More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET0004 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_2254  DNA gyrase, B subunit  51.74 
 
 
646 aa  654    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0004  DNA gyrase, B subunit  59.13 
 
 
794 aa  663    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2247  DNA topoisomerase IV subunit B  52.64 
 
 
654 aa  659    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000227299  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0004  DNA gyrase, B subunit  100 
 
 
642 aa  1330    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0003  DNA gyrase, B subunit  58.51 
 
 
795 aa  643    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1407  DNA gyrase, B subunit  53.67 
 
 
656 aa  687    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.68269  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1702  DNA gyrase, B subunit  52.96 
 
 
654 aa  685    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.118209 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0002  DNA gyrase, B subunit  53.39 
 
 
638 aa  684    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0005  DNA gyrase subunit B  55.15 
 
 
640 aa  681    Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00230725  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2549  DNA gyrase, B subunit  54.17 
 
 
643 aa  661    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0005  DNA gyrase, B subunit  55.12 
 
 
635 aa  701    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0005  DNA gyrase subunit B  55.31 
 
 
640 aa  681    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.19557  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3617  DNA topoisomerase IV subunit B  52.8 
 
 
654 aa  658    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000282926  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0005  DNA gyrase, B subunit  54 
 
 
825 aa  635    Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000146448 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0623  DNA gyrase subunit B  54.22 
 
 
650 aa  666    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00302751  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  56.14 
 
 
640 aa  759    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5315  DNA gyrase subunit B  55.56 
 
 
640 aa  682    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.021698  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0006  DNA gyrase, B subunit  59.46 
 
 
638 aa  753    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.014329  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0005  DNA gyrase subunit B  55.15 
 
 
640 aa  681    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3392  DNA topoisomerase IV subunit B  52.96 
 
 
654 aa  660    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00614907  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0005  DNA gyrase subunit B  55.15 
 
 
640 aa  681    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3355  DNA topoisomerase IV subunit B  52.96 
 
 
654 aa  660    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000033182  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2816  DNA gyrase subunit B  53.97 
 
 
645 aa  635    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0322238  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0015  DNA gyrase, B subunit  54.34 
 
 
644 aa  703    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000401037  normal  0.862842 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0005  DNA gyrase subunit B  55.31 
 
 
640 aa  681    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3304  DNA topoisomerase IV subunit B  52.96 
 
 
654 aa  660    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418623  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4195  DNA gyrase, B subunit  54.32 
 
 
653 aa  710    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698411 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0007  DNA gyrase, B subunit  52.17 
 
 
648 aa  641    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000647413 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0006  DNA gyrase subunit B  51.63 
 
 
675 aa  645    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0596209 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0006  DNA gyrase subunit B  54.59 
 
 
661 aa  650    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.60604  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1213  DNA gyrase subunit B  53.86 
 
 
655 aa  669    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  57.87 
 
 
633 aa  735    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1609  DNA topoisomerase IV subunit B  52.64 
 
 
654 aa  653    Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000967673  decreased coverage  0.000000000000694445 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3285  DNA topoisomerase IV subunit B  52.32 
 
 
654 aa  652    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.014971  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2376  DNA gyrase subunit B  59.81 
 
 
641 aa  770    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0004  DNA gyrase, B subunit  59.67 
 
 
795 aa  665    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.158205  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0010  DNA gyrase, B subunit  54.33 
 
 
644 aa  695    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000291276  normal  0.113655 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0133  DNA gyrase subunit B  54.3 
 
 
655 aa  679    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.879154  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0029  DNA gyrase, B subunit  54.89 
 
 
637 aa  702    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0087  DNA gyrase subunit B  54.86 
 
 
655 aa  683    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0004  DNA gyrase subunit B  58.7 
 
 
795 aa  647    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00743221  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1109  hypothetical protein  54.17 
 
 
651 aa  691    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.432981 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0005  DNA gyrase subunit B  55.24 
 
 
640 aa  680    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0005  DNA gyrase subunit B  55.15 
 
 
640 aa  681    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3657  DNA topoisomerase IV subunit B  52.96 
 
 
654 aa  660    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000134084  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0009  DNA gyrase subunit B  60.28 
 
 
633 aa  756    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000695632  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1727  DNA gyrase subunit B  52.44 
 
 
655 aa  658    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.22827  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2491  DNA gyrase subunit B  54.66 
 
 
645 aa  653    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00434823 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  54.37 
 
