234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET0549 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0549  exonuclease SbcC, putative  100 
 
 
859 aa  1733    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_490  DNA repair ATPase  95.34 
 
 
859 aa  1622    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0525  SMC domain-containing protein  80.68 
 
 
859 aa  1401    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0315541  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2951  SMC domain protein  32.48 
 
 
1031 aa  392  1e-107  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00128287  unclonable  0.000000102622 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1709  exonuclease SbcC  30.21 
 
 
1008 aa  369  1e-100  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3179  SMC domain-containing protein  39.13 
 
 
1023 aa  271  2.9999999999999997e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0019664  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0905  SMC domain-containing protein  36.85 
 
 
1022 aa  263  6.999999999999999e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.995306  hitchhiker  0.000299578 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4093  SMC domain-containing protein  35.8 
 
 
1022 aa  249  2e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.240758  normal  0.708538 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1257  SMC domain protein  36.45 
 
 
1019 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.861215  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3877  exonuclease SbcC  35.28 
 
 
1016 aa  201  7e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.371142  normal  0.0827458 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4561  exonuclease SbcC  30.45 
 
 
1007 aa  196  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3541  exonuclease SbcC  31.97 
 
 
1003 aa  195  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.757761  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0696  exonuclease SbcC  35.67 
 
 
1007 aa  188  4e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1142  SMC domain protein  37.5 
 
 
857 aa  185  3e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3111  exonuclease SbcC  30.43 
 
 
1008 aa  185  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3009  exonuclease SbcC  41.45 
 
 
1008 aa  183  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.291694  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  24.04 
 
 
906 aa  126  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0948  SMC domain protein  24.8 
 
 
789 aa  105  3e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.217826  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0961  SMC domain protein  24.8 
 
 
891 aa  94.4  8e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356641  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0711  SMC domain-containing protein  30.16 
 
 
994 aa  89.7  2e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00173757  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0772  SMC domain protein  32.26 
 
 
961 aa  88.6  5e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00238509  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1551  SMC domain-containing protein  27.6 
 
 
824 aa  87.4  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.875451  normal  0.721096 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1332  SMC domain-containing protein  27.95 
 
 
993 aa  85.9  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1495  SMC domain protein  32.35 
 
 
895 aa  85.1  0.000000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  30.53 
 
 
1042 aa  85.1  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0237  SMC domain-containing protein  28.63 
 
 
993 aa  84  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0769992  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2898  chromosome segregation protein  29.17 
 
 
891 aa  83.6  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0586  SMC domain-containing protein  26.86 
 
 
993 aa  82.8  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.594919  normal  0.0182683 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  28.83 
 
 
1155 aa  82  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  28.03 
 
 
910 aa  81.6  0.00000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  25.89 
 
 
1011 aa  80.9  0.00000000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2437  SMC domain protein  29.41 
 
 
924 aa  80.1  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0652  SMC domain-containing protein  31.32 
 
 
1019 aa  80.9  0.0000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.105285  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  29.55 
 
 
1048 aa  80.1  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  29.55 
 
 
1048 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1496  SMC domain-containing protein  28.44 
 
 
824 aa  80.1  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00508772  hitchhiker  0.000363104 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  29.55 
 
 
1048 aa  80.1  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  29.55 
 
 
1047 aa  80.1  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  29.55 
 
 
1047 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  29.55 
 
 
1047 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  29.15 
 
 
1047 aa  78.6  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6131  SMC domain protein  28.04 
 
 
851 aa  78.6  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.983245 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  29.15 
 
 
1047 aa  78.2  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  29.46 
 
 
1018 aa  77.8  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  29.17 
 
 
1223 aa  77.4  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  28.95 
 
 
1046 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  24.68 
 
 
1307 aa  76.6  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  27.09 
 
 
1164 aa  76.6  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  28.95 
 
 
1046 aa  76.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  28.95 
 
 
1046 aa  76.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  28.95 
 
 
1046 aa  76.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  28.95 
 
 
1046 aa  76.3  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  26.86 
 
 
1020 aa  75.5  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  27.36 
 
 
1227 aa  75.1  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  30.68 
 
 
1018 aa  74.7  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0181  chromosome segregation protein  30.36 
 
 
902 aa  74.3  0.000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  29.5 
 
 
1018 aa  74.3  0.000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  26.33 
 
 
1303 aa  74.3  0.000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0859  exonuclease SbcC  29.57 
 
 
950 aa  73.9  0.00000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  27.72 
 
 
1238 aa  74.3  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  31.77 
 
 
1047 aa  73.9  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3777  exonuclease SbcC  27.27 
 
 
1103 aa  73.9  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  unclonable  0.00618704  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  33.99 
 
 
1030 aa  72.8  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  30.04 
 
 
1018 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  27.31 
 
 
1230 aa  73.2  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  26.09 
 
 
1234 aa  73.6  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  28.57 
 
 
1018 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  29.73 
 
 
1247 aa  73.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  29.32 
 
 
1083 aa  72.4  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  29.44 
 
 
1018 aa  72.4  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  29.44 
 
 
1018 aa  72  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  30.3 
 
 
1018 aa  72.4  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  27.66 
 
 
1091 aa  72  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  29.44 
 
 
1018 aa  72  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  28.95 
 
 
1018 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  30.08 
 
 
1018 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  27.29 
 
 
1018 aa  71.6  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  27.27 
 
 
1144 aa  71.6  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  29.87 
 
 
1018 aa  71.2  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  30.85 
 
 
1165 aa  70.5  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  27.81 
 
 
881 aa  70.9  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  25 
 
 
1211 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  29.61 
 
 
1018 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  26.01 
 
 
1211 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  26.3 
 
 
1013 aa  69.7  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  28.22 
 
 
1137 aa  68.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1915  SMC domain protein  25.76 
 
 
815 aa  69.3  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00125008  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0360  chromosome segregation protein  29.65 
 
 
1074 aa  69.3  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  27.84 
 
 
1226 aa  69.3  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5894  DNA repair ATPase-like protein  28.42 
 
 
1029 aa  69.3  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0510725  hitchhiker  0.00862936 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  29.3 
 
 
1346 aa  69.3  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1488  SMC domain protein  26.43 
 
 
1114 aa  68.9  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  29.41 
 
 
1029 aa  68.9  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  30.92 
 
 
1039 aa  68.9  0.0000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  24.23 
 
 
1214 aa  68.6  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  27.35 
 
 
1081 aa  68.6  0.0000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0205  SMC domain-containing protein  29.67 
 
 
1180 aa  68.2  0.0000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  26.6 
 
 
1088 aa  68.2  0.0000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  28.57 
 
 
1213 aa  67.8  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2301  SMC domain protein  24.88 
 
 
987 aa  67.8  0.0000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>