More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2553 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2553  radical SAM family protein  100 
 
 		 341 aa  703    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4175  Radical SAM domain protein  47.32 
 
 		 342 aa  334  1e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2552  radical SAM family protein  36.66 
 
 		 340 aa  229  5e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2551  radical SAM family protein  36.53 
 
 		 344 aa  208  1e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2556  radical SAM family protein  35.24 
 
 		 337 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4173  Radical SAM domain protein  36.36 
 
 		 344 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4172  Radical SAM domain protein  33.93 
 
 		 338 aa  194  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3342  radical SAM domain-containing protein  35.47 
 
 		 359 aa  195  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3345  radical SAM domain-containing protein  33.53 
 
 		 338 aa  191  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1124  Fe-S oxidoreductases  34.41 
 
 		 338 aa  185  9e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1126  Fe-S oxidoreductase  25.52 
 
 		 347 aa  95.9  9e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0342  radical SAM domain-containing protein  26.06 
 
 		 335 aa  79.3  0.00000000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0151075 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2787  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 		 307 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  24.18 
 
 		 399 aa  74.3  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  20.18 
 
 		 351 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0507  radical SAM domain-containing protein  21.64 
 
 		 332 aa  73.6  0.000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0681581  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  21.41 
 
 		 355 aa  73.2  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0901  radical SAM superfamily protein  24.85 
 
 		 358 aa  73.2  0.000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  25.62 
 
 		 339 aa  73.2  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  28.93 
 
 		 413 aa  72.8  0.000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2754  radical SAM domain-containing protein  23.43 
 
 		 332 aa  72  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0952  Radical SAM domain protein  31.11 
 
 		 437 aa  71.2  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00605498  hitchhiker  0.00000184095 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0197  radical SAM family protein  25.33 
 
 		 367 aa  71.6  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1114  radical SAM domain-containing protein  25.16 
 
 		 322 aa  71.6  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2515  radical SAM domain-containing protein  30.88 
 
 		 471 aa  70.1  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3724  Radical SAM domain protein  26.1 
 
 		 355 aa  70.5  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2224  Radical SAM domain protein  22.41 
 
 		 329 aa  70.1  0.00000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  32.67 
 
 		 395 aa  70.1  0.00000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1235  radical SAM domain-containing protein  32.31 
 
 		 434 aa  69.7  0.00000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.9409  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0173  cofactor modifying protein (cmo)  26.71 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1394  radical SAM domain-containing protein  28.68 
 
 		 451 aa  69.3  0.00000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0587  radical SAM family protein  20.86 
 
 		 376 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  34.4 
 
 		 393 aa  68.2  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0231  radical SAM family protein  23.46 
 
 		 445 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0106929  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3016  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 513 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 		 359 aa  67  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  31.25 
 
 		 358 aa  67  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  19.35 
 
 		 351 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  30.56 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1542  Radical SAM domain protein  23.53 
 
 		 372 aa  66.2  0.0000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0085806  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  31.97 
 
 		 399 aa  65.9  0.0000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0419  Fe-S oxidoreductase-like protein  28.52 
 
 		 284 aa  65.5  0.000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.399377  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  22.32 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  33.6 
 
 		 394 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1590  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  35.61 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.370128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1036  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  35.61 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.643895  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0825  Radical SAM domain protein  29.94 
 
 		 384 aa  64.7  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000904645  hitchhiker  0.00000108839 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.08 
 
 		 378 aa  64.3  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  29.33 
 
 		 479 aa  63.9  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0506  radical SAM domain-containing protein  24.21 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00221713  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  21.66 
 
 		 340 aa  64.3  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  26.88 
 
 		 372 aa  63.9  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  26.83 
 
 		 415 aa  63.9  0.000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0885  glycosyltransferase  32.14 
 
 		 392 aa  63.5  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.356928  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  33.87 
 
 		 393 aa  63.5  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  21.45 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  21.78 
 
 		 399 aa  62.8  0.000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  30.88 
 
 		 384 aa  62  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  21.73 
 
 		 349 aa  62  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  22.35 
 
 		 397 aa  62.4  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2349  Radical SAM domain protein  22.26 
 
 		 873 aa  62.4  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  28.38 
 
 		 363 aa  62.4  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1601  heme biosynthesis protein, putative  28.66 
 
 		 354 aa  62  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.196015  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  22.07 
 
 		 358 aa  62.4  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  22.32 
 
 		 389 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  23.87 
 
 		 346 aa  61.6  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1445  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.82 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 		 414 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0931  Radical SAM domain protein  30.28 
 
 		 436 aa  60.8  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.996122  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  31.29 
 
 		 409 aa  60.8  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3588  radical SAM domain-containing protein  27.21 
 
 		 446 aa  60.8  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0905  radical SAM domain-containing protein  27.62 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.54943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  32.26 
 
 		 394 aa  60.8  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  25.62 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1609  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  32.31 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  23.38 
 
 		 394 aa  60.5  0.00000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  24.58 
 
 		 325 aa  60.5  0.00000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0734  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  31.06 
 
 		 333 aa  60.5  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  21.21 
 
 		 405 aa  60.5  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0853  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 		 332 aa  60.1  0.00000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.796243 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  27.4 
 
 		 377 aa  59.7  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0322  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  34.09 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0369  radical SAM domain-containing protein  21.17 
 
 		 317 aa  59.7  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.722387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  32.26 
 
 		 393 aa  59.7  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1064  radical SAM domain-containing protein  22.51 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.468822  normal  0.968223 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2413  radical SAM domain-containing protein  29.32 
 
 		 445 aa  59.3  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336702  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  28.95 
 
 		 396 aa  59.3  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0323  Radical SAM domain protein  30.67 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  27.04 
 
 		 450 aa  59.3  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1782  Radical SAM domain protein  29.05 
 
 		 404 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2884  Fe-S oxidoreductase  23.87 
 
 		 447 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00154845  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  30.3 
 
 		 380 aa  58.9  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0838  radical SAM domain-containing protein  30.34 
 
 		 465 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0155744  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  21.7 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4990  radical SAM family protein  29.45 
 
 		 386 aa  58.2  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.396764  normal  0.819586 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3080  Radical SAM domain protein  25.9 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0796  Radical SAM domain protein  21.88 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.151454 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3299  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.77 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.483331 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1695  radical SAM family protein  24.52 
 
 		 491 aa  58.2  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.192909  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2958  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.46 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>