More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cyan7425_1584 on replicon NC_011884
Organism: Cyanothece sp. PCC 7425



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011884  Cyan7425_1584  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
327 aa  653    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0418085 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1480  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  74.01 
 
 
327 aa  498  1e-140  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000452918  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1905  RNA polymerase sigma factor  73.39 
 
 
327 aa  492  9.999999999999999e-139  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000225231  normal  0.0162266 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2825  RNA polymerase sigma factor  70.95 
 
 
328 aa  487  1e-136  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000598465 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2539  RNA polymerase sigma factor  71.56 
 
 
328 aa  486  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3567  RNA polymerase sigma factor  71.56 
 
 
328 aa  485  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000319642  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0784  RNA polymerase sigma factor  74.69 
 
 
336 aa  470  1.0000000000000001e-131  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532885  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1673  RNA polymerase sigma factor SigD  69.23 
 
 
318 aa  440  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3061  RNA polymerase sigma factor SigD  67.3 
 
 
318 aa  428  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1746  group2 RNA polymerase sigma factor SigB  66.04 
 
 
320 aa  428  1e-119  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.204199  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3060  RNA polymerase sigma factor SigD  67.3 
 
 
318 aa  428  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4527  RNA polymerase sigma factor SigD  66.56 
 
 
318 aa  424  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.479044 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1892  RNA polymerase sigma factor SigD  64.35 
 
 
332 aa  426  1e-118  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.96303 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0572  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  64.35 
 
 
332 aa  421  1e-117  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4058  RNA polymerase sigma factor SigD  66.13 
 
 
319 aa  419  1e-116  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.284305  normal  0.0136203 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0672  RNA polymerase sigma factor SigD  65.81 
 
 
320 aa  416  9.999999999999999e-116  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194136  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0053  sigma-28  60.32 
 
 
316 aa  379  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0139  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  55.42 
 
 
332 aa  352  5e-96  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0093  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  53.52 
 
 
335 aa  343  2e-93  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4172  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.54 
 
 
417 aa  338  9e-92  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0384182  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4132  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.54 
 
 
417 aa  338  9e-92  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1849  RNA polymerase sigma factor SigC  51.27 
 
 
398 aa  335  9e-91  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.291457 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18181  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  53.38 
 
 
333 aa  332  4e-90  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0565  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  50.42 
 
 
417 aa  332  5e-90  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2820  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.46 
 
 
418 aa  332  8e-90  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.075955 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1722  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.73 
 
 
344 aa  328  7e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.733843  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18211  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.41 
 
 
344 aa  327  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20821  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.58 
 
 
335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1207  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.26 
 
 
335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1164  RNA polymerase sigma factor SigC  49.3 
 
 
416 aa  326  3e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.115543  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17561  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.43 
 
 
335 aa  326  4.0000000000000003e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.041437  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18391  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.09 
 
 
344 aa  325  5e-88  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1788  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.56 
 
 
455 aa  322  8e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.847972  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2596  type II alternative RNA polymerase sigma factor  50.42 
 
 
377 aa  317  2e-85  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01641  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  52.73 
 
 
350 aa  316  3e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09841  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  51.29 
 
 
320 aa  312  3.9999999999999997e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2234  type II alternative RNA polymerase sigma factor  46.56 
 
 
377 aa  304  1.0000000000000001e-81  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1956  RNA polymerase, sigma 28 subunit  46.7 
 
 
410 aa  303  2.0000000000000002e-81  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.672319  decreased coverage  0.00257504 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29561  putative type II alternative RNA polymerase sigma factor  47.41 
 
 
376 aa  301  1e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.48 
 
 
390 aa  290  2e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1514  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.86 
 
 
378 aa  289  4e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5068  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.89 
 
 
386 aa  289  4e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.651182  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  45.17 
 
 
390 aa  289  5.0000000000000004e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1979  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.01 
 
 
376 aa  288  1e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.953654 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.22 
 
 
295 aa  281  7.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0154  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.51 
 
