More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1339 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1339  type II secretion system protein E  100 
 
 
412 aa  824  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0503  type II secretion system protein E  63.41 
 
 
411 aa  542  1e-153  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.731601  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0032  type II secretion system protein E  62.06 
 
 
404 aa  505  1e-142  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  54.3 
 
 
444 aa  376  1e-103  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1019  type II secretion system protein E  55.99 
 
 
472 aa  372  1e-102  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2116  FHA domain containing protein  48.71 
 
 
594 aa  360  3e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3490  type II secretion system protein E  48.81 
 
 
478 aa  357  2e-97  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.057514 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2381  type II secretion system protein E  47.85 
 
 
483 aa  355  7e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.587547  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1682  type II secretion system protein E  46.87 
 
 
465 aa  355  1e-96  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  8.47512e-06 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4000  type II secretion system protein E  47.99 
 
 
500 aa  353  3e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.737782  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4203  type II secretion system protein E  47.4 
 
 
484 aa  352  6e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0834137  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2830  type II secretion system protein E  47.04 
 
 
482 aa  352  9e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1274  type II secretion system protein E  46.65 
 
 
463 aa  352  9e-96  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1781  type II secretion system protein E  47.4 
 
 
467 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.615567  normal  0.227871 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2274  putative secretory protein  57.14 
 
 
446 aa  351  1e-95  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.414077  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3716  type II secretion system protein E  47.12 
 
 
490 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.058843  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3210  type II secretion system protein E  46.79 
 
 
463 aa  350  3e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.532215 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1918  type II secretion system protein E  45.62 
 
 
442 aa  350  3e-95  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.250738  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3523  type II secretion system protein E  46.85 
 
 
482 aa  349  6e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779224  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4444  type II secretion system protein E  52.05 
 
 
465 aa  348  7e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00432597 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2116  type II secretion system protein E  57.01 
 
 
457 aa  348  8e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.768773  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3794  type II secretion system protein E  47.73 
 
 
480 aa  348  8e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0875515  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3793  type II secretion system protein E  47.09 
 
 
485 aa  348  1e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7034  putative secretory protein kinase, cpaF-like gene  46.58 
 
 
433 aa  348  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.473497 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3241  type II secretion system protein E  49.15 
 
 
478 aa  347  2e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2982  type II secretion system protein E  50.59 
 
 
487 aa  347  2e-94  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330952  hitchhiker  0.00479532 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0298  type II secretion system protein E  47.12 
 
 
488 aa  347  2e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2411  type II secretion system protein E  46.77 
 
 
485 aa  347  2e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2706  type II secretion system protein E  46.77 
 
 
482 aa  347  3e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.542458  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2316  type II secretion system protein E  47.45 
 
 
677 aa  346  4e-94  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2483  type II secretion system protein E  46.77 
 
 
482 aa  346  4e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.930862 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4191  type II secretion system protein E  45.45 
 
 
491 aa  345  6e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0388  type II secretion system protein E  46.85 
 
 
489 aa  345  7e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1876  type II secretion system protein E  49.42 
 
 
477 aa  344  1e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4479  type II secretion system protein E  44.94 
 
 
491 aa  344  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0422  type II secretion system protein E  46.87 
 
 
508 aa  343  2e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2363  type II/IV secretion system protein  45.84 
 
 
560 aa  342  6e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.158902  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  45.65 
 
 
441 aa  342  7e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0236  type II secretion system protein E  47.04 
 
 
482 aa  342  1e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.505122  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3355  type II secretion system protein E  47.78 
 
 
488 aa  341  1e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4613  type II secretion system protein E  47.95 
 
 
467 aa  341  1e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5122  type II secretion system protein E  45.85 
 
 
477 aa  341  1e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0451051 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2761  type II secretion system protein E  46.74 
 
 
416 aa  341  2e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.580196 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1852  type II secretion system protein E  51.71 
 
 
470 aa  341  2e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00303958  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2738  type II secretion system protein E  44.91 
 
 
624 aa  340  3e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3422  type II secretion system protein E  51.56 
 
 
468 aa  340  3e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.351074  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2018  type II secretion system protein E  50.44 
 
 
445 aa  340  4e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4190  type II secretion system protein E  47.86 
 
 
504 aa  339  7e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2921  type II/IV secretion system protein E  48.1 
 
 
638 aa  338  9e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0726  type II secretion system protein E  46.05 
 
