77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1422 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1422  RDD domain-containing protein  100 
 
 
257 aa  528  1e-149  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176176  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2713  RDD domain containing protein  36.3 
 
 
159 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  37.5 
 
 
270 aa  84.3  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1788  RDD domain containing protein  34.03 
 
 
187 aa  75.5  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0098202  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1701  RDD domain containing protein  34.53 
 
 
162 aa  74.3  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000482282  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0726  RDD domain containing protein  43.84 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3590  RDD domain containing protein  31.13 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1706  RDD  31.94 
 
 
170 aa  68.6  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.305495  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  27.85 
 
 
166 aa  63.9  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3583  MJ0042 family finger-like protein  32.89 
 
 
295 aa  64.3  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.040814  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1148  RDD domain containing protein  28.28 
 
 
185 aa  62.8  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00101829  hitchhiker  0.000000000000525817 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0075  RDD domain-containing protein  28.87 
 
 
185 aa  61.6  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0306278  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  30.63 
 
 
166 aa  58.2  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4623  RDD domain-containing protein  28.39 
 
 
169 aa  57.8  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.846019 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04050  RDD family protein  27.12 
 
 
424 aa  57.4  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0170  RDD domain-containing protein  31.97 
 
 
145 aa  56.6  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000534855  decreased coverage  0.00967799 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0769  RDD protein  39.44 
 
 
163 aa  56.6  0.0000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0105114  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5436  RDD domain containing protein  32.03 
 
 
214 aa  56.6  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.939168  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0371  RDD domain containing protein  31.43 
 
 
135 aa  55.8  0.0000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1061  RDD domain containing protein  30.28 
 
 
211 aa  55.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0171  RDD domain-containing protein  30.28 
 
 
140 aa  53.5  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000652856  decreased coverage  0.0096302 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0431  RDD domain-containing protein  25 
 
 
151 aa  53.9  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1364  RDD domain-containing protein  33.56 
 
 
186 aa  53.5  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000121263  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  28.85 
 
 
162 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1247  RDD domain containing protein  31.21 
 
 
137 aa  52.4  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0277  RDD domain containing protein  27.81 
 
 
217 aa  52.4  0.000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.666159  normal  0.0986894 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  28.48 
 
 
162 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  28.48 
 
 
162 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1499  RDD domain containing protein  27.08 
 
 
174 aa  52  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1918  RDD protein  24.83 
 
 
154 aa  51.2  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.002418  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  25.23 
 
 
166 aa  50.4  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13630  hypothetical protein  26.47 
 
 
181 aa  50.4  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.687713  normal  0.808415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  27.81 
 
 
162 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5849  RDD domain-containing protein  26.98 
 
 
316 aa  49.7  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.273522 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0712  RDD domain-containing protein  26.06 
 
 
634 aa  48.9  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1340  serine/threonine protein kinase  32.1 
 
 
536 aa  48.5  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.975368 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1348  RDD domain containing protein  32.53 
 
 
161 aa  48.1  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0476544  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0232  RDD domain containing protein  30.14 
 
 
247 aa  48.5  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5636  RDD domain-containing protein  25.87 
 
 
147 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4266  RDD domain-containing protein  28.08 
 
 
274 aa  47.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000560964  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0950  RDD protein  26.03 
 
 
150 aa  47.8  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0399  RDD domain-containing protein  34.62 
 
 
278 aa  47  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0177068 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3024  branched-chain amino acid aminotransferase I  29.58 
 
 
167 aa  46.6  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000160975 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0704  RDD domain-containing protein  24.82 
 
 
327 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  29.14 
 
 
162 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2964  hypothetical protein  24.82 
 
 
199 aa  46.6  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333392  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4477  RDD domain containing protein  26.38 
 
 
174 aa  44.7  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1509  hypothetical protein  32.18 
 
 
375 aa  45.4  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0628  hypothetical protein  26.95 
 
 
154 aa  45.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0572979  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3212  FHA domain containing protein  27.33 
 
 
463 aa  44.7  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.945848  normal  0.211646 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3574  RDD domain containing protein  27.33 
 
 
255 aa  44.3  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.737424  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1489  RDD domain containing protein  26.72 
 
 
155 aa  43.9  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.126204  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0141  RDD domain-containing protein  25.16 
 
 
327 aa  44.3  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3457  RDD domain containing protein  33.33 
 
 
205 aa  43.9  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.052067 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03632  hypothetical protein  25.32 
 
 
159 aa  43.5  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1562  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 
449 aa  43.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0211691 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1568  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 
448 aa  43.1  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.957894  normal  0.02442 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0949  hypothetical protein  30.72 
 
 
163 aa  43.1  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  28.06 
 
 
138 aa  43.5  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1449  RDD domain-containing protein  24.81 
 
 
158 aa  43.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.413718  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1223  RDD domain containing protein  30 
 
 
202 aa  42.7  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2503  hypothetical protein  28.95 
 
 
264 aa  43.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1501  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 
444 aa  43.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.561992  hitchhiker  0.000145013 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0474  hypothetical protein  27.89 
 
 
150 aa  43.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.647005  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0891  RDD domain-containing protein  25.17 
 
 
152 aa  42.7  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.98299 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1683  RDD domain-containing protein  29.67 
 
 
424 aa  42.4  0.007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8545  membrane protein/domain-like protein  27.14 
 
 
175 aa  42.4  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2763  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 
412 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.136751  hitchhiker  0.000413792 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2684  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 
415 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0059123  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1260  RDD protein  25.69 
 
 
151 aa  42.4  0.008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1700  RDD domain containing protein  33.33 
 
 
415 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.6304  hitchhiker  0.00000345448 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2662  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 
412 aa  42  0.009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2856  RDD domain-containing protein  32.05 
 
 
375 aa  42  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000762039 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3846  RDD domain-containing protein  27.78 
 
 
151 aa  42  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000267643  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2381  RDD domain-containing protein  29.49 
 
 
414 aa  42  0.01  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3078  hypothetical protein  29.41 
 
 
406 aa  42  0.01  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  30.77 
 
 
154 aa  42  0.01  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>