More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2174 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 653 aa  1312    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  59.92 
 
 		 690 aa  768    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0089  transcription termination factor Rho  75.14 
 
 		 508 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000346786  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1063  transcription termination factor Rho  61.46 
 
 		 556 aa  544  1e-153  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000384674  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2782  transcription termination factor Rho  67.96 
 
 		 434 aa  537  1e-151  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000423025  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  67.77 
 
 		 415 aa  522  1e-147  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3439  transcription termination factor Rho  67.97 
 
 		 424 aa  524  1e-147  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0410  transcription termination factor Rho  64.12 
 
 		 650 aa  524  1e-147  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000426411  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2408  transcription termination factor Rho  66.48 
 
 		 425 aa  522  1e-147  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000414081  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3329  transcription termination factor Rho  67.49 
 
 		 424 aa  524  1e-147  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000488877  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 444 aa  521  1e-146  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  65.93 
 
 		 642 aa  521  1e-146  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  67.77 
 
 		 415 aa  521  1e-146  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  66.49 
 
 		 420 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 		 445 aa  517  1.0000000000000001e-145  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3853  transcription termination factor Rho  66.57 
 
 		 423 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000371532  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  64.66 
 
 		 548 aa  515  1e-144  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5460  transcription termination factor Rho  66.02 
 
 		 423 aa  512  1e-144  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000364812  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5016  transcription termination factor Rho  66.02 
 
 		 423 aa  513  1e-144  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.88034e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5032  transcription termination factor Rho  66.02 
 
 		 423 aa  513  1e-144  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00629962  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  66.12 
 
 		 415 aa  514  1e-144  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2402  transcription termination factor Rho  69.78 
 
 		 429 aa  514  1e-144  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  65.83 
 
 		 450 aa  513  1e-144  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0059  transcription termination factor Rho  67.41 
 
 		 436 aa  514  1e-144  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.121136  hitchhiker  0.0035916 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5424  transcription termination factor Rho  66.02 
 
 		 423 aa  513  1e-144  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.80667e-59 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2471  transcription termination factor Rho  66.22 
 
 		 489 aa  514  1e-144  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.94389  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2181  transcription termination factor Rho  66.22 
 
 		 486 aa  514  1e-144  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 		 415 aa  513  1e-144  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5510  transcription termination factor Rho  66.02 
 
 		 423 aa  512  1e-144  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000155234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  65.01 
 
 		 415 aa  511  1e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18010  transcription termination factor Rho  66.03 
 
 		 418 aa  511  1e-143  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155456  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5181  transcription termination factor Rho  65.75 
 
 		 423 aa  512  1e-143  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.21574  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  64.74 
 
 		 415 aa  509  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5575  transcription termination factor Rho  65.75 
 
 		 423 aa  512  1e-143  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000155129  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5497  transcription termination factor Rho  65.75 
 
 		 423 aa  511  1e-143  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000613532  unclonable  1.32525e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5455  transcription termination factor Rho  65.75 
 
 		 423 aa  511  1e-143  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000522794  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5130  transcription termination factor Rho  65.47 
 
 		 423 aa  507  9.999999999999999e-143  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000119523  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  65.84 
 
 		 415 aa  508  9.999999999999999e-143  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  65.29 
 
 		 437 aa  506  9.999999999999999e-143  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  65.29 
 
 		 415 aa  508  9.999999999999999e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2875  transcription termination factor Rho  64.27 
 
 		 414 aa  502  1e-141  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000596182  hitchhiker  0.0000000051711 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  66.3 
 
 		 437 aa  501  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  64.92 
 
 		 518 aa  500  1e-140  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  64.92 
 
 		 573 aa  500  1e-140  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  64.44 
 
 		 416 aa  499  1e-140  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  66.02 
 
 		 417 aa  498  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  62.81 
 
 		 415 aa  497  1e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  65.28 
 
 		 437 aa  496  1e-139  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2173  transcription termination factor Rho  63.74 
 
 		 492 aa  497  1e-139  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  66.02 
 
 		 417 aa  498  1e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1252  transcription termination factor Rho  64.36 
 
 		 457 aa  498  1e-139  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.180774  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  63.64 
 
 		 415 aa  495  9.999999999999999e-139  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  63.11 
 
 		 422 aa  494  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1356  transcription termination factor Rho  63.89 
 
 		 417 aa  493  9.999999999999999e-139  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00013646  hitchhiker  0.000000585861 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5202  transcription termination factor Rho  64.29 
 
 		 602 aa  494  9.999999999999999e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  58.8 
 
 		 421 aa  490  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  62.84 
 
 		 418 aa  490  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  58.8 
 
 		 421 aa  490  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  62.84 
 
 		 418 aa  490  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  64.11 
 
 		 419 aa  491  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  63.66 
 
 		 429 aa  492  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0173  transcription termination factor Rho  64.27 
 
 		 399 aa  491  1e-137  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.770214  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  58.8 
 
 		 418 aa  491  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  62.74 
 
 		 418 aa  489  1e-137  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  64.11 
 
 		 419 aa  491  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  62.74 
 
 		 418 aa  489  1e-137  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0148  transcription termination factor Rho  62.19 
 
 		 419 aa  486  1e-136  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00136527  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1864  transcription termination factor Rho  62.5 
 
 		 496 aa  485  1e-136  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.462467  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00336  transcription termination factor Rho  61.92 
 
 		 419 aa  488  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0058  transcription termination factor Rho  66.57 
 
 		 458 aa  488  1e-136  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00215813  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  62.57 
 
 		 421 aa  488  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  62.84 
 
 		 421 aa  487  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  62.53 
 
 		 431 aa  486  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  62.84 
 
 		 421 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3070  transcription termination factor Rho  43.33 
 
 		 615 aa  488  1e-136  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581675  hitchhiker  0.00476927 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1295  transcription termination factor Rho  63.19 
 
 		 750 aa  486  1e-136  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.623564 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  62.81 
 
 		 604 aa  487  1e-136  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  60.27 
 
 		 419 aa  488  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  62.67 
 
 		 422 aa  487  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  61.92 
 
 		 419 aa  486  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  61.62 
 
 		 679 aa  486  1e-136  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0204  transcription termination factor Rho  61.92 
 
 		 419 aa  483  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  61.54 
 
 		 416 aa  483  1e-135  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  61.75 
 
 		 421 aa  483  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  61.71 
 
 		 414 aa  484  1e-135  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  63.56 
 
 		 419 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002098  transcription termination factor Rho  61.64 
 
 		 419 aa  485  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000734863  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2157  transcription termination factor Rho  63.36 
 
 		 438 aa  484  1e-135  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.894966  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  63.56 
 
 		 419 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  60.69 
 
 		 644 aa  483  1e-135  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  62.19 
 
 		 419 aa  485  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  57.61 
 
 		 418 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  62.19 
 
 		 419 aa  483  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  61.56 
 
 		 421 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  61.37 
 
 		 419 aa  483  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  61.37 
 
 		 418 aa  484  1e-135  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2195  transcription termination factor Rho  63.36 
 
 		 438 aa  484  1e-135  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00569958  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  62.4 
 
 		 420 aa  484  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0037  transcription termination factor Rho  61.37 
 
 		 419 aa  481  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.245355 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  61.02 
 
 		 421 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>