More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2320 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
334 aa  686    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  42.72 
 
 
328 aa  247  2e-64  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  41.08 
 
 
308 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  41.8 
 
 
313 aa  228  2e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  43.04 
 
 
310 aa  226  4e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  41.28 
 
 
335 aa  225  8e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  41.08 
 
 
313 aa  218  1e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  40.25 
 
 
335 aa  216  4e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4319  DNA-cytosine methyltransferase family protein  38.34 
 
 
312 aa  200  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165512 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1155  DNA-cytosine methyltransferase  37.5 
 
 
317 aa  200  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  35.53 
 
 
323 aa  192  9e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  36.18 
 
 
368 aa  172  6.999999999999999e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  46.31 
 
 
406 aa  170  2e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  36.22 
 
 
345 aa  170  4e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  32.65 
 
 
423 aa  166  5e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
319 aa  166  5e-40  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  32.75 
 
 
423 aa  166  8e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  35.89 
 
 
379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  35.11 
 
 
313 aa  162  7e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  32.69 
 
 
361 aa  155  7e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2284  DNA-cytosine methyltransferase  30.98 
 
 
399 aa  154  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  29.56 
 
 
329 aa  153  4e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  28.7 
 
 
338 aa  151  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  29 
 
 
395 aa  150  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3572  DNA-cytosine methyltransferase  33.13 
 
 
370 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  unclonable  0.0000000000674254  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  31.79 
 
 
416 aa  149  7e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  28.16 
 
 
350 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  33.04 
 
 
357 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  32.22 
 
 
362 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  32.06 
 
 
320 aa  146  5e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  27.88 
 
 
350 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.55 
 
 
431 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2012  DNA-cytosine methyltransferase  32.56 
 
 
398 aa  144  1e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  30.25 
 
 
324 aa  144  2e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  30.92 
 
 
468 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0365  DNA-cytosine methyltransferase family protein  31.23 
 
 
350 aa  142  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  31.14 
 
 
402 aa  142  8e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2869  DNA-cytosine methyltransferase  30.75 
 
 
409 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000758151  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  32.2 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  29.19 
 
 
329 aa  141  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  31.3 
 
 
319 aa  140  3e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0961  DNA-cytosine methyltransferase  31.81 
 
 
350 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00151605  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  32.42 
 
 
337 aa  139  6e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  31.4 
 
 
370 aa  139  7e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  30.89 
 
 
327 aa  138  1e-31  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0121  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  32.11 
 
 
395 aa  138  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  29 
 
 
373 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  28.1 
 
 
320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1749  DNA-cytosine methyltransferase  33.23 
 
 
350 aa  136  5e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000535565  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  40.76 
 
 
415 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  30.16 
 
 
434 aa  135  8e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  28.66 
 
 
657 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0534  DNA-cytosine methyltransferase  30.39 
 
 
399 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499669  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  28.9 
 
 
395 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  30.71 
 
 
438 aa  132  6e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  29.12 
 
 
727 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.48 
 
 
405 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  28.31 
 
 
418 aa  129  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  28.31 
 
 
418 aa  129  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  29.38 
 
 
388 aa  128  1.0000000000000001e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4252  DNA-cytosine methyltransferase  30.36 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0263417 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4962  DNA-cytosine methyltransferase  31.17 
 
 
342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  29.77 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1205  DNA-cytosine methyltransferase  31.19 
 
 
632 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.649135 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  28.48 
 
 
331 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  27.95 
 
 
416 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  27.24 
 
 
311 aa  127  3e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7069  DNA-cytosine methyltransferase  26.77 
 
 
393 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000135592  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3438  DNA modification cytosine-specific methyltransferase protein  30.79 
 
 
364 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  29.74 
 
 
342 aa  125  1e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0416  DNA-cytosine methyltransferase  30.06 
 
 
320 aa  125  1e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  29.72 
 
 
361 aa  124  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  26.25 
 
 
336 aa  122  8e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  29.62 
 
 
340 aa  122  9e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4233  DNA-cytosine methyltransferase  38.46 
 
 
283 aa  121  1.9999999999999998e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  28.44 
 
 
417 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0752  DNA-cytosine methyltransferase  28.8 
 
 
371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  37.44 
 
 
424 aa  120  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1568  DNA-cytosine methyltransferase  28.53 
 
 
662 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0406485  hitchhiker  0.00122877 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4652  DNA-cytosine methyltransferase  37.58 
 
 
413 aa  119  4.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.030739 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1093  DNA-cytosine methyltransferase  30.06 
 
 
386 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  28.72 
 
 
389 aa  119  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  30.29 
 
 
465 aa  119  7.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  28.75 
 
 
356 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  29.28 
 
 
400 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2232  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  35.56 
 
 
405 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.996757  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  28.81 
 
 
399 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  27.37 
 
 
431 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0145  hypothetical protein  28.37 
 
 
417 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4863  DNA-cytosine methyltransferase  28.49 
 
 
418 aa  117  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0676  DNA-cytosine methyltransferase  28.88 
 
 
434 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  28.22 
 
 
412 aa  116  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.3 
 
 
362 aa  115  7.999999999999999e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1243  DNA-cytosine methyltransferase  27.51 
 
 
325 aa  115  8.999999999999998e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  28.48 
 
 
488 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  34.23 
 
 
698 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  34.23 
 
 
686 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1127  DNA-cytosine methyltransferase  30.7 
 
 
359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000503374  unclonable  0.0000088158 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2371  DNA-cytosine methyltransferase  36.21 
 
 
419 aa  114  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0692329  hitchhiker  0.000000223127 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.83 
 
 
415 aa  114  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>