More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cyan7425_3612 on replicon NC_011884
Organism: Cyanothece sp. PCC 7425



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
357 aa  746    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  84.13 
 
 
350 aa  590  1e-168  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  78.14 
 
 
334 aa  565  1e-160  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  82.34 
 
 
351 aa  561  1.0000000000000001e-159  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  69.46 
 
 
337 aa  512  1e-144  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  66.56 
 
 
336 aa  466  9.999999999999999e-131  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  66.56 
 
 
336 aa  466  9.999999999999999e-131  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  50.48 
 
 
335 aa  323  2e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  49.68 
 
 
335 aa  323  2e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  49.52 
 
 
335 aa  320  1.9999999999999998e-86  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.04 
 
 
335 aa  316  3e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.96 
 
 
356 aa  304  2.0000000000000002e-81  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.7 
 
 
334 aa  304  2.0000000000000002e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.87 
 
 
333 aa  300  2e-80  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.56 
 
 
330 aa  297  2e-79  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  46.23 
 
 
330 aa  295  8e-79  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  50.96 
 
 
336 aa  293  3e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  45.4 
 
 
333 aa  280  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.12 
 
 
351 aa  268  1e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  43.37 
 
 
347 aa  265  5.999999999999999e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.17 
 
 
332 aa  263  3e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  43.21 
 
 
319 aa  259  4e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.54 
 
 
328 aa  259  5.0000000000000005e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  44.15 
 
 
320 aa  258  1e-67  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.19 
 
 
352 aa  256  4e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.08 
 
 
348 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44 
 
 
322 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.18 
 
 
354 aa  252  7e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.09 
 
 
321 aa  251  1e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.58 
 
 
347 aa  250  3e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.8 
 
 
343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.45 
 
 
321 aa  241  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.94 
 
 
333 aa  241  2e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.24 
 
 
337 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.4 
 
 
346 aa  239  4e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.17 
 
 
320 aa  239  8e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.38 
 
 
324 aa  238  1e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  38.53 
 
 
330 aa  238  1e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  38.96 
 
 
347 aa  237  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  40.68 
 
 
332 aa  236  3e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.68 
 
 
358 aa  237  3e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.62 
 
 
353 aa  236  4e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  40.54 
 
 
318 aa  236  5.0000000000000005e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.51 
 
 
327 aa  236  6e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.21 
 
 
354 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 
343 aa  235  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.89 
 
 
343 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.94 
 
 
350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.73 
 
 
326 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.73 
 
 
326 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.12 
 
 
333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.81 
 
 
322 aa  232  7.000000000000001e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.64 
 
 
331 aa  231  1e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0013  NifR3/Smm1 family protein  37.77 
 
 
334 aa  230  2e-59  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.88 
 
 
332 aa  231  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  39.68 
 
 
324 aa  231  2e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.25 
 
 
346 aa  230  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.16 
 
 
321 aa  230  4e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  38.51 
 
 
347 aa  229  4e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.32 
 
 
327 aa  229  7e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.99 
 
 
317 aa  228  1e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.29 
 
 
325 aa  227  3e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.08 
 
 
327 aa  226  4e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.31 
 
 
332 aa  226  4e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.74 
 
 
317 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.77 
 
 
334 aa  226  6e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.94 
 
 
337 aa  224  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  41.18 
 
 
354 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  41.78 
 
 
332 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  42.38 
 
 
353 aa  223  3e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 
335 aa  223  3e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 
326 aa  223  4e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  41.78 
 
 
332 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  40.91 
 
 
353 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  45.91 
 
 
342 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.98 
 
 
333 aa  222  6e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  42.21 
 
 
337 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.03 
 
 
327 aa  222  7e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  41.52 
 
 
319 aa  222  8e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  39.67 
 
 
344 aa  222  8e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.12 
 
 
325 aa  222  9e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  38.91 
 
 
346 aa  222  9e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  42.21 
 
 
337 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  38.31 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.56 
 
 
349 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 
329 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  34.37 
 
 
334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.99 
 
 
335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  39.8 
 
 
336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  41.88 
 
 
337 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.67 
 
 
320 aa  220  3e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.18 
 
 
356 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.69 
 
 
331 aa  220  3.9999999999999997e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  39.86 
 
 
338 aa  219  6e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.76 
 
 
393 aa  219  6e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  41.08 
 
 
322 aa  219  6e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.15 
 
 
352 aa  219  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  37.88 
 
 
356 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.51 
 
 
342 aa  218  1e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 
354 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>