More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET0464 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  100 
 
 
176 aa  358  3e-98  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  86.93 
 
 
176 aa  315  2e-85  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  85.8 
 
 
176 aa  313  6e-85  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  39.63 
 
 
166 aa  125  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01390  shikimate kinase  36.69 
 
 
185 aa  124  5e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0536542  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  38.1 
 
 
174 aa  120  1e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  38.15 
 
 
170 aa  119  2e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  39.05 
 
 
183 aa  119  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  36.42 
 
 
189 aa  117  6e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  40.49 
 
 
173 aa  117  1e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  39.38 
 
 
169 aa  116  1e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06600  shikimate kinase  36.9 
 
 
188 aa  116  2e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  36.47 
 
 
170 aa  114  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  39.88 
 
 
190 aa  114  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  38.18 
 
 
165 aa  114  8e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  38.18 
 
 
165 aa  113  2e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  38.1 
 
 
167 aa  112  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  38.18 
 
 
165 aa  111  4e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  38.31 
 
 
184 aa  112  4e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  38.65 
 
 
165 aa  111  4e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  37.41 
 
 
172 aa  111  4e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  38.18 
 
 
165 aa  112  4e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  37.58 
 
 
196 aa  112  4e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  40.96 
 
 
168 aa  111  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  35.5 
 
 
173 aa  111  6e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  37.66 
 
 
184 aa  110  8e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  39.39 
 
 
165 aa  110  1e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  39.29 
 
 
175 aa  110  1e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  39.39 
 
 
165 aa  110  1e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  38.16 
 
 
179 aa  109  2e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  38.04 
 
 
175 aa  109  2e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  38.18 
 
 
169 aa  109  2e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  37.66 
 
 
183 aa  109  2e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  41.14 
 
 
165 aa  108  3e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1460  shikimate kinase  36.9 
 
 
168 aa  108  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00429425  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  41.45 
 
 
182 aa  108  4e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  36.36 
 
 
184 aa  108  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.37 
 
 
170 aa  108  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  35.29 
 
 
177 aa  107  9e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  38.15 
 
 
176 aa  107  9e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  39.22 
 
 
174 aa  107  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  35.15 
 
 
195 aa  106  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  34.81 
 
 
190 aa  106  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  37.42 
 
 
170 aa  107  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  36.05 
 
 
174 aa  107  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  1.84461e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  37.35 
 
 
172 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0792  Shikimate kinase  41.51 
 
 
180 aa  105  2e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.5919e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  37.66 
 
 
183 aa  106  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  38.78 
 
 
169 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  35.71 
 
 
199 aa  105  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  36.97 
 
 
165 aa  106  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  35.71 
 
 
177 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  35.71 
 
 
177 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  35.71 
 
 
177 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  35.71 
 
 
177 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  37.01 
 
 
183 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  2.52706e-08 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  37.01 
 
 
184 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  36.36 
 
 
172 aa  105  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  33.92 
 
 
190 aa  105  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  35.71 
 
 
177 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  35.71 
 
 
184 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  37.35 
 
 
172 aa  105  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  37.85 
 
 
190 aa  105  4e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  33.33 
 
 
186 aa  105  4e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  35.71 
 
 
209 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  36.26 
 
 
172 aa  104  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  36.09 
 
 
182 aa  104  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  6.85723e-07 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  35.22 
 
 
229 aa  104  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  34.59 
 
 
192 aa  104  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  35.47 
 
 
172 aa  104  6e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  36.14 
 
 
173 aa  104  7e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  38.1 
 
 
169 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  40.13 
 
 
190 aa  103  1e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  35.37 
 
 
182 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  38.46 
 
 
156 aa  102  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  33.75 
 
 
171 aa  102  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  36.54 
 
 
454 aa  103  2e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  36.2 
 
 
168 aa  103  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  39.75 
 
 
181 aa  103  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  33.33 
 
 
186 aa  102  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  38.26 
 
 
183 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  36.84 
 
 
172 aa  101  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  36.75 
 
 
172 aa  100  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  35.33 
 
 
176 aa  100  9e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  38.55 
 
 
181 aa  100  9e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.62 
 
 
593 aa  100  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2010  Shikimate kinase  32.74 
 
 
189 aa  99.4  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.69674e-07 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  39.19 
 
 
177 aa  99.8  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  33.12 
 
 
181 aa  99.8  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  37.41 
 
 
169 aa  99  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  39.19 
 
 
229 aa  99  3e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  36.02 
 
 
199 aa  99  3e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2273  shikimate kinase  31.58 
 
 
199 aa  99  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.151657  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  36.75 
 
 
172 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  35.98 
 
 
172 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3110  shikimate kinase  35.93 
 
 
174 aa  97.8  6e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1721  Shikimate kinase  36.09 
 
 
189 aa  98.2  6e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547803  normal  0.0497898 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  36.11 
 
 
197 aa  98.2  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  35.54 
 
 
172 aa  97.8  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  35.54 
 
 
172 aa  97.8  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>