123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2690 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2690  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  100 
 
 
301 aa  607  1e-173  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000203093  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3242  UbiA prenyltransferase  47.46 
 
 
310 aa  292  5e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000441588  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0169  UbiA prenyltransferase  51.62 
 
 
319 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1406  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  46.72 
 
 
318 aa  271  8.000000000000001e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.151808  normal  0.364163 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3217  UbiA prenyltransferase  45.45 
 
 
315 aa  270  2e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00000417906  normal  0.0803548 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1416  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  46.91 
 
 
320 aa  269  4e-71  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000808669  hitchhiker  0.00108845 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2248  UbiA prenyltransferase  46.18 
 
 
327 aa  263  3e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000928316  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4060  UbiA prenyltransferase  46.84 
 
 
327 aa  263  3e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000422239  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0233  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  44.68 
 
 
291 aa  256  2e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.394214  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1995  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  46.18 
 
 
301 aa  253  4.0000000000000004e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5056  UbiA prenyltransferase  46.35 
 
 
295 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.397977  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5061  UbiA prenyltransferase  46.35 
 
 
295 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1818  UbiA prenyltransferase  40.07 
 
 
335 aa  241  1e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1966  UbiA prenyltransferase  44.68 
 
 
301 aa  233  3e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2194  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  37.97 
 
 
331 aa  219  3e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal  0.405209 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3527  UbiA prenyltransferase  39.18 
 
 
304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1948  UbiA prenyltransferase  37.41 
 
 
290 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4052  UbiA prenyltransferase  38.3 
 
 
296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.820743 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6246  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  39.73 
 
 
321 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.434954  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0329  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  37.63 
 
 
294 aa  204  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3231  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  39.25 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4052  UbiA prenyltransferase  35.09 
 
 
295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0321079  normal  0.0610101 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1645  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  35.89 
 
 
296 aa  196  6e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3731  UbiA prenyltransferase  35.82 
 
 
318 aa  192  7e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000383911  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1013  UbiA prenyltransferase  38.81 
 
 
291 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.810785 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1465  UbiA prenyltransferase  35.76 
 
 
288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0342243  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1642  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  36 
 
 
280 aa  177  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1502  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  35.02 
 
 
284 aa  171  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.130276  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5665  UbiA prenyltransferase  35.87 
 
 
334 aa  170  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5017  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  33.21 
 
 
310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5105  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  33.21 
 
 
310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.27999  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5398  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  33.21 
 
 
310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.221882 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03325  hypothetical protein  36.9 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2584  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.95 
 
 
280 aa  163  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4030  UbiA prenyltransferase  37.09 
 
 
288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1405  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  30.77 
 
 
286 aa  159  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.289114 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0207  UbiA prenyltransferase  31.29 
 
 
308 aa  159  7e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0509  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  36.62 
 
 
286 aa  158  1e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.229996 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2111  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
285 aa  157  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01330  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase-like prenyltransferase  30.07 
 
 
308 aa  157  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.139856  normal  0.645084 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2564  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  35.4 
 
 
296 aa  156  4e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1216  UbiA prenyltransferase  34.96 
 
 
268 aa  155  6e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0164  UbiA prenyltransferase  29.97 
 
 
306 aa  151  2e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.256957  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1962  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  33.93 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0811  UbiA prenyltransferase  31.46 
 
 
308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3500  UbiA prenyltransferase  36.36 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0251416  normal  0.998384 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5647  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.06 
 
 
309 aa  144  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0972771  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13840  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.1 
 
 
302 aa  143  3e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.409705 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3882  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  30.9 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0147542 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1739  UbiA prenyltransferase  32.04 
 
 
309 aa  138  1e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.463163  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0993  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.23 
 
 
281 aa  137  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2376  UbiA prenyltransferase  33.94 
 
 
293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00872573 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1026  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.23 
 
 
281 aa  136  5e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1162  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  30.28 
 
 
309 aa  136  5e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.450588 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1773  UbiA prenyltransferase  31.14 
 
 
312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143657  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1710  hypothetical protein  29.82 
 
 
503 aa  121  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.792915  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4253  hypothetical protein  30.34 
 
 
477 aa  117  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.326142 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0134  UbiA prenyltransferase  35.56 
 
 
180 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00304633  normal  0.917223 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4211  hypothetical protein  31.84 
 
 
482 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5788  hypothetical protein  32.5 
 
 
484 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0064  hypothetical protein  31.92 
 
 
489 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1029  hypothetical protein  33.06 
 
 
485 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0500  hypothetical protein  34.09 
 
 
472 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.19137 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1137  hypothetical protein  34.05 
 
 
483 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.136806  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0855  hypothetical protein  30.86 
 
 
479 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.719485  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0803  hypothetical protein  30.86 
 
 
479 aa  113  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.381572  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2460  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.71 
 
 
294 aa  112  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.372558  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3980  hypothetical protein  33.33 
 
 
498 aa  109  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0272963  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2161  hypothetical protein  30.19 
 
 
484 aa  108  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0757  hypothetical protein  30.86 
 
 
481 aa  107  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7178  hypothetical protein  34.54 
 
 
475 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3635  hypothetical protein  37.5 
 
 
479 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.251821  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5594  hypothetical protein  28.09 
 
 
494 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.626136  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2964  hypothetical protein  33.49 
 
 
479 aa  99  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2829  hypothetical protein  26.56 
 
 
460 aa  98.6  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0400356  normal  0.158878 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3784  hypothetical protein  27.97 
 
 
474 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.650913  normal  0.334057 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0269  UbiA prenyltransferase  24.92 
 
 
322 aa  95.1  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2275  hypothetical protein  28.09 
 
 
473 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.493912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0898  hypothetical protein  28.32 
 
 
474 aa  92.4  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.897817  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3163  hypothetical protein  30.95 
 
 
508 aa  86.3  7e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147535  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3487  hypothetical protein  30.95 
 
 
508 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4796  hypothetical protein  27.89 
 
 
631 aa  81.6  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.518847  normal  0.599204 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0173  hypothetical protein  27.74 
 
 
474 aa  79.3  0.00000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.208318 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0132  putative transmembrane potein  35.85 
 
 
124 aa  78.6  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0144788  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0936  hypothetical protein  30.95 
 
 
498 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0507653  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2303  hypothetical protein  27.24 
 
 
483 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.223349  normal  0.0447884 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3359  hypothetical protein  31.55 
 
 
521 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1976  UbiA prenyltransferase  26.88 
 
 
344 aa  67.4  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000257247 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6496  UbiA prenyltransferase  26.39 
 
 
328 aa  63.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.518447  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7263  UbiA prenyltransferase  35.65 
 
 
300 aa  57  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000688363  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0429  UbiA prenyltransferase  28.48 
 
 
292 aa  48.5  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.270535  normal  0.910101 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0468  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  32.43 
 
 
286 aa  47.4  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0315  prenyltransferase  28.26 
 
 
283 aa  47  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1647  Geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase  35.63 
 
 
282 aa  46.6  0.0005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.114853  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1538  bacteriochlorophyll c synthase  29.2 
 
 
338 aa  46.6  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4497  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  34.38 
 
 
286 aa  46.2  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0633254  normal  0.801833 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1693  prenyltransferase  30.68 
 
 
288 aa  45.8  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00802705  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0160  UbiA prenyltransferase  24.22 
 
 
291 aa  45.8  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000799272  hitchhiker  0.000000000000598028 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3384  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  32.81 
 
 
286 aa  45.4  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0469  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  35.83 
 
 
288 aa  44.3  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>