More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1012 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1012  sporulation sigma factor SigK  100 
 
 
236 aa  473  1e-133  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1501  sporulation sigma factor SigK  70.93 
 
 
231 aa  319  1.9999999999999998e-86  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1738  sporulation sigma factor SigK  61.7 
 
 
233 aa  288  6e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.475543  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2021  sporulation sigma factor SigK  61.28 
 
 
233 aa  286  2e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.653409  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2798  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigK  64.76 
 
 
234 aa  285  4e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0982  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  64.32 
 
 
256 aa  283  1.0000000000000001e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1582  sporulation sigma factor SigK  62.44 
 
 
226 aa  269  2.9999999999999997e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000492275  normal  0.195753 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0517  sporulation sigma factor SigK  60.26 
 
 
244 aa  265  5e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05860  sporulation sigma factor SigK  59.91 
 
 
232 aa  263  2e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000165586  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2471  sporulation sigma factor SigK  59.29 
 
 
236 aa  260  2e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3065  sporulation sigma factor SigK  56.64 
 
 
237 aa  259  3e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3546  sporulation sigma factor SigK  54.47 
 
 
249 aa  258  6e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4421  sporulation sigma factor SigK  56.19 
 
 
265 aa  256  3e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4236  sporulation sigma factor SigK  56.19 
 
 
237 aa  256  3e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4074  sporulation sigma factor SigK  56.19 
 
 
237 aa  256  3e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4084  sporulation sigma factor SigK  56.19 
 
 
237 aa  256  3e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4566  sporulation sigma factor SigK  56.19 
 
 
237 aa  256  3e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4190  sporulation sigma factor SigK  56.19 
 
 
237 aa  256  3e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4472  sporulation sigma factor SigK  56.19 
 
 
237 aa  256  3e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0778  sporulation sigma factor SigK  56.19 
 
 
237 aa  256  3e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.377161  hitchhiker  0.0088749 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4459  sporulation sigma factor SigK  56.19 
 
 
237 aa  256  3e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177817  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0736  sporulation sigma factor SigK  62.09 
 
 
219 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000259555  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0982  sporulation sigma factor SigK  59.36 
 
 
245 aa  250  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2020  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigK  52.09 
 
 
239 aa  231  9e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.851025  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1030  sporulation sigma factor SigE  51.2 
 
 
239 aa  219  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000129886  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3957  sporulation sigma factor SigE  52.63 
 
 
239 aa  219  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000112899  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3949  sporulation sigma factor SigE  52.63 
 
 
239 aa  219  3e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000781708  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3755  sporulation sigma factor SigE  52.63 
 
 
239 aa  219  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00369355  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3646  sporulation sigma factor SigE  52.63 
 
 
239 aa  219  3e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000510031  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3663  sporulation sigma factor SigE  52.63 
 
 
239 aa  219  3e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000395259  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4043  sporulation sigma factor SigE  52.63 
 
 
239 aa  219  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4005  sporulation sigma factor SigE  52.63 
 
 
239 aa  219  3e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00100878  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1236  sporulation sigma factor SigE  52.63 
 
 
239 aa  219  3e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000024975  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3918  sporulation sigma factor SigE  52.63 
 
 
239 aa  219  3e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000071882 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2553  sporulation sigma factor SigE  52.63 
 
 
239 aa  218  5e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000344705  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2001  sporulation sigma factor SigE  53.11 
 
 
241 aa  218  7e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000755771  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3731  sporulation sigma factor SigE  52.15 
 
 
239 aa  216  2e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000278458  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1900  sporulation sigma factor SigE  50.72 
 
 
239 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2290  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  57.22 
 
 
207 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.345877  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0686  sporulation sigma factor SigE  50.72 
 
 
241 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.144622  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1290  sporulation sigma factor SigE  48.8 
 
 
249 aa  212  4.9999999999999996e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2015  sporulation sigma factor SigE  48.02 
 
 
235 aa  211  9e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.785691  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1733  sporulation sigma factor SigE  48.02 
 
 
235 aa  211  9e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0265453  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2062  sporulation sigma factor SigE  49.3 
 
