299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0004 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 80 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000245079  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0058  tRNA-Arg  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>