More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2260 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2260  prephenate dehydratase  100 
 
 
278 aa  572  1.0000000000000001e-162  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0078  prephenate dehydratase  58.91 
 
 
280 aa  322  5e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0545378  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1424  prephenate dehydratase  47.27 
 
 
274 aa  253  3e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000368391  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2153  Prephenate dehydratase  40.81 
 
 
277 aa  247  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2061  Prephenate dehydratase  40.81 
 
 
277 aa  247  1e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1779  prephenate dehydratase  40.44 
 
 
277 aa  243  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.490374  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1153  Prephenate dehydratase  43.59 
 
 
276 aa  242  6e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0878  Prephenate dehydratase  47.23 
 
 
277 aa  231  1e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.583651  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1904  prephenate dehydratase  41.24 
 
 
372 aa  222  7e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0916421  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0937  prephenate dehydratase  42.49 
 
 
272 aa  219  5e-56  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1552  prephenate dehydratase  40.73 
 
 
279 aa  218  6e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0248162  normal  0.310445 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01900  Prephenate dehydratase  40.78 
 
 
303 aa  217  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1244  Prephenate dehydratase  39.35 
 
 
283 aa  216  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1964  prephenate dehydratase  38.77 
 
 
279 aa  212  4.9999999999999996e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.221167 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2039  prephenate dehydratase  40.81 
 
 
275 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402041 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0008  Prephenate dehydratase  40.65 
 
 
279 aa  206  3e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3051  Prephenate dehydratase  39.78 
 
 
286 aa  206  5e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0121  prephenate dehydratase  41.97 
 
 
356 aa  204  9e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1594  prephenate dehydratase  41.22 
 
 
311 aa  204  1e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0806  prephenate dehydratase  41.55 
 
 
284 aa  204  2e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0845  chorismate mutase  36.9 
 
 
371 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0602148 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0716  prephenate dehydratase / chorismate mutase  37.64 
 
 
387 aa  201  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0774  chorismate mutase  36.53 
 
 
371 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.561025  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0904  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  36.53 
 
 
371 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2575  prephenate dehydratase  37.27 
 
 
382 aa  199  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0965398  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3260  chorismate mutase  40.96 
 
 
359 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3039  chorismate mutase  38.38 
 
 
355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0905  Prephenate dehydratase  40.74 
 
 
386 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000067938  hitchhiker  0.00000000600467 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0990  chorismate mutase  40.59 
 
 
359 aa  196  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2608  chorismate mutase/prephenate dehydratase  40.96 
 
 
358 aa  193  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1345  chorismate mutase  40.96 
 
 
359 aa  192  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13872  prephenate dehydratase  36.3 
 
 
321 aa  192  7e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1244  prephenate dehydratase / chorismate mutase  38.6 
 
 
371 aa  191  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0482068  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4445  prephenate dehydratase  38.69 
 
 
274 aa  191  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2091  Chorismate mutase  38.41 
 
 
280 aa  189  2.9999999999999997e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.746584  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0810  prephenate dehydratase  35.53 
 
 
278 aa  189  5e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000733608  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0771  prephenate dehydratase  41.24 
 
 
552 aa  188  8e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0282  Prephenate dehydratase  39.34 
 
 
326 aa  188  1e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.209842 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1887  chorismate mutase-P and prephenate dehydratase  39.48 
 
 
360 aa  188  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000192693  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2192  chorismate mutase  37.73 
 
 
355 aa  187  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1293  Prephenate dehydratase  39.13 
 
 
293 aa  187  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.821795  normal  0.378721 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2150  chorismate mutase  38.6 
 
 
358 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2166  chorismate mutase / prephenate dehydratase  37.27 
 
 
373 aa  186  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178196  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2723  chorismate mutase  36.03 
 
 
381 aa  186  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0862  prephenate dehydratase / chorismate mutase  40.22 
 
 
368 aa  186  4e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0794  prephenate dehydratase  40.51 
 
 
552 aa  185  6e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1930  prephenate dehydratase  38.1 
 
 
311 aa  185  7e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.898282 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1418  chorismate mutase/prephenate dehydratase  37.27 
 
 
362 aa  185  8e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1207  chorismate mutase  37.73 
 
