More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2561 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
379 aa  788    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.31 
 
 
395 aa  340  2.9999999999999998e-92  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.36 
 
 
358 aa  326  4.0000000000000003e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  43.19 
 
 
357 aa  324  2e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.82 
 
 
359 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.54 
 
 
359 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.01 
 
 
356 aa  322  7e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.54 
 
 
359 aa  322  9.000000000000001e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.54 
 
 
359 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.78 
 
 
358 aa  321  9.999999999999999e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.26 
 
 
359 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.19 
 
 
361 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.19 
 
 
357 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.19 
 
 
361 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.93 
 
 
357 aa  318  7e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.1 
 
 
361 aa  313  4.999999999999999e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.07 
 
 
372 aa  310  4e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.62 
 
 
367 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.02 
 
 
357 aa  306  5.0000000000000004e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.02 
 
 
391 aa  305  6e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.01 
 
 
362 aa  303  3.0000000000000004e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.59 
 
 
367 aa  301  1e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.38 
 
 
358 aa  301  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.88 
 
 
362 aa  301  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.98 
 
 
364 aa  300  2e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.27 
 
 
372 aa  300  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.68 
 
 
352 aa  298  8e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.94 
 
 
358 aa  298  1e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.55 
 
 
361 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.09 
 
 
363 aa  296  4e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.09 
 
 
363 aa  296  4e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.74 
 
 
355 aa  294  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.47 
 
 
353 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.77 
 
 
353 aa  294  1e-78  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.97 
 
 
351 aa  294  2e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.69 
 
 
351 aa  294  2e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.97 
 
 
351 aa  292  7e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  42.81 
 
 
361 aa  290  3e-77  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.6 
 
 
360 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.41 
 
 
351 aa  289  7e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.88 
 
 
360 aa  287  2e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.58 
 
 
367 aa  285  9e-76  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.25 
 
 
357 aa  285  9e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.83 
 
 
360 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.23 
 
 
358 aa  280  4e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.72 
 
 
365 aa  278  8e-74  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.58 
 
 
362 aa  278  1e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.45 
 
 
366 aa  278  1e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.21 
 
 
358 aa  277  2e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.11 
 
 
368 aa  277  2e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.58 
 
 
362 aa  276  3e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  40.06 
 
 
368 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.34 
 
 
371 aa  273  3e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.11 
 
 
365 aa  273  3e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.2 
 
 
364 aa  273  3e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.32 
 
 
366 aa  272  6e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.04 
 
 
359 aa  269  5e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.03 
 
 
354 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.87 
 
 
369 aa  267  2e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.4 
 
 
362 aa  266  4e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.2 
 
 
368 aa  263  3e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.9 
 
 
368 aa  262  6e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.03 
 
 
354 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.98 
 
 
357 aa  258  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.87 
 
 
366 aa  257  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.54 
 
 
364 aa  256  6e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.3 
 
 
386 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.34 
 
 
371 aa  253  3e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.88 
 
 
386 aa  252  9.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  37.15 
 
 
366 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.19 
 
 
367 aa  249  4e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.05 
 
 
366 aa  246  4.9999999999999997e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  35.83 
 
 
361 aa  242  7e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  37.18 
 
 
365 aa  241  1e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.72 
 
 
357 aa  234  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.73 
 
 
324 aa  176  6e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.63 
 
 
331 aa  159  9e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
406 aa  156  7e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
331 aa  156  7e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
330 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.61 
 
 
323 aa  110  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.52 
 
 
327 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
328 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
328 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
335 aa  103  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.25 
 
 
345 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.85 
 
 
336 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.08 
 
 
323 aa  102  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
336 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.97 
 
 
336 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.51 
 
 
356 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.08 
 
 
323 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.36 
 
 
335 aa  100  5e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.46 
 
 
336 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.37 
 
 
413 aa  100  5e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.08 
 
 
322 aa  100  6e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
332 aa  100  6e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2456  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.74 
 
 
353 aa  99  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.28 
 
 
322 aa  98.2  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>