210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1109 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1109  permease  100 
 
 		 284 aa  561  1.0000000000000001e-159  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1223  permease  72.2 
 
 		 334 aa  387  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  67.03 
 
 		 338 aa  384  1e-105  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  61.37 
 
 		 331 aa  366  1e-100  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1299  permease  66.79 
 
 		 338 aa  362  3e-99  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.201061  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  62.32 
 
 		 336 aa  361  9e-99  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  61.48 
 
 		 337 aa  351  7e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  62.9 
 
 		 337 aa  342  4e-93  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  58.8 
 
 		 337 aa  342  5.999999999999999e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  60.78 
 
 		 337 aa  338  4e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  56.44 
 
 		 318 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1408  permease  59.93 
 
 		 332 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  46.8 
 
 		 315 aa  266  4e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1204  permease  52.27 
 
 		 318 aa  264  2e-69  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  45.63 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0751  permease  51.89 
 
 		 318 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0819  permease  51.89 
 
 		 318 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.350869  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2955  hypothetical protein  48.44 
 
 		 315 aa  258  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  46.89 
 
 		 323 aa  256  3e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  44.53 
 
 		 315 aa  252  4.0000000000000004e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  47.27 
 
 		 315 aa  247  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  46.54 
 
 		 324 aa  244  9.999999999999999e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2640  permease  47.08 
 
 		 323 aa  243  1.9999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  42.86 
 
 		 321 aa  242  6e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  46.97 
 
 		 317 aa  241  1e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0857  permease  47.15 
 
 		 315 aa  239  5e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.398013  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  46.59 
 
 		 319 aa  238  1e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  40.66 
 
 		 323 aa  237  2e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  42.65 
 
 		 352 aa  234  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  43.4 
 
 		 353 aa  233  3e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  44.09 
 
 		 345 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  43.58 
 
 		 348 aa  231  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  40.81 
 
 		 356 aa  231  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  40 
 
 		 367 aa  229  3e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2555  permease  39.57 
 
 		 349 aa  229  3e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  39.62 
 
 		 330 aa  229  4e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3620  permease  41.51 
 
 		 351 aa  228  6e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  42.32 
 
 		 351 aa  228  7e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  40.75 
 
 		 364 aa  228  7e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  39.53 
 
 		 344 aa  228  1e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  43.14 
 
 		 352 aa  227  1e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3641  permease  44.53 
 
 		 348 aa  227  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  40.16 
 
 		 350 aa  226  3e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2181  permease  44.57 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000463978  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  41.7 
 
 		 350 aa  224  2e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1783  permease  45.88 
 
 		 362 aa  222  6e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  41.05 
 
 		 354 aa  221  8e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  40.38 
 
 		 322 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  42.11 
 
 		 381 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  46.34 
 
 		 351 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  40.45 
 
 		 354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  41.73 
 
 		 354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1645  permease  42.8 
 
 		 350 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701842  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  40.51 
 
 		 331 aa  219  5e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  40.15 
 
 		 331 aa  219  5e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  40.29 
 
 		 331 aa  218  7e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  44.19 
 
 		 370 aa  218  8.999999999999998e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  39.93 
 
 		 331 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  41.57 
 
 		 363 aa  217  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1935  permease  40.14 
 
 		 353 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  39.19 
 
 		 331 aa  216  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  38.58 
 
 		 353 aa  216  4e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  39.56 
 
 		 331 aa  215  5e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  39.56 
 
 		 331 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  44.66 
 
 		 349 aa  214  9.999999999999999e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  41.09 
 
 		 352 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  37.46 
 
 		 341 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  39.34 
 
 		 377 aa  214  1.9999999999999998e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  37.59 
 
 		 335 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1870  permease  38.46 
 
 		 319 aa  211  9e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.788351  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0486  permease  35.92 
 
 		 338 aa  208  8e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1810  permease  37.96 
 
 		 328 aa  207  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0728  permease  38.55 
 
 		 353 aa  206  3e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  38.32 
 
 		 336 aa  206  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  37.59 
 
 		 332 aa  202  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3415  permease  40.94 
 
 		 351 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1725  permease  38.04 
 
 		 337 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1442  permease  36.36 
 
 		 371 aa  199  5e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1089  permease  38.93 
 
 		 366 aa  199  6e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  38.93 
 
 		 366 aa  198  7e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  36.86 
 
 		 332 aa  196  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  36.86 
 
 		 332 aa  196  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  34.93 
 
 		 330 aa  196  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4076  permease  42.39 
 
 		 349 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0164237  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0589  permease  34.94 
 
 		 332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0849  permease  33.33 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000568724 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  34.4 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  34.96 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  34.85 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  31.87 
 
 		 311 aa  145  8.000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  32.11 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  33.87 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  31.97 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  30.61 
 
 		 306 aa  132  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  30.77 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2516  permease  31.2 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.114382  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0315  permease  33.19 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  33.33 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3859  permease  34.14 
 
 		 300 aa  127  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.210987  normal  0.0366228 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0357  permease  31.38 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>