More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3109 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3109  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  100 
 
 
192 aa  380  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2415  Uracil-DNA glycosylase superfamily  54.01 
 
 
218 aa  213  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01520  uracil-DNA glycosylase, family 4  37.28 
 
 
195 aa  116  1.9999999999999998e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0226409 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2784  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.96 
 
 
211 aa  115  5e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0335572 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0091  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.63 
 
 
216 aa  114  6e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1455  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.14 
 
 
216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.108735  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3760  uracil-DNA glycosylase family protein  35.57 
 
 
213 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1439  uracil-DNA glycosylase family protein  35.57 
 
 
213 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000235617  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1552  uracil-DNA glycosylase family protein  35.57 
 
 
213 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0493484  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07710  uracil-DNA glycosylase, family 4  38.46 
 
 
213 aa  111  7.000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1253  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.63 
 
 
212 aa  111  7.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.269773  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1411  uracil-DNA glycosylase family protein; DNA polymerase  35.57 
 
 
213 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170914  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1412  uracil-DNA glycosylase family protein; DNA polymerase  35.05 
 
 
213 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.064172  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1623  uracil-DNA glycosylase family protein  35.57 
 
 
213 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.27237 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0270  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.75 
 
 
249 aa  110  1.0000000000000001e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.472831  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1696  uracil-DNA glycosylase family protein  35.05 
 
 
213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0876972  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1649  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.05 
 
 
209 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.00048269 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1585  uracil-DNA glycosylase family protein  34.02 
 
 
213 aa  108  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.503705  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1393  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.53 
 
 
210 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1040  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.46 
 
 
194 aa  108  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000181922  unclonable  0.00000862933 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1657  uracil-DNA glycosylase family protein  35.05 
 
 
213 aa  108  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0879082  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0798  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.84 
 
 
217 aa  108  5e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_379  uracil DNA glycosylase superfamily, DNA polymerase bacteriophage-type  36.59 
 
 
206 aa  108  5e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.93 
 
 
194 aa  107  8.000000000000001e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0437  uracil-DNA glycosylase, putative  37.89 
 
 
189 aa  107  9.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0292507  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1056  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.56 
 
 
196 aa  107  9.000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0795  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.31 
 
 
219 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2893  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.9 
 
 
254 aa  106  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.260893  normal  0.720547 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2305  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.73 
 
 
192 aa  105  3e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0147899 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.98 
 
 
206 aa  105  5e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0748398  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0792  Uracil-DNA glycosylase  34.74 
 
 
211 aa  103  1e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000269712  hitchhiker  1.0015500000000001e-23 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1447  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.29 
 
 
200 aa  103  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11480  Uracil-DNA glycosylase  34.71 
 
 
210 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353711  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.57 
 
 
193 aa  102  3e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.809619 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1948  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.16 
 
 
190 aa  102  3e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.735506  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2334  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.79 
 
 
219 aa  101  7e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0157  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.85 
 
 
200 aa  101  7e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0205394  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1479  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.47 
 
 
184 aa  100  9e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.242328  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0411  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.09 
 
 
193 aa  99.8  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323475  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.31 
 
 
210 aa  99.8  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0426  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.09 
 
 
193 aa  99.8  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000629945  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1912  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.14 
 
 
199 aa  99.4  3e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2255  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.36 
 
 
304 aa  99  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10497  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3067  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.68 
 
 
187 aa  98.2  6e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000874061  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0839  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.14 
 
 
297 aa  98.2  6e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0413074 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1244  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.94 
 
 
221 aa  98.2  6e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0082  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.91 
 
 
264 aa  98.2  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2671  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.35 
 
 
253 aa  98.2  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.663672 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3154  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.37 
 
 
201 aa  97.4  1e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2925  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.11 
 
 
259 aa  97.4  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1870  Uracil-DNA glycosylase-like protein  34.5 
 
 
233 aa  97.4  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00147256  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.51 
 
 
186 aa  97.4  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2071  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.05 
 
 
211 aa  96.7  2e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0119  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.85 
 
 
191 aa  96.3  3e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1126  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.53 
 
 
235 aa  95.5  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1768  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.94 
 
 
194 aa  95.1  5e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3864  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.33 
 
 
327 aa  94.7  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0209903 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3061  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.73 
 
 
255 aa  94.4  8e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247484  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.73 
 
 
217 aa  94.4  9e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.863324  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.74 
 
 
209 aa  93.6  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1940  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.08 
 
 
205 aa  93.2  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000409376 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0290  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.34 
 
 
207 aa  93.6  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.17 
 
 
249 aa  92.8  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1487  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.08 
 
 
245 aa  92.4  4e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0717  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.32 
 
 
195 aa  92  5e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.667137 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1526  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  29.67 
 
 
217 aa  91.7  6e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1787  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.46 
 
 
196 aa  91.7  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.455491  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2596  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.99 
 
 
301 aa  91.3  8e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.213752 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4359  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.12 
 
 
277 aa  91.3  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0982104  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2605  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.47 
 
 
203 aa  90.9  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.54 
 
 
204 aa  90.9  1e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.3735  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.95 
 
 
264 aa  90.5  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.5261 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0443  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.12 
 
 
281 aa  90.9  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.31 
 
 
209 aa  90.1  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0147  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.71 
 
 
202 aa  89.7  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1809  DNA polymerase  34.43 
 
 
181 aa  90.1  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0265  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.93 
 
 
211 aa  90.1  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.88 
 
 
295 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3219  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.01 
 
 
289 aa  90.1  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2028  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.67 
 
 
290 aa  90.1  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0620  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.9 
 
 
290 aa  89.4  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.316003  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1058  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.54 
 
 
276 aa  89.4  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503443  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1228  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.11 
 
 
276 aa  89.4  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0619  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.9 
 
 
290 aa  89.4  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2840  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.49 
 
 
206 aa  89  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182688  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1838  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.73 
 
 
185 aa  89  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2345  putative DNA polymerase  28.27 
 
 
274 aa  89  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.191175  normal  0.189401 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0200  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.93 
 
 
305 aa  89  4e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  33.73 
 
 
224 aa  88.6  6e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1195  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.18 
 
 
258 aa  88.2  6e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0466  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.72 
 
 
264 aa  87.8  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113584  hitchhiker  0.00887798 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1500  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.29 
 
 
255 aa  87.4  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.43423  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4300  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.88 
 
 
207 aa  87.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0909  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.94 
 
 
285 aa  87.4  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.99 
 
 
205 aa  87  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2449  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.64 
 
 
210 aa  86.7  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.74 
 
 
290 aa  86.7  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2161  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.74 
 
 
191 aa  85.9  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.336529  hitchhiker  0.000279236 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0014  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.14 
 
 
263 aa  85.9  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3354  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.54 
 
 
217 aa  85.9  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.995704 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>