More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1058 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 
412 aa  849  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1060  serine hydroxymethyltransferase  73.54 
 
 
415 aa  639  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.328734  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1008  serine hydroxymethyltransferase  76.11 
 
 
413 aa  639  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1680  serine hydroxymethyltransferase  78.64 
 
 
412 aa  686  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  71.29 
 
 
411 aa  607  1e-172  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  7.28494e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4826  serine hydroxymethyltransferase  72.39 
 
 
417 aa  599  1e-170  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  2.0982e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  70.32 
 
 
412 aa  596  1e-169  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2768  Glycine hydroxymethyltransferase  68.8 
 
 
418 aa  597  1e-169  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5015  serine hydroxymethyltransferase  68.54 
 
 
414 aa  592  1e-168  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  4.68931e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5114  serine hydroxymethyltransferase  68.78 
 
 
413 aa  592  1e-168  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000619413  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5438  serine hydroxymethyltransferase  68.29 
 
 
413 aa  591  1e-168  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  3.38182e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4998  serine hydroxymethyltransferase  68.78 
 
 
414 aa  593  1e-168  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  9.16492e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5407  serine hydroxymethyltransferase  68.78 
 
 
413 aa  593  1e-168  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.91777e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5494  serine hydroxymethyltransferase  68.54 
 
 
413 aa  592  1e-168  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  3.15106e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5441  serine hydroxymethyltransferase  68.54 
 
 
413 aa  592  1e-168  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  3.58223e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3835  serine hydroxymethyltransferase  68.05 
 
 
413 aa  589  1e-167  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00110618  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5558  serine hydroxymethyltransferase  68.54 
 
 
413 aa  590  1e-167  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  1.29833e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5165  serine hydroxymethyltransferase  68.54 
 
 
414 aa  589  1e-167  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104225  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2390  serine hydroxymethyltransferase  67.63 
 
 
416 aa  588  1e-167  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0832592 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2858  serine hydroxymethyltransferase  66.18 
 
 
412 aa  584  1e-166  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193114 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2392  glycine hydroxymethyltransferase  68.8 
 
 
415 aa  587  1e-166  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3162  serine hydroxymethyltransferase  68.28 
 
 
413 aa  585  1e-166  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.243328  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5513  serine hydroxymethyltransferase  67.8 
 
 
413 aa  585  1e-166  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  5.94889e-09  unclonable  1.27286e-25 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1881  serine hydroxymethyltransferase  68.06 
 
 
415 aa  583  1e-165  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.662029  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0031  Glycine hydroxymethyltransferase  66.75 
 
 
420 aa  582  1e-165  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2184  serine hydroxymethyltransferase  67.07 
 
 
410 aa  576  1e-163  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1895  serine hydroxymethyltransferase  66.83 
 
 
410 aa  574  1e-163  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  66.75 
 
 
416 aa  575  1e-163  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1605  serine hydroxymethyltransferase  67.32 
 
 
415 aa  576  1e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0938811  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1241  glycine hydroxymethyltransferase  65.85 
 
 
414 aa  574  1e-162  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4177  serine hydroxymethyltransferase  65.7 
 
 
413 aa  573  1e-162  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  2.12054e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2147  glycine hydroxymethyltransferase  66.1 
 
 
415 aa  573  1e-162  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2187  serine hydroxymethyltransferase  66.99 
 
 
412 aa  573  1e-162  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2149  serine hydroxymethyltransferase  66.99 
 
 
412 aa  573  1e-162  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3274  serine hydroxymethyltransferase  66.83 
 
 
412 aa  572  1e-162  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  4.62006e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1932  serine hydroxymethyltransferase  66.58 
 
 
415 aa  570  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.67671e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1607  serine hydroxymethyltransferase  66.09 
 
 
415 aa  570  1e-161  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  66.18 
 
 
415 aa  570  1e-161  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3102  serine hydroxymethyltransferase  65.61 
 
 
415 aa  570  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00573934  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1748  serine hydroxymethyltransferase  66.09 
 
 
413 aa  565  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.207733  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16130  Glycine hydroxymethyltransferase  68.4 
 
 
412 aa  567  1e-160  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0810  serine hydroxymethyltransferase  67.89 
 
 
414 aa  567  1e-160  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.210619  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1719  serine hydroxymethyltransferase  65.69 
 
 
412 aa  563  1e-159  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1813  serine hydroxymethyltransferase  62.29 
 
 
414 aa  552  1e-156  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0499  serine hydroxymethyltransferase  64.02 
 
 
417 aa  550  1e-155  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.757005  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0071  Glycine hydroxymethyltransferase  65.53 
 
