74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3178 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3178  hypothetical protein  100 
 
 
529 aa  1072    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2410  hypothetical protein  46.02 
 
 
530 aa  456  1e-127  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0028  protein of unknown function DUF342  44.19 
 
 
525 aa  450  1e-125  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1423  protein of unknown function DUF342  27.87 
 
 
622 aa  164  5.0000000000000005e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000579847  normal  0.370296 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1511  hypothetical protein  30.05 
 
 
527 aa  163  6e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16620  predicted polymerase, contains PALM domain, HD hydrolase domain and Zn-ribbon domain  27.39 
 
 
611 aa  161  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0879  hypothetical protein  33.72 
 
 
467 aa  157  5.0000000000000005e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00425584  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2682  hypothetical protein  27.99 
 
 
656 aa  157  5.0000000000000005e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.254687  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0657  hypothetical protein  29.47 
 
 
509 aa  140  7.999999999999999e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2143  protein of unknown function DUF342  27.52 
 
 
461 aa  139  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0160634  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0498  hypothetical protein  27.01 
 
 
542 aa  139  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.578621  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2684  hypothetical protein  25.98 
 
 
532 aa  131  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1663  hypothetical protein  27.74 
 
 
459 aa  130  7.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000175912  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2021  protein of unknown function DUF342  25.21 
 
 
463 aa  125  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0176  protein of unknown function DUF342  24.25 
 
 
660 aa  120  4.9999999999999996e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000513292  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3025  hypothetical protein  25.65 
 
 
546 aa  117  6e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.487513  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0473  hypothetical protein  23.09 
 
 
467 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1534  hypothetical protein  28.42 
 
 
456 aa  109  2e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.196772  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0194  hypothetical protein  27.37 
 
 
455 aa  107  5e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0512  hypothetical protein  23.58 
 
 
546 aa  107  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1231  hypothetical protein  29.21 
 
 
462 aa  106  8e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0881  hypothetical protein  32.03 
 
 
462 aa  106  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000540176  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0273  hypothetical protein  25.14 
 
 
634 aa  104  4e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1305  protein of unknown function DUF342  23.94 
 
 
530 aa  101  3e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.431943  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0192  hypothetical protein  27.1 
 
 
455 aa  96.7  9e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1709  hypothetical protein  25.36 
 
 
534 aa  96.3  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0671  protein of unknown function DUF342  22.76 
 
 
545 aa  96.3  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.38243e-32 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1534  polymerase  25.32 
 
 
629 aa  92.8  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.451593  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3642  hypothetical protein  25.41 
 
 
544 aa  93.2  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000393022  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0568  hypothetical protein  24.41 
 
 
556 aa  92.8  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.235837 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0219  protein of unknown function DUF342  24.51 
 
 
501 aa  91.3  4e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.102298  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2246  protein of unknown function DUF342  25.31 
 
 
520 aa  90.9  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2234  hypothetical protein  25.75 
 
 
484 aa  90.9  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.260747  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3231  hypothetical protein  24.77 
 
 
556 aa  90.5  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1361  polymerase  24.94 
 
 
653 aa  89  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3979  hypothetical protein  23.89 
 
 
556 aa  88.2  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0826  hypothetical protein  24.5 
 
 
563 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0452  protein of unknown function DUF342  25.19 
 
 
603 aa  83.6  0.000000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1695  hypothetical protein  24.28 
 
 
562 aa  83.2  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4141  hypothetical protein  23.4 
 
 
556 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.5265 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0596  hypothetical protein  25.07 
 
 
554 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0674  hypothetical protein  24.08 
 
 
563 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0199689 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2978  hypothetical protein  25.86 
 
 
555 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3531  hypothetical protein  24.88 
 
 
562 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3273  hypothetical protein  24.08 
 
 
563 aa  82  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00316716 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3684  hypothetical protein  24.56 
 
 
562 aa  81.3  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0830  protein of unknown function DUF342  24.63 
 
 
562 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000204321 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0805  hypothetical protein  24.63 
 
 
562 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0837  hypothetical protein  24.63 
 
 
562 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3451  hypothetical protein  23.59 
 
 
563 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0113855 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0090  protein of unknown function DUF342  24.01 
 
 
565 aa  78.2  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0872  hypothetical protein  22.96 
 
 
541 aa  77  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0262539  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0539  hypothetical protein  22.98 
 
 
555 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3165  hypothetical protein  23.02 
 
 
562 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1718  hypothetical protein  24.92 
 
 
371 aa  73.2  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0679747  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0823  hypothetical protein  28.34 
 
 
691 aa  72.8  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00604121  normal  0.0176105 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000996  predicted polymerase  26.07 
 
 
559 aa  72.8  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.717686  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1398  hypothetical protein  26.32 
 
 
728 aa  71.6  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0010  hypothetical protein  26.34 
 
 
547 aa  70.1  0.00000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.736924  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2455  hypothetical protein  26.33 
 
 
538 aa  70.1  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0251  protein of unknown function DUF342  24.53 
 
 
381 aa  68.9  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0226778 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0389  protein of unknown function DUF342  23.77 
 
 
578 aa  69.3  0.0000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1631  hypothetical protein  24.54 
 
 
378 aa  66.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.83823  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2173  hypothetical protein  22.14 
 
 
552 aa  65.1  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.819375  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0394  hypothetical protein  26.69 
 
 
543 aa  63.9  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000249945  normal  0.153411 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07053  hypothetical protein  24.92 
 
 
566 aa  63.9  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0429  hypothetical protein  26.88 
 
 
574 aa  60.5  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0158  hypothetical protein  25.41 
 
 
556 aa  59.7  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1859  hypothetical protein  26.55 
 
 
603 aa  54.3  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1256  protein of unknown function DUF342  23.83 
 
 
378 aa  52  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.912515  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2318  hypothetical protein  23.5 
 
 
371 aa  50.4  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00575561 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02406  hypothetical protein  21.98 
 
 
551 aa  47.4  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122562  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1210  hypothetical protein  27.86 
 
 
634 aa  47  0.0008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4099  protein of unknown function DUF342  22.46 
 
 
598 aa  46.6  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000308473  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>