249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2898 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2898  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 
104 aa  200  7e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.195933  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0435  anti-sigma-factor antagonist  56.12 
 
 
102 aa  109  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0398  anti-sigma-factor antagonist  61.8 
 
 
105 aa  103  6e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.113145  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0371  anti-anti-sigma factor  39.08 
 
 
112 aa  77  0.00000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.117703  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8450  anti-sigma-factor antagonist  40.24 
 
 
113 aa  74.3  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000560985 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0483  anti-sigma-factor antagonist  38.55 
 
 
122 aa  73.9  0.0000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0339513  hitchhiker  0.00320787 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4828  anti-sigma-factor antagonist  39.08 
 
 
117 aa  73.6  0.0000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4302  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  38.55 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0312  anti-sigma-factor antagonist  38.55 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.123512 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1975  anti-sigma-factor antagonist  37.78 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.441965  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0501  anti-sigma-factor antagonist  35.71 
 
 
109 aa  71.6  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.868486 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0122  anti-sigma factor antagonist  37.36 
 
 
117 aa  70.5  0.000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.672861  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2762  anti-sigma-factor antagonist  32 
 
 
111 aa  69.7  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433544 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1352  anti-sigma-factor antagonist  41.3 
 
 
110 aa  69.3  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0187779  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0911  anti-sigma B factor antagonist (RsbV)  34.65 
 
 
111 aa  68.6  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000190943  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0872  anti-sigma-factor antagonist  31.58 
 
 
120 aa  68.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0494  putative anti-anti-sigma regulatory factor  37.8 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.937687 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0221  anti-sigma-factor antagonist  37.8 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1084  anti sigma b factor antagonist RsbV  34.65 
 
 
111 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1157  anti sigma b factor antagonist RsbV  34.65 
 
 
112 aa  67.8  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5320  anti-sigma-factor antagonist  37.35 
 
 
115 aa  68.2  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.232831 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1231  anti-sigma-factor antagonist  34.65 
 
 
109 aa  68.2  0.00000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0007  anti-sigma-factor antagonist  41.94 
 
 
101 aa  67.4  0.00000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000178812  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2103  anti-sigma-factor antagonist  43.42 
 
 
108 aa  67  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.306695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2140  anti-anti-sigma factor  43.42 
 
 
108 aa  67  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0035  anti-sigma-factor antagonist  27.59 
 
 
116 aa  67  0.00000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1031  anti sigma b factor antagonist RsbV  33.66 
 
 
112 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1679  anti-anti-sigma factor RsbV  40 
 
 
108 aa  66.2  0.0000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0926  anti sigma b factor antagonist RsbV  33.66 
 
 
111 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0990  anti sigma b factor antagonist RsbV  33.66 
 
 
111 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4413  anti-sigma-factor antagonist  35.06 
 
 
111 aa  65.5  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0192298 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1334  anti-sigma-factor antagonist  38.04 
 
 
110 aa  65.1  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0232359  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1066  anti sigma b factor antagonist RsbV  32.67 
 
 
112 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.8531e-37 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2642  anti-sigma-factor antagonist  27.27 
 
 
106 aa  64.7  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000138005  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0894  anti-sigma B factor antagonist  32.67 
 
 
111 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3055  anti-sigma factor antagonist  33.7 
 
 
151 aa  64.7  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4032  anti-anti-sigma factor  35.06 
 
 
151 aa  63.9  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.175492  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0628  anti-sigma-factor antagonist  32.18 
 
 
117 aa  63.9  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0115  anti-sigma-factor antagonist  29.27 
 
 
110 aa  63.9  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1096  anti-sigma-factor antagonist  29.17 
 
 
103 aa  63.5  0.0000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.927146  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4272  anti sigma b factor antagonist RsbV  35.71 
 
 
112 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0129629  hitchhiker  0.00320948 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0067  anti-anti-sigma factor family protein  33.33 
 
 
123 aa  62.8  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0372  anti-sigma-factor antagonist  29.35 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2773  anti-sigma-factor antagonist  29.35 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.165938  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1972  anti-sigma-factor antagonist  34.38 
 
 
111 aa  62.4  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000507939  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4431  anti-sigma-factor antagonist  33.68 
 
 
100 aa  62.4  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0901  anti-sigma-factor antagonist  35.71 
 
 
112 aa  62  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1795  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  33.68 
 
 
110 aa  62.4  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5267  anti-sigma-factor antagonist  27.47 
 
 
118 aa  62.8  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3722  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  34.09 
 