 
417 aa  545  1e-154  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.30135  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1854  serine hydroxymethyltransferase  64.39 
 
 
412 aa  542  1e-153  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02811  serine hydroxymethyltransferase  61.89 
 
 
423 aa  543  1e-153  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1377  glycine hydroxymethyltransferase  63.17 
 
 
411 aa  541  1e-153  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3097  serine hydroxymethyltransferase  64.63 
 
 
412 aa  544  1e-153  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0175089 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2316  serine hydroxymethyltransferase  63.26 
 
 
412 aa  542  1e-153  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1025  serine hydroxymethyltransferase  63.41 
 
 
422 aa  544  1e-153  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  63.33 
 
 
431 aa  544  1e-153  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02801  serine hydroxymethyltransferase  61.41 
 
 
423 aa  538  1e-152  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.632622  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0686  serine hydroxymethyltransferase  62.89 
 
 
424 aa  539  1e-152  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.138461  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  61.93 
 
 
437 aa  538  1e-152  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0209  serine hydroxymethyltransferase  64.1 
 
 
427 aa  539  1e-152  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0207  serine hydroxymethyltransferase  64.1 
 
 
427 aa  538  1e-152  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0085  serine hydroxymethyltransferase  64.25 
 
 
422 aa  540  1e-152  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1463  glycine hydroxymethyltransferase  61.86 
 
 
415 aa  539  1e-152  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  61.34 
 
 
427 aa  537  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  61.58 
 
 
433 aa  536  1e-151  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  62.14 
 
 
427 aa  536  1e-151  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2091  serine hydroxymethyltransferase  62.5 
 
 
429 aa  537  1e-151  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2733  serine hydroxymethyltransferase  62.08 
 
 
417 aa  536  1e-151  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0260  serine hydroxymethyltransferase  61.17 
 
 
423 aa  535  1e-151  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  61.76 
 
 
439 aa  534  1e-150  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  61.43 
 
 
431 aa  533  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0469  serine hydroxymethyltransferase  63.3 
 
 
474 aa  533  1e-150  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00996315  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2082  serine hydroxymethyltransferase  61.65 
 
 
419 aa  533  1e-150  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  5.84892e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  61.2 
 
 
429 aa  531  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2660  serine hydroxymethyltransferase  61.11 
 
 
425 aa  531  1e-150  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  62.23 
 
 
438 aa  534  1e-150  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02911  serine hydroxymethyltransferase  61.17 
 
 
423 aa  534  1e-150  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  62 
 
 
438 aa  532  1e-150  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2744  serine hydroxymethyltransferase  60.29 
 
 
417 aa  529  1e-149  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  60.62 
 
 
438 aa  528  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  2.80655e-05  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2836  serine hydroxymethyltransferase  60.53 
 
 
417 aa  530  1e-149  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.359128  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  60.57 
 
 
432 aa  528  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1418  serine hydroxymethyltransferase  60.98 
 
 
420 aa  530  1e-149  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0614522  normal  0.461409 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4027  glycine hydroxymethyltransferase  62.14 
 
 
421 aa  529  1e-149  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17117  normal  0.0123375 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1617  serine hydroxymethyltransferase  63.17 
 
 
414 aa  528  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0756  serine hydroxymethyltransferase  61.78 
 
 
425 aa  530  1e-149  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0782  serine hydroxymethyltransferase  61.78 
 
 
425 aa  530  1e-149  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2928  serine hydroxymethyltransferase  60.29 
 
 
417 aa  528  1e-149  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  60.86 
 
 
431 aa  527  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  60.05 
 
 
430 aa  525  1e-148  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0127  Glycine hydroxymethyltransferase  60.28 
 
 
435 aa  527  1e-148  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  60.48 
 
 
433 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2432  serine hydroxymethyltransferase  64.96 
 
 
412 aa  526  1e-148  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.139104  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  61.28 
 
 
432 aa  528  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1155  serine hydroxymethyltransferase  58.04 
 
 
436 aa  526  1e-148  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1185  serine hydroxymethyltransferase  60.73 
 
 
417 aa  521  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.961366 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  58.23 
 
 
434 aa  522  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4802  serine hydroxymethyltransferase  62.14 
 
 
427 aa  522  1e-147  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24721  serine hydroxymethyltransferase  61.37 
 
 
424 aa  522  1e-147  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2311  Glycine hydroxymethyltransferase  61.82 
 
 
466 aa  521  1e-147  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.14902e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  61.1 
 
 
431 aa  521  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 
433 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1389  Glycine hydroxymethyltransferase  61.18 
 
 
427 aa  522  1e-147  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  6.92081e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>