More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0064 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119714  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60630  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.831176  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0045  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.146924  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0017  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0007  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0030  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  97.22 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5019  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00213455  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000584403  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000591942  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5702  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00210319  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5731  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447208  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0015534  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000512626  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0135529  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4563  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000215679  normal  0.0839515 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228312  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4770  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000025693  hitchhiker  6.21743e-16 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000298609  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0700  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0532  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.7224099999999997e-31 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5033  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556895  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5804  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00774483  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5740  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00013213  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5713  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000838851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0227  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0213  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000777909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5818  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000508092  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5634  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0128  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.601101  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0108  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00964752  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5002  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0010  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000409146  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0061  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0045  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0045  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0010  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000231874  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0600  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 155 bp  61.9  0.00000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0607  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000101667  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0061  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0096  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>