 
379 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0150  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.51 
 
 
379 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00526884  hitchhiker  0.00120338 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1829  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.08 
 
 
420 aa  280  2e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07291  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.76 
 
 
444 aa  280  2e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1237  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.58 
 
 
423 aa  279  5e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.002863 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.76 
 
 
420 aa  279  5e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.417716 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1678  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.76 
 
 
451 aa  276  2e-73  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0681  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.76 
 
 
435 aa  276  3e-73  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3149  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.91 
 
 
295 aa  276  5e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.363768 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04961  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.44 
 
 
425 aa  275  6e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147427  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3505  sigma 38  47.78 
 
 
422 aa  275  7e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0649  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.79 
 
 
399 aa  275  9e-73  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05601  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.13 
 
 
397 aa  274  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3122  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.97 
 
 
372 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1557  principal RNA polymerase sigma factor SigA  51 
 
 
310 aa  275  1.0000000000000001e-72  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.110322  normal  0.483499 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.44 
 
 
394 aa  274  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0497  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.13 
 
 
393 aa  273  3e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0160  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.82 
 
 
375 aa  273  3e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.303814  normal  0.0300558 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0164  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.82 
 
 
375 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05231  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.13 
 
 
394 aa  272  6e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1713  RNA polymerase, sigma 28 subunit  51.32 
 
 
413 aa  272  6e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.0793228 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2129  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.13 
 
 
409 aa  271  9e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1283  sigma 38  47.13 
 
 
409 aa  271  1e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3985  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  48.84 
 
 
389 aa  268  8e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0111  sigma-70  45.31 
 
 
314 aa  268  1e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0568  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.83 
 
 
372 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1198  sigma 28 (flagella/sporulation)  48.21 
 
 
378 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4016  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like protein  47.7 
 
 
452 aa  266  4e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0626871  normal  0.0433462 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2352  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.96 
 
 
392 aa  266  4e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2406  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.16 
 
 
444 aa  266  5e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00127973  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1704  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  47.27 
 
 
478 aa  265  7e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.602243  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1223  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.79 
 
 
387 aa  265  1e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0115586  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09100  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  46.2 
 
 
422 aa  265  1e-69  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.321739  normal  0.63498 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3197  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.6 
 
 
385 aa  265  1e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.119315  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1493  RNA polymerase sigma factor SigB  46.79 
 
 
330 aa  264  2e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.499176  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41331  predicted protein  44.01 
 
 
344 aa  264  2e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.060749  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0569  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like  49.19 
 
 
311 aa  261  1e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544782 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1188  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  46.33 
 
 
367 aa  261  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2245  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.24 
 
 
489 aa  261  1e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0867  sigma-70 factor  46.11 
 
 
388 aa  260  2e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.515579  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0996  DNA-directed RNA polymerase, sigma subunit (sigma70/sigma32)  43.59 
 
 
458 aa  260  2e-68  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1407  RNA polymerase sigma factor  48.16 
 
 
438 aa  260  3e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.723356  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1311  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.62 
 
 
409 aa  259  4e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.046516 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24480  RNA polymerase sigma factor SigB  45.83 
 
 
342 aa  258  7e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0306487  normal  0.46381 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3785  RNA polymerase sigma factor SigB  45.85 
 
 
334 aa  258  1e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0872543  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.55 
 
 
375 aa  258  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1726  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.37 
 
 
369 aa  258  1e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4426  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.74 
 
 
384 aa  257  2e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0788  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.38 
 
 
324 aa  257  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00984199  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3939  RNA polymerase sigma factor  44.86 
 
 
488 aa  256  3e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2569  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.82 
 
 
468 aa  256  3e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.152283 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.23 
 
 
374 aa  256  4e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4379  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.51 
 
 
400 aa  256  4e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1509  RNA polymerase sigma factor  45.86 
 
 
435 aa  256  5e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2174  RNA polymerase sigma factor  44.24 
 
 
480 aa  256  5e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.512894  hitchhiker  0.00228971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>