More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2105 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
329 aa  664    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.41 
 
 
322 aa  267  2e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.54 
 
 
330 aa  224  2e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.16 
 
 
335 aa  212  9e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.4 
 
 
358 aa  209  7e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.73 
 
 
326 aa  207  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  33.54 
 
 
321 aa  190  4e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.82 
 
 
320 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  33.55 
 
 
320 aa  179  8e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.11 
 
 
338 aa  170  2e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.64 
 
 
324 aa  169  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  31 
 
 
320 aa  169  5e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.02 
 
 
318 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.52 
 
 
331 aa  160  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.17 
 
 
323 aa  159  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.55 
 
 
589 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.38 
 
 
344 aa  157  3e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.46 
 
 
345 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.91 
 
 
340 aa  154  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.72 
 
 
320 aa  153  4e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.03 
 
 
343 aa  153  5e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.41 
 
 
320 aa  152  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1414  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.87 
 
 
467 aa  152  7e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.873736  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.98 
 
 
320 aa  152  8e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  31.99 
 
 
568 aa  151  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  29.62 
 
 
326 aa  152  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.21 
 
 
327 aa  149  9e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.56 
 
 
339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.48 
 
 
391 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  30.43 
 
 
337 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.49 
 
 
567 aa  145  6e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.86 
 
 
565 aa  145  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.86 
 
 
565 aa  145  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1975  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.86 
 
 
632 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.868951 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2759  DNA polymerase III subunit delta'  31.27 
 
 
307 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2444  DNA polymerase III subunit delta'  31.27 
 
 
307 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.43 
 
 
354 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0008  DNA polymerase III gamma-tau subunits  38.86 
 
 
669 aa  143  3e-33  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.167579  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  29.41 
 
 
339 aa  142  7e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.1 
 
 
560 aa  142  8e-33  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.31 
 
 
351 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.08 
 
 
363 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.81 
 
 
363 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.63 
 
 
501 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.77 
 
 
561 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.39 
 
 
559 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1322  DNA-directed DNA polymerase  28.65 
 
 
396 aa  139  7e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.403308  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.94 
 
 
588 aa  139  7.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7084  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.14 
 
 
634 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.94 
 
 
520 aa  138  1e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0317  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.17 
 
 
678 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.59 
 
 
406 aa  137  3.0000000000000003e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0368  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  34.78 
 
 
602 aa  135  8e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.000122178 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.58 
 
 
755 aa  135  9.999999999999999e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1233  DNA polymerase III, tau and gamma subunits  30.06 
 
 
381 aa  135  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.710684  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.36 
 
 
370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.15 
 
 
737 aa  134  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1652  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.65 
 
 
397 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.675136  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.98 
 
 
517 aa  133  3e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0736  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.7 
 
 
602 aa  133  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.536606  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.82 
 
 
398 aa  132  7.999999999999999e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.561354 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.77 
 
 
383 aa  132  7.999999999999999e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.91 
 
 
335 aa  132  9e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0245  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.15 
 
 
478 aa  132  9e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.23 
 
 
644 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.566282  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.15 
 
 
478 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2506  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.72 
 
 
553 aa  132  1.0000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.71 
 
 
599 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  31.72 
 
 
365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0046  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.89 
 
 
522 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241439  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  25.52 
 
 
390 aa  130  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0033  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.67 
 
 
518 aa  130  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.168879  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  37.36 
 
 
499 aa  130  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2789  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.11 
 
 
602 aa  130  4.0000000000000003e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.226663  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0092  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.72 
 
 
527 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000833689 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0934  ATPase  27.78 
 
 
396 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.894546  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0830  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.39 
 
 
580 aa  129  6e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.51 
 
 
562 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.51 
 
 
562 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.51 
 
 
562 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25950  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  38.79 
 
 
796 aa  129  8.000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.49 
 
 
562 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.14 
 
 
562 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.43 
 
 
626 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2586  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.88 
 
 
612 aa  129  9.000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0700925  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.51 
 
 
562 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  28.27 
 
 
388 aa  129  9.000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  27.53 
 
 
389 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.51 
 
 
562 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.51 
 
 
562 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.14 
 
 
562 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  34.56 
 
 
900 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.51 
 
 
562 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0387  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.43 
 
 
385 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.210264  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0475  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.88 
 
 
765 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00148919  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3922  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.24 
 
 
575 aa  128  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0150926  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  27.82 
 
 
389 aa  129  1.0000000000000001e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0529  DNA-directed DNA polymerase  33.83 
 
 
696 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000324921  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0042  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.09 
 
 
540 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000215305  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.47 
 
 
427 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>