 
371 aa  184  9e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.196084  normal  0.0297935 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0633  Prephenate dehydratase  38.18 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0801  chorismate mutase  40.44 
 
 
359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0141  Prephenate dehydratase  38.27 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.341146  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1462  prephenate dehydratase  40.96 
 
 
358 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000293484  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1336  chorismate mutase  37.06 
 
 
413 aa  183  3e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0495  chorismate mutase  36.67 
 
 
359 aa  182  6e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0778684  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1497  P-protein (prephenate dehydratase / chorismate mutase)  37.87 
 
 
374 aa  182  6e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.554673  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1950  prephenate dehydratase  38.89 
 
 
366 aa  182  7e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0198  chorismate mutase/prephenate dehydratase  38.01 
 
 
360 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2948  chorismate mutase/prephenate dehydratase  38.01 
 
 
360 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.457884  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0950  chorismate mutase/prephenate dehydratase  38.01 
 
 
360 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0432  chorismate mutase/prephenate dehydratase  38.01 
 
 
360 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2997  chorismate mutase/prephenate dehydratase  38.01 
 
 
360 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379619  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0121  Prephenate dehydratase  39.93 
 
 
305 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2885  chorismate mutase/prephenate dehydratase  38.01 
 
 
360 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.629426  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2575  chorismate mutase/prephenate dehydratase  38.01 
 
 
360 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1334  prephenate dehydratase  37.96 
 
 
280 aa  181  9.000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000128945  normal  0.202615 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1019  chorismate mutase  36.76 
 
 
358 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.789998  unclonable  0.0000000000373166 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0071  prephenate dehydratase  38.41 
 
 
324 aa  180  2e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1538  chorismate mutase  39.48 
 
 
362 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1635  chorismate mutase/prephenate dehydratase  37.64 
 
 
360 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0897  chorismate mutase/prephenate dehydratase  36.76 
 
 
358 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.255743  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1313  chorismate mutase  36.67 
 
 
359 aa  180  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  2.21838e-16 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00716  P-protein  38.24 
 
 
402 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00262272  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01130  prephenate dehydratase  37.05 
 
 
316 aa  179  4e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0138  prephenate dehydratase  36.73 
 
 
327 aa  179  4e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1360  chorismate mutase  37.5 
 
 
364 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0302882 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1747  chorismate mutase/prephenate dehydratase  36.76 
 
 
364 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0966339  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1442  chorismate mutase  37.13 
 
 
374 aa  178  9e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.105369  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2535  prephenate dehydratase  37.54 
 
 
282 aa  178  9e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1769  chorismate mutase  37.82 
 
 
367 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653886  normal  0.431896 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3645  chorismate mutasea  36.9 
 
 
364 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0734175  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0097  Prephenate dehydratase  38.91 
 
 
314 aa  177  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0315701 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1376  chorismate mutase  37.5 
 
 
364 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1850  prephenate dehydratase  37.13 
 
 
364 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0140857  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3945  chorismate mutase  37.5 
 
 
364 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.0191313 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1250  chorismate mutase  37.27 
 
 
382 aa  178  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00149804  normal  0.0219371 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1963  chorismate mutase  37.5 
 
 
365 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1641  prephenate dehydratase  38.24 
 
 
356 aa  177  2e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00696734  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4076  prephenate dehydratase  36.76 
 
 
364 aa  176  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000787581  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23280  chorismate mutase  37.13 
 
 
365 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2858  chorismate mutase  36 
 
 
373 aa  175  6e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.42066  hitchhiker  0.0000000270068 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1567  prephenate dehydratase  34.8 
 
 
271 aa  175  7e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6846  chorismate mutase  36.56 
 
 
397 aa  175  8e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.235672 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2147  prephenate dehydratase  36.76 
 
 
373 aa  175  9e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.707843  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5270  Prephenate dehydratase  34.18 
 
 
315 aa  175  9e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.271199  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0977  prephenate dehydratase / chorismate mutase  37.27 
 
 
360 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.23904  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0495  Prephenate dehydratase  34.89 
 
 
279 aa  174  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1067  Prephenate dehydratase  37.41 
 
 
288 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0046  Prephenate dehydratase  37.46 
 
 
287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3006  chorismate mutase  37.64 
 
 
360 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.224868  normal  0.0525817 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>