 
492 aa  338  1e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50497  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6876  FHA domain containing protein  47.55 
 
 
634 aa  338  1e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4951  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2925  type II secretion system protein E  58.19 
 
 
471 aa  338  1e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120672  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2054  type II secretion system protein E  49.27 
 
 
474 aa  337  2e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00068555  normal  0.102531 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4617  type II secretion system protein E  47.25 
 
 
460 aa  337  2e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.511137 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0247  type II secretion system protein E  46.13 
 
 
639 aa  337  2e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.68853  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0708  type II/IV secretion system protein E  44.96 
 
 
589 aa  337  2e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.844285  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1522  type II secretion system protein E  46.7 
 
 
467 aa  337  2e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2694  type II secretion system protein E  48.53 
 
 
474 aa  337  3e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00162868  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5324  type II secretion system protein E  47.38 
 
 
462 aa  337  3e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  decreased coverage  0.000466022 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3116  type II secretion system protein E  44.13 
 
 
491 aa  337  3e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761799  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2639  type II secretion system protein E  53.35 
 
 
491 aa  337  3e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2648  type II secretion system protein E  57.52 
 
 
498 aa  337  3e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3009  type II secretion system protein E  45.5 
 
 
445 aa  337  3e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  48.48 
 
 
442 aa  335  1e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  44.96 
 
 
468 aa  335  1e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2569  type II secretion system protein E  43.51 
 
 
463 aa  334  1e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0655  type II secretion system protein  49.7 
 
 
479 aa  333  3e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.181528 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2933  type II secretion system protein E  54.27 
 
 
495 aa  333  3e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.242377  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0748  FHA domain-containing protein  50.46 
 
 
572 aa  332  5e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1109  type II secretion system protein E  47.38 
 
 
608 aa  332  6e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.280352  normal  0.0921606 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0214  component of type IV pilus  46.65 
 
 
492 aa  332  9e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2507  type II secretion system protein E  50 
 
 
513 aa  332  9e-90  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000823712  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0604  type II secretion system protein E  47.12 
 
 
476 aa  331  1e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  48.54 
 
 
473 aa  331  1e-89  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2647  type II secretion system protein E  44.39 
 
 
459 aa  331  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0641  type II secretion system protein E  44.79 
 
 
456 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.677023  normal  0.303221 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4346  FHA domain-containing protein  46.88 
 
 
563 aa  330  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.077355  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  46.01 
 
 
464 aa  330  3e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1752  Flp pilus assembly ATPase CpaF  43.1 
 
 
451 aa  329  4e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0588  type II secretion system protein E  43.9 
 
 
454 aa  329  5e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106283  normal  0.228191 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0795  type II secretion system protein  48.54 
 
 
472 aa  329  6e-89  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0644  FHA domain-containing protein  44.44 
 
 
569 aa  328  8e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.61095 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2913  type II secretion system protein E  43.8 
 
 
452 aa  328  9e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0372  type II/IV secretion system protein, ATP binding domain  45.81 
 
 
428 aa  328  1e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00402347  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3424  type II secretion system protein E  47.71 
 
 
472 aa  327  2e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.546087  normal  0.677685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1515  secretory protein kinase, cpaF  44.27 
 
 
432 aa  327  2e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0638595  normal  0.0739759 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3931  type II secretion system protein E  48 
 
 
472 aa  327  2e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0856952  normal  0.304546 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2274  type II secretion system protein  47.37 
 
 
455 aa  327  3e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2825  type II secretion system protein E  43.54 
 
 
450 aa  327  3e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1316  type II secretion system protein  46.78 
 
 
455 aa  326  5e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3091  type II/IV secretion system protein  46.78 
 
 
455 aa  326  5e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2966  type II/IV secretion system protein  46.78 
 
 
455 aa  326  6e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.265625  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0799  type II secretion system protein E  47.66 
 
 
452 aa  325  6e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1815  type II secretion system protein E  41.18 
 
 
449 aa  325  1e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5492  type II secretion system protein E  49.09 
 
 
454 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0157969  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6366  type II secretion system protein E  49.09 
 
 
454 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  49.09 
 
 
454 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0652  secretion ATPase protein  46.22 
 
 
453 aa  324  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.199713 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  48.78 
 
 
455 aa  323  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2354  type II secretion system protein E  46.7 
 
 
452 aa  323  5e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>