264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0014 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0045  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000437445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2420  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2130  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2419  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2129  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0058  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0048  tRNA-Trp  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000330801  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0022  tRNA-Trp  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.362458  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0129  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121569  hitchhiker  0.00785763 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0135  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000519252 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3462  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00200872  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0176082  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0058  tRNA-Trp  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0685  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000025208  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0110  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0033  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0301909  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3185  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128551  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1907  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000273718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>