More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0003 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0331  tRNA-Gly  94.37 
 
 		 74 bp  109  9.000000000000001e-23  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.222457  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt09  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000184169  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0018  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0085  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0843991  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0047  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0028  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0089  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.548412  normal  0.42362 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0318  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000203347  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1872  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0196085  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R32  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0011  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0264  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000581931  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0009  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.365276  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3459  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000712395  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3188  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000469441  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3764  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000188016  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3826  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.216257  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00107854  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0010  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0116313 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0057  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00632698  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0052  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.789064 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0019  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3086  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000101818  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1904  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000012603  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0052  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000802106  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0060  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611366  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0013  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000407891  normal  0.589115 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0071  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000687699  normal  0.228297 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0013  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000164045  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0012  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000183499  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>