More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET0945 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 		 294 aa  571  1.0000000000000001e-162  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  99.66 
 
 		 294 aa  570  1.0000000000000001e-162  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  97.62 
 
 		 294 aa  537  9.999999999999999e-153  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  45.42 
 
 		 295 aa  254  9e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  40.34 
 
 		 297 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  39.04 
 
 		 297 aa  221  9e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.7 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  37.67 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  42.56 
 
 		 292 aa  208  1e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  39.38 
 
 		 297 aa  201  8e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  39.65 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  42.37 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  42.37 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  37.76 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 297 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  43.05 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  37.54 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  38.23 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  38.26 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 290 aa  179  4e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.08 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.69 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.69 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 293 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.37 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  35.71 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4063  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 292 aa  167  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  37.07 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 293 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2359  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.538804 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  34.58 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 309 aa  155  6e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  33.91 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  34.73 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  30.24 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0031  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 309 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  31.07 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  30 
 
 		 338 aa  149  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 311 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  35.54 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 291 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 309 aa  145  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  36.1 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  31.92 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2378  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 319 aa  142  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  34.6 
 
 		 310 aa  142  7e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.6 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 309 aa  142  8e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.6 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.52 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  31.42 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  30.54 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>