278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1883 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  100 
 
 		 688 aa  1380    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  27.08 
 
 		 564 aa  106  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  26.84 
 
 		 594 aa  91.3  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1846  ATP-dependent OLD family endonuclease  31.74 
 
 		 589 aa  87  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147928 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1866  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.35 
 
 		 595 aa  84.7  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  26.03 
 
 		 596 aa  84.7  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  22.82 
 
 		 598 aa  83.2  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  25.12 
 
 		 666 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  26.62 
 
 		 594 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  27.93 
 
 		 613 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3567  OLD family ATP-dependent endonuclease-like protein  24.07 
 
 		 604 aa  82.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274046 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.61 
 
 		 603 aa  80.5  0.00000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.38 
 
 		 640 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.32 
 
 		 594 aa  77.8  0.0000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0545  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.05 
 
 		 615 aa  77.4  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1915  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  23.79 
 
 		 529 aa  76.6  0.000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  31.36 
 
 		 669 aa  75.5  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  28.21 
 
 		 553 aa  72.8  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2459  hypothetical protein  21.25 
 
 		 606 aa  70.1  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4449  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  29.02 
 
 		 564 aa  69.7  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3955  AAA ATPase  28.27 
 
 		 642 aa  69.7  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262295  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.65 
 
 		 677 aa  68.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.65 
 
 		 677 aa  68.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0505  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  21.25 
 
 		 663 aa  68.2  0.0000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0949649  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3711  SMC domain protein  21.74 
 
 		 653 aa  67.8  0.0000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.43 
 
 		 793 aa  67.4  0.0000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  30.06 
 
 		 780 aa  66.6  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1596  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.09 
 
 		 652 aa  66.2  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  28.33 
 
 		 707 aa  66.2  0.000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  27.12 
 
 		 763 aa  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3087  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.32 
 
 		 605 aa  64.7  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  22.74 
 
 		 685 aa  64.3  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  29.08 
 
 		 574 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  28.42 
 
 		 696 aa  62.4  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  29.89 
 
 		 807 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  32.03 
 
 		 650 aa  62  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0949  hypothetical protein  25.64 
 
 		 603 aa  62.4  0.00000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  22.22 
 
 		 703 aa  61.6  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2727  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.79 
 
 		 607 aa  61.2  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1087  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.27 
 
 		 616 aa  60.8  0.00000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.14427  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  30.67 
 
 		 682 aa  60.5  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4848  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.42 
 
 		 626 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  27.6 
 
 		 714 aa  60.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0794  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.12 
 
 		 647 aa  60.5  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  27.07 
 
 		 784 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2624  hypothetical protein  22.14 
 
 		 505 aa  58.9  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1302  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.21 
 
 		 634 aa  58.9  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.314426  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.95 
 
 		 573 aa  58.9  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1709  SMC domain protein  26.16 
 
 		 584 aa  58.5  0.0000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.000133048  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  24.87 
 
 		 691 aa  58.5  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2540  hypothetical protein  26.29 
 
 		 593 aa  58.2  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.183963  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2370  hypothetical protein  21.08 
 
 		 553 aa  58.2  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  28 
 
 		 758 aa  58.2  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  24.73 
 
 		 695 aa  58.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  24.53 
 
 		 712 aa  57.8  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  26.23 
 
 		 728 aa  57.4  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  28.57 
 
 		 748 aa  57.4  0.0000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  31.29 
 
 		 623 aa  57  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0886  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  26.87 
 
 		 579 aa  56.2  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0477165  normal  0.341394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0597  hypothetical protein  27.14 
 
 		 773 aa  56.6  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  24.07 
 
 		 769 aa  56.2  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1057  conserved protein, nucleotide triphosphate hydrolase domain protein  25.12 
 
 		 552 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0974  conserved protein nucleotide triphosphate hydrolase domain  25.12 
 
 		 552 aa  55.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.120281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1037  hypothetical protein  25.12 
 
 		 552 aa  55.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0940  hypothetical protein  25.12 
 
 		 552 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1006  hypothetical protein  25.12 
 
 		 552 aa  55.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  25 
 
 		 773 aa  55.5  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  26.01 
 
 		 762 aa  55.5  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0870  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.04 
 
 		 591 aa  55.1  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1950  hypothetical protein  30.63 
 
 		 460 aa  54.7  0.000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00278389  hitchhiker  1.70461e-18 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3739  hypothetical protein  29.27 
 
 		 428 aa  54.3  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  22.83 
 
 		 607 aa  53.9  0.000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1873  hypothetical protein  28.06 
 
 		 408 aa  53.5  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2270  hypothetical protein  22.46 
 
 		 553 aa  53.5  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1535  RloH  25.56 
 
 		 588 aa  53.9  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000290266  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0331  chromosome segregation protein SMC  33.33 
 
 		 1201 aa  53.1  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.535871  normal  0.0329796 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1516  ATP-dependent endonuclease family protein  22.11 
 
 		 586 aa  53.1  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.749e-16 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  19.45 
 
 		 615 aa  53.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0674  hypothetical protein  25.39 
 
 		 591 aa  53.1  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.787225  normal  0.308405 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1095  hypothetical protein  30.63 
 
 		 453 aa  52.8  0.00002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00653553  hitchhiker  0.00178411 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2759  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.59 
 
 		 608 aa  52.8  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  28.32 
 
 		 659 aa  53.1  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.38 
 
 		 689 aa  53.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2354  hypothetical protein  26.97 
 
 		 565 aa  53.1  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0673  ATP-dependent endonuclease family protein  41.79 
 
 		 619 aa  52.4  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.924756 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0855  chromosome segregation protein SMC  32.14 
 
 		 1200 aa  52  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00379552  normal  0.0307887 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10080  chromosome segregation protein SMC  42.86 
 
 		 1174 aa  52  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.503151  hitchhiker  0.00000182837 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1296  chromosome segregation SMC protein  48.21 
 
 		 1189 aa  51.6  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00500491  hitchhiker  3.1853300000000003e-18 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3890  chromosome segregation SMC protein  48.21 
 
 		 1189 aa  51.6  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3607  chromosome segregation SMC protein  48.21 
 
 		 1189 aa  51.6  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3671  chromosome segregation protein SMC  48.21 
 
 		 1189 aa  51.6  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0691898  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4083  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.48 
 
 		 566 aa  51.6  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3947  chromosome segregation SMC protein  48.21 
 
 		 1189 aa  51.6  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0309005  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  24.32 
 
 		 669 aa  51.6  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3896  chromosome segregation SMC protein  48.21 
 
 		 1189 aa  51.6  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000029019  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3862  chromosome segregation SMC protein  48.21 
 
 		 1189 aa  51.6  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.01045e-55 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3589  chromosome segregation SMC protein  48.21 
 
 		 1189 aa  51.2  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3986  chromosome segregation SMC protein  48.21 
 
 		 1189 aa  51.2  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.9 
 
 		 674 aa  51.2  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1393  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.41 
 
 		 552 aa  51.2  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.175069 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>