74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3146 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_3146  peptidase M56, BlaR1  100 
 
 		 728 aa  1491    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2651  hypothetical protein  60.04 
 
 		 446 aa  546  1e-154  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.310909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3127  peptidase M56, BlaR1  67.99 
 
 		 462 aa  445  1e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000359349  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2099  peptidase M56 BlaR1  51.52 
 
 		 614 aa  327  6e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0731  peptidase M56 BlaR1  48.91 
 
 		 719 aa  319  1e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3471  peptidase M56 BlaR1  48.23 
 
 		 322 aa  310  5.9999999999999995e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2140  hypothetical protein  32.44 
 
 		 440 aa  205  3e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.920515  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0164  peptidase M56 BlaR1  40.93 
 
 		 210 aa  182  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.285582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0065  hypothetical protein  31.68 
 
 		 426 aa  171  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00237194  normal  0.154252 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0727  hypothetical protein  34.6 
 
 		 425 aa  167  5e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1071  hypothetical protein  35.69 
 
 		 390 aa  161  4e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0620745 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1590  peptidase M56, BlaR1  38.36 
 
 		 754 aa  155  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0377  peptidase M56, BlaR1  32.08 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3222  peptidase M56 BlaR1  29.97 
 
 		 747 aa  134  6e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0431  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like protein  30.48 
 
 		 442 aa  120  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2587  peptidase M56 BlaR1  29.51 
 
 		 858 aa  116  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1474  hypothetical protein  80.88 
 
 		 81 aa  110  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2615  cell wall hydrolase/autolysin  28.43 
 
 		 562 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1810  peptidase M56, BlaR1  26.72 
 
 		 750 aa  106  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2876  peptidase M56 BlaR1  26.08 
 
 		 465 aa  105  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  25.21 
 
 		 585 aa  103  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  25.21 
 
 		 585 aa  103  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  25.21 
 
 		 585 aa  103  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1934  peptidase M56 BlaR1  27.05 
 
 		 647 aa  103  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3787  peptidase M56 BlaR1  29.1 
 
 		 617 aa  100  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.536626  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3209  TonB family protein  31.17 
 
 		 397 aa  98.2  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.909373  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2408  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  24.11 
 
 		 619 aa  95.5  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1007  hypothetical protein  24.61 
 
 		 629 aa  94  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1079  hypothetical protein  24.61 
 
 		 629 aa  94  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0994  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  24.87 
 
 		 632 aa  93.6  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1176  hypothetical protein  22.77 
 
 		 640 aa  90.1  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3738  TonB family protein  29.57 
 
 		 404 aa  87.4  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.595285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2995  TonB family protein  26.17 
 
 		 417 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2068  peptidase M56 BlaR1  25.68 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.999712  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6205  peptidase M56 BlaR1  28.91 
 
 		 671 aa  78.2  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.86421 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1140  peptidase M56 BlaR1  29.28 
 
 		 598 aa  76.3  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1111  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  22.43 
 
 		 589 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02323  peptidase, M56 family protein  33.57 
 
 		 361 aa  74.7  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.321617  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  31.03 
 
 		 405 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3883  peptidase M56 BlaR1  29.71 
 
 		 299 aa  72.4  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.155666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  30.77 
 
 		 596 aa  73.2  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1355  peptidase M56 BlaR1  30.21 
 
 		 519 aa  72  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0288  peptidase M56 BlaR1  24.77 
 
 		 651 aa  72  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.139173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3722  peptidase M56 BlaR1  26.27 
 
 		 631 aa  68.6  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.616369  normal  0.219221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2753  peptidase M56 BlaR1  32.93 
 
 		 581 aa  68.2  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.395295 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2615  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like  25.94 
 
 		 467 aa  67  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0209  peptidase M56, BlaR1  22.13 
 
 		 660 aa  65.9  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3342  antirepressor regulating drug resistance protein  24.49 
 
 		 403 aa  63.9  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5187  peptidase M56 BlaR1  26.75 
 
 		 750 aa  63.5  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.336784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2929  peptidase M56 BlaR1  38.27 
 
 		 590 aa  62.8  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4383  TonB domain/peptidase M56 domain-containing protein  26.67 
 
 		 700 aa  61.6  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3297  peptidase M56, BlaR1  30.63 
 
 		 423 aa  58.5  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5199  peptidase M56 BlaR1  30.63 
 
 		 477 aa  57.8  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0579  peptidase M56, BlaR1  26.86 
 
 		 541 aa  56.2  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2185  transporter, putative  32.54 
 
 		 438 aa  55.8  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1836  peptidase M56 BlaR1  27.75 
 
 		 524 aa  54.3  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0360  peptidase M56, BlaR1  21.97 
 
 		 557 aa  53.5  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.777331 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3888  peptidase M56, BlaR1  30.58 
 
 		 631 aa  53.9  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2141  peptidase M23B  31.11 
 
 		 649 aa  52.4  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.506727 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2640  TonB family protein  32.1 
 
 		 447 aa  52.4  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.120192  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3224  TonB family protein  25.53 
 
 		 413 aa  50.4  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.222698  normal  0.927933 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2323  penicillin binding protein  56.9 
 
 		 72 aa  50.4  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3587  hypothetical protein  26.26 
 
 		 1122 aa  50.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479804  normal  0.0414977 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5967  peptidase M56 BlaR1  25.84 
 
 		 621 aa  50.4  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.627257 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1288  peptidase M56 BlaR1  23.45 
 
 		 647 aa  50.1  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.778723  normal  0.21473 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3733  peptidase M56 BlaR1  24.69 
 
 		 596 aa  50.1  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.394398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0077  peptidase M56 BlaR1  25.87 
 
 		 664 aa  48.1  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.559375 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4715  peptidase M56 BlaR1  21.74 
 
 		 465 aa  47.8  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0923928  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1460  regulatory protein BlaR1  25.9 
 
 		 585 aa  45.4  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000102574  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3210  peptidase M56, BlaR1  22.97 
 
 		 672 aa  45.4  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1016  peptidase M56 BlaR1  26.4 
 
 		 379 aa  45.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.196488  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2771  peptidase M56, BlaR1  26.38 
 
 		 515 aa  44.7  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0768816  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3668  peptidase M56 BlaR1  31.63 
 
 		 509 aa  44.3  0.008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07981  TonB  25.81 
 
 		 467 aa  44.3  0.009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.347175  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>