More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3004 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3004  ferredoxin  100 
 
 
493 aa  1016    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  79.11 
 
 
1150 aa  827    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0473  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  48.88 
 
 
996 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0344  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  46.06 
 
 
658 aa  434  1e-120  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1249  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  44.76 
 
 
1073 aa  424  1e-117  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0309731 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0455  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  46.39 
 
 
653 aa  420  1e-116  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.374087  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  45.81 
 
 
1412 aa  419  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.77 
 
 
1406 aa  414  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0658  glutamate synthase beta chain-related oxidoreductase, containing 2Fe-2S and 4Fe-4S clusters  44.04 
 
 
688 aa  409  1e-113  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0418  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  45 
 
 
653 aa  406  1.0000000000000001e-112  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.93 
 
 
1440 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  44.88 
 
 
1385 aa  405  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3298  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.25 
 
 
1432 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.01 
 
 
1424 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.25 
 
 
1428 aa  396  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3616  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.16 
 
 
1421 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0825  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.05 
 
 
1432 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00541451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3198  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.85 
 
 
1432 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.554904 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001399  formate dehydrogenase-O major subunit  48.53 
 
 
1387 aa  398  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.29 
 
 
1410 aa  394  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0937  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.97 
 
 
1426 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.137872  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.61 
 
 
1425 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0871  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.94 
 
 
1425 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.510403  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1737  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  43.21 
 
 
654 aa  387  1e-106  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0256396 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0580  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  42.47 
 
 
653 aa  386  1e-106  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000307705  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.14 
 
 
1425 aa  388  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0447  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  42.59 
 
 
656 aa  385  1e-105  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.595012  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.3 
 
 
1440 aa  380  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0413  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  42.39 
 
 
659 aa  366  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.933547  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2825  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  44.31 
 
 
699 aa  342  1e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0752  putative oxidoreductase  46.33 
 
 
470 aa  329  6e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000025302  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1181  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.67 
 
 
555 aa  328  9e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.590347 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2830  putative oxidoreductase  44.56 
 
 
469 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00165731  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0824  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  45.99 
 
 
1126 aa  323  4e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0317  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  43.5 
 
 
469 aa  312  9e-84  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000287651  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3057  putative oxidoreductase  42.78 
 
 
470 aa  309  9e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1693  putative oxidoreductase  42.25 
 
 
483 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.195871  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0372  sulfide dehydrogenase (flavoprotein) subunit SudA  41.31 
 
 
464 aa  308  1.0000000000000001e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.63559  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0651  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  44.53 
 
 
466 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.990694  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0021  putative oxidoreductase  43.54 
 
 
469 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3501  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  44.14 
 
 
463 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.860483  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0020  putative oxidoreductase  43.54 
 
 
469 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0537  putative oxidoreductase  41.65 
 
 
480 aa  302  7.000000000000001e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1138  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  42.29 
 
 
458 aa  302  8.000000000000001e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2314  respiratory-chain NADH dehydrogenase, 51 kDa subunit  43.38 
 
 
707 aa  301  1e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0653639  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1517  putative oxidoreductase  43.83 
 
 
463 aa  300  3e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06470  glutamate synthase (NADPH) small subunit  42.51 
 
 
476 aa  301  3e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000571005  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0510  Fe(III) reductase, beta subunit  41.61 
 
 
672 aa  299  8e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0035  putative oxidoreductase  42.82 
 
 
465 aa  299  9e-80  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0177614  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1564  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43.12 
 
 
891 aa  299  9e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0038  putative oxidoreductase  43.36 
 
 
465 aa  298  1e-79  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.237423  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1328  putative oxidoreductase  41.82 
 
 
455 aa  298  1e-79  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.100001  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2411  putative oxidoreductase  42.17 
 
 
471 aa  298  1e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000146466  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0489  putative oxidoreductase  40.71 
 
 
482 aa  298  1e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_36  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  42.82 
 
 
465 aa  296  7e-79  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.800256  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1163  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  41.48 
 
 
457 aa  296  8e-79  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00210  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  38.46 
 
 
612 aa  295  1e-78  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.301732 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0617  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  43.18 
 
 
466 aa  295  2e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.268237  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2002  putative oxidoreductase  41.46 
 
 
480 aa  295  2e-78  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.14117  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0493  putative oxidoreductase  40 
 
 
477 aa  295  2e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0661627  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1151  putative oxidoreductase  39.64 
 
 
468 aa  294  3e-78  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3023  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.36 
 
 
672 aa  293  4e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0436  putative oxidoreductase  41.46 
 
 
482 aa  292  8e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.259877  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2503  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  39.9 
 
 
663 aa  291  1e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2545  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  40.33 
 
 
464 aa  291  2e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000029955  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2150  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  41.92 
 
 
480 aa  291  2e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.60175  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0227  putative oxidoreductase  41.33 
 
 
469 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.967797 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2596  putative oxidoreductase  42.57 
 
 
469 aa  289  6e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.712045  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1071  putative oxidoreductase  44.44 
 
 
468 aa  288  1e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.188657  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1543  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.58 
 
 
618 aa  288  1e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0793  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  42.18 
 
 
761 aa  287  2e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.272826  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1855  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  45.38 
 
 
579 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0230589  normal  0.0943361 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0659  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  42.68 
 
 
670 aa  286  7e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1594  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  41.25 
 
 
609 aa  285  1.0000000000000001e-75  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1304  putative oxidoreductase  38.75 
 
 
468 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0672  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  42.44 
 
 
670 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0858799999999997e-27 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1250  putative oxidoreductase  39.43 
 
 
476 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1900  putative bifunctional 2-polyprenylphenol hydroxylase/glutamate synthase subunit beta  42.51 
 
 
747 aa  281  1e-74  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.22072  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0539  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  41.27 
 
 
483 aa  281  2e-74  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000497626  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1111  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  40 
 
 
469 aa  281  2e-74  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16540  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  39.9 
 
 
612 aa  280  3e-74  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.0000430303  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0262  putative oxidoreductase  42.15 
 
 
462 aa  280  3e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1194  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  40.36 
 
 
1487 aa  280  5e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0423  selenate reductase YgfK  42.16 
 
 
1075 aa  279  7e-74  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2167  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  39.12 
 
 
914 aa  278  2e-73  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1350  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  44.82 
 
 
1480 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.933284 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0283  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  40.2 
 
 
464 aa  277  2e-73  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0084  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  38.6 
 
 
476 aa  278  2e-73  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0715068  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0551  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  40.35 
 
 
479 aa  277  4e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1068  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  40.36 
 
 
461 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000664223  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0407  putative oxidoreductase  41.63 
 
 
503 aa  274  2.0000000000000002e-72  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0863164  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2033  glutamate synthase, small subunit  41.04 
 
 
462 aa  273  4.0000000000000004e-72  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000276272 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1282  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  41.07 
 
 
447 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1607  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  38.9 
 
 
467 aa  273  5.000000000000001e-72  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1263  putative oxidoreductase  38.37 
 
 
468 aa  273  7e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00449905  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1932  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40.78 
 
 
895 aa  272  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0418716  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2212  putative oxidoreductase  40.21 
 
 
465 aa  271  1e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2109  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  40.55 
 
 
445 aa  271  2e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.544287  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2748  putative trifunctional 2-polyprenylphenol hydroxylase/glutamate synthase subunit beta/ferritin domain-containing protein  39.34 
 
 
1005 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.036886  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25290  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  38.39 
 
 
612 aa  270  5e-71  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.126958 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>