More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1223 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1223  50S ribosomal protein L20  100 
 
 		 117 aa  230  4.0000000000000004e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000332435  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1313  50S ribosomal protein L20  80.87 
 
 		 117 aa  186  5.999999999999999e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000242462  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2398  ribosomal protein L20  73.04 
 
 		 118 aa  173  7e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0041866  normal  0.275247 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1615  50S ribosomal protein L20  72.17 
 
 		 118 aa  170  6.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000423443  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2658  50S ribosomal protein L20  73.04 
 
 		 119 aa  169  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000886061  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0800  50S ribosomal protein L20  72.17 
 
 		 119 aa  167  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1381  ribosomal protein L20  67.83 
 
 		 120 aa  166  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000161333  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4404  50S ribosomal protein L20  71.56 
 
 		 118 aa  165  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000358516  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4704  50S ribosomal protein L20  70.64 
 
 		 118 aa  163  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000111354  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4469  50S ribosomal protein L20  70.64 
 
 		 118 aa  163  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000222511  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4304  50S ribosomal protein L20  70.64 
 
 		 118 aa  163  5.9999999999999996e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.71931e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4315  50S ribosomal protein L20  70.64 
 
 		 118 aa  163  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000569694  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4681  50S ribosomal protein L20  70.64 
 
 		 118 aa  163  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000654651  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4817  50S ribosomal protein L20  70.64 
 
 		 118 aa  163  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000468944  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0556  50S ribosomal protein L20  70.64 
 
 		 118 aa  163  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000506915  hitchhiker  1.2511e-24 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4697  50S ribosomal protein L20  70.64 
 
 		 118 aa  163  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4688  50S ribosomal protein L20  70.64 
 
 		 118 aa  163  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.35886e-62 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1821  LSU ribosomal protein L20P  66.67 
 
 		 117 aa  163  6.9999999999999995e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00014178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2170  ribosomal protein L20  70.91 
 
 		 121 aa  163  6.9999999999999995e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00052538  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05610  ribosomal protein L20  73.39 
 
 		 119 aa  162  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000312556  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3259  50S ribosomal protein L20  70.64 
 
 		 118 aa  161  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000143022  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1206  50S ribosomal protein L20  73.91 
 
 		 119 aa  161  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000522592  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1736  50S ribosomal protein L20  66.67 
 
 		 118 aa  160  7e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000116439  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1770  50S ribosomal protein L20  66.67 
 
 		 118 aa  160  7e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000104745  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2052  50S ribosomal protein L20  72.73 
 
 		 119 aa  159  8.000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00996082  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1242  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  156  9e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000191981  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1756  50S ribosomal protein L20  70.27 
 
 		 121 aa  155  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000228708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1979  50S ribosomal protein L20  66.67 
 
 		 118 aa  156  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0347964  normal  0.0774628 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02082  50S ribosomal protein L20  65.81 
 
 		 117 aa  155  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0939  50S ribosomal protein L20  65.81 
 
 		 117 aa  155  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000748381  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003713  LSU ribosomal protein L20p  65.81 
 
 		 117 aa  155  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000104464  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1768  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000021709  normal  0.0190948 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2151  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  154  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000337835  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2302  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  154  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2029  50S ribosomal protein L20  64.1 
 
 		 119 aa  154  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000108915  hitchhiker  0.0000236508 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2327  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  154  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000174207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1708  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  154  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0547661  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2219  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  154  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000521277  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2187  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  154  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144083  normal  0.0378081 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2015  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  154  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000132248  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1958  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  154  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000262165  normal  0.497021 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2018  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  154  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000148558  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2046  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  154  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000387614  hitchhiker  0.00333012 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1802  50S ribosomal protein L20  66.96 
 
 		 117 aa  154  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0021941  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2025  50S ribosomal protein L20  64.1 
 
 		 119 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.240457  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0217  50S ribosomal protein L20  65.81 
 
 		 120 aa  154  6e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000274969  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2260  50S ribosomal protein L20  65.79 
 
 		 119 aa  153  6e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000555159  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1342  ribosomal protein L20  70.27 
 
 		 117 aa  153  6e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00397655  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2123  50S ribosomal protein L20  63.25 
 
 		 119 aa  153  7e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000359041  normal  0.016896 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2381  ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  153  9e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2165  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  153  9e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000386102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1934  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  153  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2488  50S ribosomal protein L20  63.25 
 
