133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1986 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  100 
 
 		 717 aa  1492    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  94.28 
 
 		 717 aa  1421    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  93.44 
 
 		 717 aa  1414    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1980  hypothetical protein  90.59 
 
 		 266 aa  488  1e-136  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.212888  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2020  hypothetical protein  90.08 
 
 		 263 aa  479  1e-134  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000297308  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2824  hypothetical protein  89.68 
 
 		 263 aa  474  1e-132  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000228641  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2853  prophage Lp4 protein 7, DNA replication  86.67 
 
 		 266 aa  468  9.999999999999999e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000416381  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3701  P4 family phage/plasmid primase  47.95 
 
 		 798 aa  426  1e-118  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1244  putative Phage / plasmid primase P4  35.29 
 
 		 749 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372159  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0448  Phage-plasmid primase P4-like  35.98 
 
 		 746 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0927  P4 family phage/plasmid primase  35.98 
 
 		 746 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2797  P4 family phage/plasmid primase  38.06 
 
 		 782 aa  332  2e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3221  hypothetical protein  40.37 
 
 		 760 aa  315  1.9999999999999998e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.038701  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3229  hypothetical protein  40.14 
 
 		 759 aa  307  4.0000000000000004e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000988084 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0839  hypothetical protein  38.22 
 
 		 765 aa  307  5.0000000000000004e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2837  prophage Lp4 protein 7, DNA replication  85.47 
 
 		 183 aa  306  7e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0750475  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2648  hypothetical protein  37.73 
 
 		 755 aa  303  7.000000000000001e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  36.16 
 
 		 524 aa  293  8e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3115  P4 family phage/plasmid primase  37.05 
 
 		 695 aa  291  4e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00327339  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0879  hypothetical protein  36.96 
 
 		 738 aa  287  4e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2363  P4 family phage/plasmid primase  32.15 
 
 		 900 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.134439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1000  Phage/plasmid primase P4-like  30.07 
 
 		 723 aa  273  5.000000000000001e-72  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.760681  hitchhiker  0.00622147 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0490  phage/plasmid primase, P4 family  33.6 
 
 		 882 aa  261  4e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.958319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3729  P4 family phage/plasmid primase  32.82 
 
 		 874 aa  259  1e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3780  P4 family phage/plasmid primase  32.82 
 
 		 874 aa  259  1e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8782  hypothetical protein  35.88 
 
 		 482 aa  259  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242638  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3437  hypothetical protein  35.91 
 
 		 462 aa  254  6e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.95376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6272  P4 family phage/plasmid primase  34.98 
 
 		 725 aa  249  1e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.613455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3426  P4 family phage/plasmid primase  33.48 
 
 		 857 aa  249  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00902831  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2199  P4 family phage/plasmid primase  34.71 
 
 		 554 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1465  hypothetical protein  32.51 
 
 		 770 aa  241  4e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.237309  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4888  P4 family phage/plasmid primase  28.12 
 
 		 697 aa  240  6.999999999999999e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100684  normal  0.121248 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1180  P4 family phage/plasmid primase  32.51 
 
 		 843 aa  238  4e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000898776  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1160  hypothetical protein  32.02 
 
 		 842 aa  231  5e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104949  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1166  hypothetical protein  33.41 
 
 		 467 aa  226  8e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0874  nucleoside triphosphatase, D5 family  29.07 
 
 		 774 aa  226  1e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2196  P4 family phage/plasmid primase  32.29 
 
 		 955 aa  224  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.319674  hitchhiker  0.00463191 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1354  hypothetical protein  30.93 
 
 		 470 aa  217  8e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0809995  normal  0.479035 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1974  hypothetical protein  33.41 
 
 		 485 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5167  hypothetical protein  33.1 
 
 		 472 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6606  putative Phage / plasmid primase P4  33.42 
 
 		 624 aa  208  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2001  Bifunctional DNA primase/polymerase  42.35 
 
 		 283 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.185171  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0072  phage/plasmid DNA primase, putative  28.76 
 
 		 757 aa  199  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.612885  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7040  hypothetical protein  31.09 
 
 		 450 aa  199  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0353  P4 family phage/plasmid primase  29 
 
 		 613 aa  197  5.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.764732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1177  Bifunctional DNA primase/polymerase  41.64 
 
 		 283 aa  196  1e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0603476  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0983  P4 family phage/plasmid primase  33.94 
 
 		 612 aa  196  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0745  Bifunctional DNA primase/polymerase  40.37 
 
 		 287 aa  186  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127407  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2704  bifunctional DNA primase/polymerase  39.85 
 