 
129 aa  61.6  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.853614  normal  0.538424 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2252  anti-sigma-factor antagonist  31.52 
 
 
116 aa  61.6  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0135  anti-sigma F factor antagonist  28.41 
 
 
117 aa  61.6  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.666066  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1681  anti-anti-sigma factor family protein  27.59 
 
 
105 aa  61.6  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.506644 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3486  anti-sigma-factor antagonist  33.75 
 
 
116 aa  61.2  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1274  anti-sigma-factor antagonist  27.84 
 
 
203 aa  61.6  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.444037  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0932  anti-sigma-factor antagonist  28.28 
 
 
111 aa  61.2  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.554798  normal  0.118928 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1498  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  29.76 
 
 
113 aa  60.5  0.000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2747  anti-sigma-factor antagonist  25.29 
 
 
110 aa  60.5  0.000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4144  anti-sigma F factor antagonist  28.26 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.131803  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3985  anti-sigma F factor antagonist  28.26 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.342658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3815  anti-sigma F factor antagonist  28.26 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3831  anti-sigma F factor antagonist  28.26 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3448  anti-sigma-factor antagonist  28.24 
 
 
112 aa  60.1  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0429116  normal  0.223607 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4296  anti-sigma F factor antagonist  28.26 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4096  anti-sigma F factor antagonist  28.26 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.64366e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4207  anti-sigma F factor antagonist  28.26 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263049  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0062  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  31.07 
 
 
116 aa  59.3  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0726506 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3905  anti-sigma-factor antagonist  29.35 
 
 
116 aa  58.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4184  anti-sigma F factor antagonist  28.26 
 
 
116 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0744787  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5547  anti-sigma-factor antagonist  29.41 
 
 
123 aa  59.3  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483567  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1833  anti-sigma-factor antagonist  25 
 
 
135 aa  58.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.190491  normal  0.904547 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1054  anti-sigma F factor antagonist  28.26 
 
 
116 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0273887 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1621  anti-sigma-factor antagonist  37.35 
 
 
110 aa  59.3  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6797  anti-sigma-factor antagonist  24.77 
 
 
123 aa  58.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1843  anti-sigma-factor antagonist  32.93 
 
 
104 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1869  anti-sigma-factor antagonist  32.93 
 
 
104 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.735453  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0347  anti-sigma-factor antagonist  31.71 
 
 
117 aa  58.2  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07000  anti-sigma-factor antagonist spoIIAA  32.94 
 
 
120 aa  57.8  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0920  anti-sigma-factor antagonist  35.37 
 
 
115 aa  57.4  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548618  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0828  anti-sigma-factor antagonist  28 
 
 
132 aa  57.4  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0177  anti-sigma-factor antagonist  29.07 
 
 
108 aa  57  0.00000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2083  anti-anti-sigma factor  29.03 
 
 
183 aa  56.2  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118848  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0792  anti-sigma-factor antagonist  33.7 
 
 
112 aa  56.2  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0353  anti-sigma-factor antagonist  29.07 
 
 
115 aa  56.2  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2330  anti-sigma-factor antagonist  29.79 
 
 
124 aa  56.6  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3767  anti-sigma-factor antagonist  30.11 
 
 
117 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0751293  unclonable  0.00000923115 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2101  anti-sigma-factor antagonist  30.77 
 
 
111 aa  55.5  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1117  anti-sigma-factor antagonist  27.08 
 
 
117 aa  55.5  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.113154  normal  0.94353 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3440  anti-sigma-factor antagonist  32.95 
 
 
115 aa  55.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1430  anti-sigma-factor antagonist  27.27 
 
 
121 aa  55.1  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1838  anti-sigma-factor antagonist  29.07 
 
 
115 aa  55.1  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.422336  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4033  anti-sigma-factor antagonist  29.59 
 
 
110 aa  54.7  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2660  anti-sigma-factor antagonist  31.25 
 
 
111 aa  55.1  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.144992  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7188  anti-sigma-factor antagonist  27.17 
 
 
115 aa  54.3  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6798  Anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)-like protein  30.95 
 
 
150 aa  54.7  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1048  Anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)-like protein  26.47 
 
 
137 aa  54.3  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0475989 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1492  anti-sigma-factor antagonist  28.12 
 
 
134 aa  54.3  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0194  anti-sigma F factor antagonist  26.26 
 
 
112 aa  53.9  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1827  anti-sigma-factor antagonist  26.97 
 
 
111 aa  53.9  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2556  anti-sigma-factor antagonist  30.43 
 
 
116 aa  53.9  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>