 		 119 aa  152  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000082554  hitchhiker  0.0000796215 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0469  50S ribosomal protein L20  61.54 
 
 		 120 aa  152  1e-36  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.667366  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0347  50S ribosomal protein L20  62.39 
 
 		 118 aa  152  1e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3222  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2468  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164678  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20450  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  151  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.834025  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3478  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800064  hitchhiker  0.00881726 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1970  50S ribosomal protein L20  64.96 
 
 		 118 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0648376  hitchhiker  0.00701004 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0765  50S ribosomal protein L20P  63.25 
 
 		 119 aa  152  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.9715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2216  ribosomal protein L20  64.04 
 
 		 118 aa  150  7e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000311515  normal  0.131567 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2240  50S ribosomal protein L20  64.04 
 
 		 119 aa  149  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00478573  hitchhiker  0.00537539 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2507  50S ribosomal protein L20  65.22 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0449  50S ribosomal protein L20  62.61 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000370171  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28680  50S ribosomal protein L20  65.22 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000531022 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2611  50S ribosomal protein L20  64.04 
 
 		 119 aa  149  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0328909  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2594  ribosomal protein L20  64.04 
 
 		 118 aa  149  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649926  hitchhiker  0.00570674 
 
 
-
 
NC_002978  WD0865  50S ribosomal protein L20  68.14 
 
 		 121 aa  147  3e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1840  50S ribosomal protein L20  59.83 
 
 		 118 aa  147  3e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0084  ribosomal protein L20  58.97 
 
 		 117 aa  148  3e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000000355513  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2496  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 		 118 aa  148  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00192283  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1092  50S ribosomal protein L20  63.96 
 
 		 118 aa  148  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000110509  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01386  50S ribosomal protein L20  63.25 
 
 		 119 aa  147  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0494  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 		 117 aa  147  4e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2017  50S ribosomal protein L20  62.39 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2802  50S ribosomal protein L20  63.25 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1664  50S ribosomal protein L20  59.83 
 
 		 118 aa  147  5e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0046  ribosomal protein L20  62.61 
 
 		 117 aa  147  6e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2317  50S ribosomal protein L20  61.54 
 
 		 118 aa  146  7e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000405852  normal  0.195139 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1997  50S ribosomal protein L20  62.61 
 
 		 118 aa  146  7e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00229305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2300  50S ribosomal protein L20  62.61 
 
 		 118 aa  146  7e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000821818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2096  50S ribosomal protein L20  61.54 
 
 		 119 aa  146  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2144  50S ribosomal protein L20  62.28 
 
 		 119 aa  146  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000000208623  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1856  50S ribosomal protein L20  62.28 
 
 		 119 aa  146  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000191565  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1382  50S ribosomal protein L20  70.59 
 
 		 119 aa  145  2.0000000000000003e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000098372  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0366  50S ribosomal protein L20P  58.97 
 
 		 117 aa  145  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000702723  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0696  50S ribosomal protein L20  65.14 
 
 		 115 aa  145  3e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129228  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2397  50S ribosomal protein L20  64.35 
 
 		 119 aa  144  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.703088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1475  50S ribosomal protein L20  61.54 
 
 		 119 aa  144  3e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000544649  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1412  50S ribosomal protein L20  61.54 
 
 		 119 aa  144  3e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00164339  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1873  50S ribosomal protein L20  63.48 
 
 		 119 aa  144  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.855478  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3092  50S ribosomal protein L20  64.35 
 
 		 119 aa  144  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.493016  normal  0.0864607 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1451  50S ribosomal protein L20  64.35 
 
 		 119 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1441  50S ribosomal protein L20  61.74 
 
 		 139 aa  144  4.0000000000000006e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000287682  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4613  50S ribosomal protein L20  63.48 
 
 		 119 aa  144  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.167314  hitchhiker  0.00727098 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1087  50S ribosomal protein L20  69.61 
 
 		 119 aa  144  5e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000484825  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2856  50S ribosomal protein L20  62.61 
 
 		 120 aa  143  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.366682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15180  LSU ribosomal protein L20P  57.26 
 
 		 117 aa  143  7.0000000000000006e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00260509  normal  0.121577 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2105  50S ribosomal protein L20  60.87 
 
 		 119 aa  142  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136209  normal  0.230589 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>