More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3186 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  100 
 
 
583 aa  1192    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  47.77 
 
 
575 aa  547  1e-154  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  42.99 
 
 
584 aa  462  9.999999999999999e-129  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0143  cobalamin B12-binding domain-containing protein  45.78 
 
 
583 aa  400  9.999999999999999e-111  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  42.69 
 
 
559 aa  397  1e-109  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  42.48 
 
 
559 aa  392  1e-108  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  39.96 
 
 
590 aa  382  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1298  radical SAM domain-containing protein  41.12 
 
 
600 aa  377  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  37.82 
 
 
562 aa  372  1e-102  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  41.1 
 
 
590 aa  373  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  33.94 
 
 
656 aa  367  1e-100  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  37.05 
 
 
581 aa  365  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  37.91 
 
 
557 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  38.11 
 
 
557 aa  355  2e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  38.22 
 
 
569 aa  353  4e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  37.78 
 
 
570 aa  342  9e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1757  Radical SAM domain protein  39.27 
 
 
535 aa  318  1e-85  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0257963  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1571  Radical SAM domain protein  33.86 
 
 
505 aa  249  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.805269  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4256  radical SAM family protein  32.37 
 
 
536 aa  240  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0866  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase family protein, putative  31.06 
 
 
504 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1018  Radical SAM domain protein  32.78 
 
 
504 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0387  radical SAM domain-containing protein  31.72 
 
 
552 aa  233  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  0.247194 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2424  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.29 
 
 
551 aa  228  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0042  radical SAM family protein  33.33 
 
 
502 aa  228  2e-58  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0959  radical SAM family protein  29.94 
 
 
530 aa  228  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3079  radical SAM family protein  29.94 
 
 
530 aa  227  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.265778  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4163  radical SAM family protein  32.02 
 
 
524 aa  225  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  28.05 
 
 
625 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0273  radical SAM domain-containing protein  29.44 
 
 
589 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302705  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  28.38 
 
 
624 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0741  radical SAM domain-containing protein  25.73 
 
 
623 aa  174  5.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  28.08 
 
 
616 aa  172  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2487  Fe-S oxidoreductase  27.7 
 
 
609 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2992  Radical SAM domain protein  26.79 
 
 
622 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0050661  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  28.43 
 
 
490 aa  164  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3180  radical SAM domain-containing protein  29.09 
 
 
646 aa  157  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3713  radical SAM domain-containing protein  28.19 
 
 
669 aa  133  9e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2941  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 
625 aa  123  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  28.1 
 
 
518 aa  117  6e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 
459 aa  107  7e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  28.36 
 
 
516 aa  104  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 
520 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 
473 aa  103  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  24.22 
 
 
472 aa  101  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  25.74 
 
 
556 aa  99.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.93 
 
 
468 aa  99  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  27.8 
 
 
564 aa  99  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  24.21 
 
 
474 aa  98.6  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  27.42 
 
 
563 aa  96.3  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.42 
 
 
441 aa  95.9  2e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  24.71 
 
 
489 aa  95.9  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  22.22 
 
 
485 aa  96.3  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  25.97 
 
 
723 aa  95.9  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.46 
 
 
472 aa  95.1  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.08 
 
 
441 aa  95.1  3e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  23.08 
 
 
461 aa  95.1  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  26.56 
 
 
459 aa  94  7e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  25.97 
 
 
476 aa  92.8  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  27.59 
 
 
494 aa  92.4  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  27.59 
 
 
494 aa  92.4  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  26.92 
 
 
470 aa  92.8  2e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.26 
 
 
674 aa  92  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.77 
 
 
476 aa  92  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2413  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 
437 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  23.56 
 
 
494 aa  90.9  6e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  26.39 
 
 
475 aa  89.7  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  24.29 
 
 
475 aa  89.7  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  23.26 
 
 
494 aa  90.1  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05330  Fe-S oxidoreductase  25.82 
 
 
495 aa  89  2e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  26.03 
 
 
471 aa  89.4  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  28.88 
 
 
476 aa  89  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  24.29 
 
 
524 aa  89  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  26.58 
 
 
564 aa  88.2  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.84 
 
 
677 aa  87.4  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 
468 aa  87  9e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.21 
 
 
554 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  22.9 
 
 
472 aa  86.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  23.9 
 
 
502 aa  86.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  27.33 
 
 
864 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  25.17 
 
 
488 aa  86.3  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.19 
 
 
609 aa  85.5  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.68 
 
 
484 aa  86.3  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.35 
 
 
512 aa  85.5  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  26.65 
 
 
552 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  22.07 
 
 
529 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.24 
 
 
478 aa  84.3  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  22.2 
 
 
473 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  28.17 
 
 
608 aa  82.8  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  23.97 
 
 
520 aa  82.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  25.44 
 
 
487 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  25.55 
 
 
475 aa  82.4  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25.61 
 
 
533 aa  82  0.00000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.55 
 
 
558 aa  81.3  0.00000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  25.74 
 
 
506 aa  81.3  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  24.69 
 
 
488 aa  81.6  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25.74 
 
 
506 aa  81.3  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  24.46 
 
 
501 aa  81.3  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 
525 aa  80.9  0.00000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  25.79 
 
 
497 aa  80.9  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  27.4 
 
 
424 aa  80.5  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>