More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2903 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2903  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
212 aa  422  1e-117  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000477342  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  65.57 
 
 
212 aa  298  6e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000233446  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  67.77 
 
 
210 aa  285  4e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  65.4 
 
 
210 aa  280  1e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  63.98 
 
 
209 aa  265  5e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  63.51 
 
 
209 aa  263  1e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  63.46 
 
 
209 aa  257  8e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  60 
 
 
209 aa  249  2e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0215  50S ribosomal protein L3  58.77 
 
 
209 aa  246  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000370606  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  60.85 
 
 
210 aa  244  4.9999999999999997e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000119433  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  56.13 
 
 
211 aa  244  6.999999999999999e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  61.14 
 
 
211 aa  244  6.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0105  50S ribosomal protein L3  60.85 
 
 
210 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000775669  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5195  50S ribosomal protein L3  60.85 
 
 
210 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000842867  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  53.33 
 
 
209 aa  240  1e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0110  50S ribosomal protein L3  60.38 
 
 
210 aa  239  2e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000528056  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0110  50S ribosomal protein L3  60.38 
 
 
210 aa  239  2e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000986131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0106  50S ribosomal protein L3  60.38 
 
 
210 aa  239  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.6707699999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0104  50S ribosomal protein L3  60.38 
 
 
210 aa  239  2e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000168091  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0131  50S ribosomal protein L3  60.38 
 
 
210 aa  239  2e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000141135  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0122  50S ribosomal protein L3  60.38 
 
 
210 aa  239  2e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0599700000000001e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0110  50S ribosomal protein L3  60.38 
 
 
210 aa  239  2e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000246604  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  52.86 
 
 
209 aa  239  2e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0141  50S ribosomal protein L3  60.38 
 
 
210 aa  239  2e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000551418  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  60.1 
 
 
213 aa  232  3e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  55.61 
 
 
205 aa  232  3e-60  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000660439  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  55.98 
 
 
211 aa  231  6e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2333  50S ribosomal protein L3  56.19 
 
 
212 aa  231  8.000000000000001e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000241734  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  54.85 
 
 
209 aa  229  2e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  55.5 
 
 
213 aa  229  3e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  53.55 
 
 
210 aa  228  6e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000331463  hitchhiker  0.000000000000331617 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0194  50S ribosomal protein L3  54.98 
 
 
210 aa  228  8e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000719285  normal  0.0489845 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  55.56 
 
 
211 aa  224  5.0000000000000005e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 
210 aa  223  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  52.38 
 
 
213 aa  223  2e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
211 aa  221  9e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  48.79 
 
 
207 aa  217  8.999999999999998e-56  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000858376  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0058  50S ribosomal protein L3  57.08 
 
 
208 aa  217  1e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00491271  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  53.33 
 
 
207 aa  216  1e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263563  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  53.33 
 
 
207 aa  216  1e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1831  50S ribosomal protein L3  53.46 
 
 
220 aa  216  2e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000207996  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  53.17 
 
 
206 aa  216  2e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0196  50S ribosomal protein L3  55.02 
 
 
228 aa  216  2e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0113604  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
218 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0933  50S ribosomal protein L3  50.94 
 
 
211 aa  215  4e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00137042  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  49.06 
 
 
211 aa  214  5.9999999999999996e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2318  50S ribosomal protein L3  53.46 
 
 
220 aa  213  9.999999999999999e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000223614  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  55.07 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
210 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  55.07 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  55.07 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3328  50S ribosomal protein L3  50.47 
 
 
211 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000332976 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  52.17 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0291  50S ribosomal protein L3  54.72 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000100637  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1907  50S ribosomal protein L3  56.13 
 
 
208 aa  213  1.9999999999999998e-54  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000032853  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  49.76 
 
 
216 aa  212  2.9999999999999995e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1123  ribosomal protein L3  51.92 
 
 
220 aa  212  3.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  52.17 
 
 
209 aa  211  4.9999999999999996e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  49.27 
 
 
206 aa  211  7e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  51.3 
 
 
217 aa  211  7.999999999999999e-54  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  53.62 
 
 
209 aa  211  9e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  54.11 
 
 
209 aa  211  9e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
218 aa  210  1e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  51.69 
 
 
209 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
217 aa  210  2e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  51.21 
 
 
210 aa  209  3e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2277  50S ribosomal protein L3  52.53 
 
 
220 aa  208  4e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  50 
 
 
222 aa  209  4e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  53.14 
 
 
209 aa  207  6e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  54.11 
 
 
209 aa  208  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 
214 aa  208  6e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0962  ribosomal protein L3  52.2 
 
 
206 aa  208  6e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000608869  hitchhiker  0.0000000000269964 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  53.62 
 
 
209 aa  208  6e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000354089  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0249  50S ribosomal protein L3  51.24 
 
 
212 aa  207  7e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.587373  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  53.14 
 
 
209 aa  207  7e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0252  50S ribosomal protein L3  51.24 
 
 
212 aa  207  7e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
209 aa  207  7e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  53.14 
 
 
209 aa  207  8e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  50 
 
 
213 aa  207  1e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  53.37 
 
 
211 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
211 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  51.44 
 
 
215 aa  207  1e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
211 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  53.37 
 
 
211 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  53.37 
 
 
211 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  53.37 
 
 
211 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  53.37 
 
 
211 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
218 aa  206  2e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3703  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 
212 aa  206  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  47.14 
 
 
214 aa  205  3e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  52.66 
 
 
209 aa  205  4e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
217 aa  205  4e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  54.07 
 
 
212 aa  205  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206645  decreased coverage  0.0000470561 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  52.66 
 
 
209 aa  205  4e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030519  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  52.66 
 
 
209 aa  205  4e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  52.66 
 
 
209 aa  205  4e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000338592  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  52.66 
 
 
209 aa  205  4e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  52.66 
 
 
209 aa  205  4e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
217 aa  205  4e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  53.11 
 
 
212 aa  205  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>