1e-66  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  37.16 
 
 
439 aa  254  2e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.67 
 
 
449 aa  254  3e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  34.2 
 
 
448 aa  252  9e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  34.2 
 
 
448 aa  252  9e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  32.64 
 
 
438 aa  250  3e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.29 
 
 
434 aa  250  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.1 
 
 
439 aa  249  5e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.94 
 
 
431 aa  249  9e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  33.18 
 
 
448 aa  248  2e-64  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.07 
 
 
434 aa  246  7e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.07 
 
 
434 aa  246  7e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  34.99 
 
 
446 aa  245  8e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.56 
 
 
427 aa  245  1e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.64 
 
 
444 aa  244  2e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.03 
 
 
435 aa  244  2e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  2.07484e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.62 
 
 
429 aa  244  3e-63  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  35.36 
 
 
437 aa  243  4e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.44 
 
 
432 aa  241  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.14049e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.53 
 
 
456 aa  238  1e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  4.54579e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.59 
 
 
438 aa  238  1e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.91 
 
 
449 aa  238  2e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.57 
 
 
417 aa  238  2e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  5.62047e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.97 
 
 
471 aa  235  1e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.47 
 
 
429 aa  234  2e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.66 
 
 
442 aa  233  4e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  33.41 
 
 
451 aa  233  5e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  2.10311e-07  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  32.4 
 
 
458 aa  232  1e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.24 
 
 
444 aa  232  1e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.72 
 
 
444 aa  231  2e-59  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.18 
 
 
409 aa  231  2e-59  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.83 
 
 
438 aa  231  2e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.56 
 
 
441 aa  230  4e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  34.86 
 
 
440 aa  229  8e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.74 
 
 
442 aa  228  1e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.75 
 
 
429 aa  227  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2352  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.81 
 
 
443 aa  221  1e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.4 
 
 
449 aa  221  2e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.72 
 
 
495 aa  220  4e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.54 
 
 
421 aa  219  5e-56  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.4 
 
 
425 aa  215  1e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.47 
 
 
451 aa  214  3e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.7 
 
 
441 aa  209  7e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  32.85 
 
 
446 aa  207  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.41 
 
 
411 aa  206  4e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.22 
 
 
453 aa  201  2e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  34 
 
 
452 aa  200  4e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0180  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.75 
 
 
434 aa  199  7e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  33.86 
 
 
440 aa  199  8e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0795  RNA modification enzyme, MiaB family  34.67 
 
 
423 aa  197  3e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.134555  normal  0.773593 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10340  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.16 
 
 
409 aa  197  3e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0729922  unclonable  1.67703e-09 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0689  RNA modification enzyme, MiaB family  33.98 
 
 
440 aa  196  7e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2198  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  31.05 
 
 
446 aa  196  8e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.972973  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1112  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  33.33 
 
 
444 aa  196  9e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  2.42644e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11680  RNA modification enzyme, MiaB family  31.27 
 
 
450 aa  194  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0952269  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  31.57 
 
 
458 aa  194  3e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3127  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.97 
 
 
440 aa  193  4e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00194876  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.31 
 
 
449 aa  192  8e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07660  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.43 
 
 
409 aa  192  1e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.738464 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  31.64 
 
 
470 aa  192  1e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0419  RNA modification protein  30.75 
 
 
456 aa  191  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.752325  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2355  RNA modification protein  29.9 
 
 
466 aa  190  3e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27690  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  32.11 
 
 
494 aa  190  3e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.751852 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2296  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.7 
 
 
441 aa  190  3e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00249706  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.06 
 
 
427 aa  189  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0820  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.54 
 
 
437 aa  188  2e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.696196  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1645  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.35 
 
 
410 aa  188  2e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.447021  hitchhiker  0.00298865 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.91 
 
 
467 aa  187  4e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  32.14 
 
 
427 aa  187  4e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  32.14 
 
 
427 aa  187  4e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>