More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1371 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  60.53 
 
 		 1669 aa  2047    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  58.92 
 
 		 1840 aa  2030    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  61.08 
 
 		 1917 aa  2084    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1959 aa  3971    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  59.9 
 
 		 1942 aa  2042    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  28.38 
 
 		 3027 aa  436  1e-120  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  27.67 
 
 		 2096 aa  392  1e-107  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  25.74 
 
 		 2149 aa  343  1e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  28.91 
 
 		 1271 aa  333  3e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  26.26 
 
 		 2035 aa  315  3.9999999999999997e-84  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  26.45 
 
 		 2942 aa  284  1e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  25.93 
 
 		 1352 aa  278  6e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  24.76 
 
 		 3689 aa  276  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  26.78 
 
 		 2277 aa  273  2e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  27.45 
 
 		 1485 aa  270  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  25.56 
 
 		 3273 aa  268  7e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  23.35 
 
 		 1953 aa  234  2e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  23.24 
 
 		 2731 aa  228  1e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  22.86 
 
 		 2374 aa  209  4e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  25.44 
 
 		 1600 aa  209  5e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  28.25 
 
 		 3193 aa  206  3e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  25.45 
 
 		 1614 aa  199  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  27.66 
 
 		 2003 aa  197  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  22.66 
 
 		 3073 aa  196  5e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  25.22 
 
 		 1586 aa  195  7e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  25.22 
 
 		 1595 aa  194  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  24.13 
 
 		 1197 aa  191  9e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.41 
 
 		 1576 aa  191  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  25.84 
 
 		 1572 aa  190  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  29.26 
 
 		 678 aa  188  9e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  23.01 
 
 		 1485 aa  187  1.0000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  24.95 
 
 		 1259 aa  186  5.0000000000000004e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  24.65 
 
 		 2294 aa  184  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  26.88 
 
 		 1464 aa  182  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  25 
 
 		 927 aa  181  9e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  24.59 
 
 		 1467 aa  180  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  23.14 
 
 		 1543 aa  179  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  22.81 
 
 		 1531 aa  179  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  24.92 
 
 		 1547 aa  179  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  25.38 
 
 		 1520 aa  179  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.14 
 
 		 1552 aa  179  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  23 
 
 		 1390 aa  178  8e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  25.69 
 
 		 1550 aa  176  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  23.61 
 
 		 1518 aa  174  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  24.71 
 
 		 1611 aa  173  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  23.57 
 
 		 1508 aa  171  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  24.53 
 
 		 1539 aa  171  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  23.86 
 
 		 1517 aa  169  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  26.74 
 
 		 903 aa  169  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  28.26 
 
 		 1732 aa  168  8e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  25.36 
 
 		 1568 aa  168  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  24.01 
 
 		 1527 aa  168  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  23.97 
 
 		 1551 aa  167  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  22.41 
 
 		 1428 aa  167  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  22.94 
 
 		 1381 aa  167  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  26 
 
 		 1487 aa  167  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  22.41 
 
 		 1579 aa  166  4.0000000000000004e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  23.04 
 
 		 1609 aa  166  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  23.3 
 
 		 1434 aa  166  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  24.94 
 
 		 1147 aa  165  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  23.17 
 
 		 1539 aa  164  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  24.78 
 
 		 924 aa  162  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  25.9 
 
 		 1362 aa  162  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  25.35 
 
 		 1348 aa  161  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  24.51 
 
 		 1528 aa  160  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  25.58 
 
 		 1433 aa  159  4e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  25.53 
 
 		 1400 aa  158  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  26 
 
 		 889 aa  158  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  24.51 
 
 		 1410 aa  158  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  24.13 
 
 		 1384 aa  157  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  22.3 
 
 		 1981 aa  156  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  24.54 
 
 		 1385 aa  157  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  28.36 
 
 		 690 aa  156  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  27.78 
 
 		 2658 aa  156  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  23.6 
 
 		 1565 aa  156  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  23.6 
 
 		 1565 aa  156  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  25.08 
 
 		 1495 aa  156  4e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  24.34 
 
 		 1488 aa  156  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  23.45 
 
 		 1489 aa  155  5.9999999999999996e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  29.04 
 
 		 2225 aa  155  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  23.97 
 
 		 1494 aa  155  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  23.97 
 
 		 1494 aa  155  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1275  wall-associated protein, putative  28.43 
 
 		 2221 aa  154  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  28.74 
 
 		 2246 aa  153  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  23.45 
 
 		 1639 aa  153  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.14 
 
 		 1492 aa  152  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1253  wall-associated protein  29.26 
 
 		 765 aa  152  9e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.89 
 
 		 1560 aa  150  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  23.87 
 
 		 1586 aa  149  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1022  wall-associated protein  28.6 
 
 		 2224 aa  149  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1094  wall-associated protein  28.6 
 
 		 2224 aa  149  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  23.14 
 
 		 1401 aa  149  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  24.93 
 
 		 1626 aa  149  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3445  wall-associated protein  28.32 
 
 		 2178 aa  147  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837931  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  24.78 
 
 		 1495 aa  147  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  23.95 
 
 		 1509 aa  146  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  22.59 
 
 		 1466 aa  146  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  24.29 
 
 		 1673 aa  146  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  26.32 
 
 		 2349 aa  146  4e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  22.57 
 
 		 6272 aa  146  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>