 
644 aa  718    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  unclonable  0.00000155334 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf800  DNA gyrase subunit B  50.31 
 
 
647 aa  639    Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  58.53 
 
 
634 aa  766    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000328066  unclonable  0.0000000130354 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0008  DNA gyrase, B subunit  52.32 
 
 
719 aa  647    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.107754  hitchhiker  0.00597045 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0087  DNA gyrase subunit B  50.85 
 
 
650 aa  650    Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1044  DNA gyrase, B subunit  51.8 
 
 
675 aa  681    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.248456 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0822  DNA gyrase subunit B  51.35 
 
 
675 aa  648    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795596  normal  0.437658 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18251  DNA gyrase subunit B  52.88 
 
 
655 aa  666    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0412  DNA gyrase subunit B  53.38 
 
 
651 aa  675    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.000264952  decreased coverage  0.0001901 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  58.54 
 
 
632 aa  774    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17611  DNA gyrase subunit B  53.83 
 
 
658 aa  674    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.616229  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0442  DNA gyrase, B subunit  52.61 
 
 
634 aa  647    Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0006  DNA gyrase subunit B  51.63 
 
 
675 aa  645    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  55.7 
 
 
644 aa  732    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0094  DNA gyrase, B subunit  53.3 
 
 
636 aa  711    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000363706  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1413  DNA gyrase subunit B  51.39 
 
 
652 aa  657    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.805897  normal  0.136461 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0006  DNA gyrase subunit B  58.9 
 
 
638 aa  737    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0006  DNA gyrase subunit B  58.74 
 
 
638 aa  736    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0005  DNA gyrase, B subunit  54.9 
 
 
642 aa  672    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0015  DNA gyrase, B subunit  55.05 
 
 
643 aa  710    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00473367  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0005  DNA gyrase subunit B  54.95 
 
 
649 aa  665    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0966  DNA gyrase, B subunit  52.05 
 
 
650 aa  657    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0005  DNA gyrase, B subunit  55.35 
 
 
640 aa  664    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  56.76 
 
 
633 aa  738    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01571  DNA gyrase subunit B  54.15 
 
 
655 aa  673    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0984  DNA gyrase subunit B  52.52 
 
 
651 aa  642    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0004  DNA gyrase, B subunit  55.98 
 
 
796 aa  654    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3624  DNA topoisomerase IV subunit B  52.8 
 
 
654 aa  658    Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000439989  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0005  DNA gyrase, B subunit  55.35 
 
 
640 aa  664    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3706  DNA topoisomerase IV subunit B  52.96 
 
 
654 aa  657    Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000176643  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0047  DNA gyrase, B subunit  54.87 
 
 
645 aa  712    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.109606 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0005  DNA gyrase subunit B  55.15 
 
 
640 aa  681    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0004  DNA gyrase, B subunit  54.4 
 
 
802 aa  668    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1480  DNA gyrase subunit B  54.53 
 
 
650 aa  664    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.515184  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0006  DNA gyrase subunit B  51.1 
 
 
696 aa  639    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.248414  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  58.21 
 
 
628 aa  774    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1547  DNA gyrase, B subunit  55.15 
 
 
635 aa  694    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00189026  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0005  DNA gyrase subunit B  55.29 
 
 
640 aa  685    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10005  DNA gyrase subunit B  51.05 
 
 
714 aa  662    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0005  DNA gyrase subunit B  54.02 
 
 
666 aa  661    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0004  DNA gyrase, B subunit  57.09 
 
 
802 aa  655    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0036  DNA gyrase subunit B  55.05 
 
 
643 aa  709    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0671  DNA gyrase, B subunit  55.08 
 
 
627 aa  689    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.958816  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0014  DNA gyrase subunit B  51.63 
 
 
675 aa  645    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0006  DNA gyrase subunit B  51.78 
 
 
675 aa  650    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.313096 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1282  DNA gyrase subunit B  54.95 
 
 
641 aa  651    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0016  DNA gyrase, B subunit  54.49 
 
 
649 aa  698    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00028541  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0004  DNA gyrase subunit B  96.26 
 
 
642 aa  1264    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0094  DNA gyrase, B subunit  53.46 
 
 
636 aa  714    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000129942  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0005  DNA gyrase subunit B  55.71 
 
 
640 aa  682    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.204678  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18441  DNA gyrase subunit B  52.41 
 
 
655 aa  659    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.768958  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18231  DNA gyrase subunit B  52.67 
 
 
655 aa  684    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.654486  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>