 		 746 aa  185  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000315845  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0842  hypothetical protein  31.84 
 
 		 526 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.464315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1323  hypothetical protein  31.84 
 
 		 526 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1475  phage DNA polymerase  26.27 
 
 		 788 aa  174  5e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1167  bifunctional DNA primase/polymerase  39.63 
 
 		 289 aa  172  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5166  bifunctional DNA primase/polymerase  38.63 
 
 		 289 aa  169  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0135  hypothetical protein  33.56 
 
 		 479 aa  167  8e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  29.33 
 
 		 632 aa  164  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2843  hypothetical protein  85.71 
 
 		 102 aa  160  8e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00805434  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0876  Bifunctional DNA primase/polymerase  35.71 
 
 		 599 aa  151  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.46542  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  27.01 
 
 		 769 aa  144  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3055  hypothetical protein  80.56 
 
 		 94 aa  134  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0517698  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0217  P4 family phage/plasmid primase  28.4 
 
 		 486 aa  121  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.01089  unclonable  0.0000111311 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3752  primase P4-like protein  30.07 
 
 		 799 aa  114  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0791  ATPase-like protein  32.9 
 
 		 667 aa  113  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  24.32 
 
 		 828 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  26.38 
 
 		 531 aa  110  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  0.00000000000000190106 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1451  bifunctional DNA primase/polymerase  31.76 
 
 		 255 aa  108  5e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0151027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1684  hypothetical protein  26.41 
 
 		 606 aa  107  9e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.521904  hitchhiker  0.00120785 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4492  phage/plasmid primase, P4 family  25.92 
 
 		 1172 aa  97.4  7e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4533  P4 family phage/plasmid primase  26.18 
 
 		 1172 aa  97.8  7e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013749  Htur_5275  phage/plasmid primase, P4 family  25.38 
 
 		 1285 aa  97.1  1e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.413265  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2521  Bifunctional DNA primase/polymerase  39.86 
 
 		 206 aa  95.9  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0275963  normal  0.180999 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0642  Phage or plasmid primase P4-like  23.58 
 
 		 540 aa  92  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0349968  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3095  P4 family phage/plasmid primase  30.61 
 
 		 486 aa  89.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.406256  normal  0.59304 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1315  Phage/plasmid primase P4-like  24.16 
 
 		 771 aa  87.8  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4088  Bifunctional DNA primase/polymerase  32.72 
 
 		 970 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5782  P4 family phage/plasmid primase  22.36 
 
 		 978 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6679  Bifunctional DNA primase/polymerase  37.11 
 
 		 201 aa  84.3  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.78397  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2551  P4 family phage/plasmid primase  25.76 
 
 		 507 aa  83.2  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00685324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1983  Bifunctional DNA primase/polymerase  36.48 
 
 		 201 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3733  Bifunctional DNA primase/polymerase  34.22 
 
 		 271 aa  81.6  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2621  Bifunctional DNA primase/polymerase  32.09 
 
 		 970 aa  81.6  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5628  P4 family phage/plasmid primase  23.92 
 
 		 1145 aa  80.9  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000865428 
 
 
-
 
NC_013208  Aaci_3149  phage/plasmid primase, P4 family  29.58 
 
 		 1061 aa  80.5  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0665  P4 family phage/plasmid primase  24 
 
 		 463 aa  79  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4368  Bifunctional DNA primase/polymerase  31.11 
 
 		 217 aa  78.2  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1213  bifunctional DNA primase/polymerase  34.05 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0963471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0533  phage DNA primase-like protein  24.86 
 
 		 636 aa  76.3  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0606801  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  27.13 
 
 		 777 aa  74.7  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1734  P4 family phage/plasmid primase  20.57 
 
 		 624 aa  72.8  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  26.02 
 
 		 777 aa  72.8  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  27.91 
 
 		 775 aa  71.2  0.00000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2729  hypothetical protein  30.77 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.410637  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2258  phage DNA polymerase  22.89 
 
 		 542 aa  70.5  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  25.84 
 
 		 777 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  23.67 
 
 		 775 aa  69.3  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  25.84 
 
 		 777 aa  69.7  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  27.52 
 
 		 777 aa  69.7  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0265  bifunctional DNA primase/polymerase  30.05 
 
 		 214 aa  68.2  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0228201  normal  0.648252 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1926  bifunctional DNA primase/polymerase  31.19 
 
 		 377 aa  68.2  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.394144  hitchhiker  0.00427695 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  27.03 
 
 		 777 aa  65.9  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>