More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2939 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 244 aa  502  1e-141  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  59.18 
 
 		 245 aa  313  9.999999999999999e-85  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  56.56 
 
 		 244 aa  311  4.999999999999999e-84  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  54.92 
 
 		 244 aa  282  4.0000000000000003e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  55.74 
 
 		 244 aa  279  3e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  55.74 
 
 		 244 aa  278  5e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  52.05 
 
 		 246 aa  266  2.9999999999999995e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  52.05 
 
 		 246 aa  266  2.9999999999999995e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 264 aa  253  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  48.77 
 
 		 245 aa  247  2e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  50.41 
 
 		 244 aa  245  4.9999999999999997e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  49.59 
 
 		 249 aa  242  3.9999999999999997e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  46.37 
 
 		 248 aa  238  4e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  46.37 
 
 		 248 aa  238  5e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  47.95 
 
 		 252 aa  237  1e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 		 247 aa  235  4e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  46.96 
 
 		 250 aa  235  6e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 250 aa  233  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 247 aa  231  9e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  45.93 
 
 		 246 aa  230  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  45.49 
 
 		 256 aa  228  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  45.9 
 
 		 244 aa  226  3e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  47.56 
 
 		 250 aa  223  3e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 262 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  45.08 
 
 		 252 aa  221  6e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 245 aa  217  1e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 245 aa  217  1e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  43.21 
 
 		 260 aa  217  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 245 aa  216  2e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 245 aa  217  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 245 aa  216  2e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 245 aa  216  4e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 248 aa  216  4e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 245 aa  215  7e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 259 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 244 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 252 aa  207  1e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  44.72 
 
 		 252 aa  207  1e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 252 aa  206  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 247 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 247 aa  206  4e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 247 aa  206  4e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 247 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 252 aa  206  4e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  45.31 
 
 		 271 aa  205  6e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  41.49 
 
 		 261 aa  205  7e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  41.29 
 
 		 305 aa  204  8e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 252 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 258 aa  204  1e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 256 aa  204  1e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 247 aa  203  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  41.91 
 
 		 351 aa  201  8e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 		 261 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 267 aa  199  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 267 aa  199  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 283 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  43.09 
 
 		 247 aa  199  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 264 aa  199  3e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 271 aa  199  3.9999999999999996e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 268 aa  199  3.9999999999999996e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 248 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  40.59 
 
 		 259 aa  198  7e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 		 261 aa  198  7e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 261 aa  197  9e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 261 aa  197  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  40.66 
 
 		 261 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 		 266 aa  196  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 261 aa  196  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 		 261 aa  196  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 265 aa  195  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 280 aa  195  7e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 261 aa  195  7e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 261 aa  194  9e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 		 261 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 		 261 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 261 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 276 aa  193  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 264 aa  193  2e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 263 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 262 aa  192  3e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 261 aa  192  3e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 268 aa  193  3e-48  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 261 aa  192  3e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 261 aa  191  7e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 273 aa  191  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 270 aa  191  8e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 261 aa  191  9e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  42.15 
 
 		 306 aa  191  9e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 		 282 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 262 aa  190  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  37.24 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 		 269 aa  190  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 261 aa  190  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 249 aa  189  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>