 
243 aa  210  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000360983  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1066  sporulation sigma factor SigE  49.76 
 
 
241 aa  210  2e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000178993  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0852  sporulation sigma factor SigE  48.8 
 
 
243 aa  207  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0114797  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09150  sporulation sigma factor SigE  48.57 
 
 
245 aa  204  8e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000261644  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1310  sporulation sigma factor SigE  48.8 
 
 
239 aa  203  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000184343  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1426  sporulation sigma factor SigE  47.37 
 
 
241 aa  202  4e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.126635  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0447  sporulation sigma factor SigE  47.6 
 
 
244 aa  202  4e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000743913  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4054  sporulation sigma factor SigE  50.72 
 
 
249 aa  200  9.999999999999999e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000091924  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0787  sporulation sigma factor SigE  45.95 
 
 
244 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.761292  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1553  sporulation sigma factor SigE  47.39 
 
 
242 aa  199  5e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000347236  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0835  sporulation sigma factor SigE  46.01 
 
 
240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.935984  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2469  sporulation sigma factor SigE  49.06 
 
 
246 aa  195  4.0000000000000005e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130703  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2655  sporulation sigma factor SigK  45.05 
 
 
232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4418  RNA polymerase sigma-K factor  59.57 
 
 
149 aa  181  7e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0997  sigma-70 region 2 domain-containing protein  69.09 
 
 
118 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1770  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  66.35 
 
 
114 aa  144  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.692748  normal  0.378996 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0501  sigma 28 (flagella/sporulation)  58.12 
 
 
126 aa  135  7.000000000000001e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0912  sigma-70 region 4 domain-containing protein  56.9 
 
 
118 aa  123  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1737  putative RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  50.91 
 
 
113 aa  111  9e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0277937 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0788  sporulation sigma factor SigG  33.33 
 
 
255 aa  100  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.667987  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12400  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  29.21 
 
 
358 aa  99.8  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0607  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0624  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.21 
 
 
361 aa  99.8  4e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00076534  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2468  sporulation sigma factor SigG  31.27 
 
 
260 aa  98.6  7e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000740675  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0492  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.15 
 
 
360 aa  98.2  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.187427  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1726  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  29.48 
 
 
369 aa  98.2  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1343  RpoD family RNA polymerase sigma factor  26.97 
 
 
407 aa  96.7  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000061259  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1343  RpoD family RNA polymerase sigma factor  26.97 
 
 
407 aa  96.7  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000691641  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1029  RpoD family RNA polymerase sigma factor  26.59 
 
 
370 aa  95.5  7e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09160  sporulation sigma factor SigG  29.81 
 
 
260 aa  95.1  9e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000197734  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0713  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  28.84 
 
 
417 aa  94.7  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.21 
 
 
374 aa  94.7  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.21 
 
 
375 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0577  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  32.71 
 
 
280 aa  94.4  2e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1314  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.21 
 
 
357 aa  94  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000145678  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2001  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  33.99 
 
 
270 aa  93.6  3e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.605415  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2462  RNA polymerase sigma factor RpoD  28.78 
 
 
367 aa  93.6  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0127291  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1552  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigG  28.85 
 
 
256 aa  93.2  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178805  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1702  RpoS  30.31 
 
 
303 aa  92.8  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0629652  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1215  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  28.46 
 
 
360 aa  92.8  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000256701  hitchhiker  0.00656648 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2000  sporulation sigma factor SigG  29.5 
 
 
256 aa  92.8  4e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000480045  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0673  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  29.86 
 
 
363 aa  92.4  5e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4216  RNA polymerase sigma factor RpoD  28.09 
 
 
372 aa  92  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000301264  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2614  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  28.46 
 
 
345 aa  91.7  9e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00168562  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4194  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.96 
 
 
373 aa  91.3  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000145872  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3019  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.96 
 
 
373 aa  91.3  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000207905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4032  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.96 
 
 
373 aa  91.3  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.92398e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0743  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.18 
 
 
380 aa  91.3  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000129687  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4042  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.96 
 
 
373 aa  91.3  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000102439  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4515  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.96 
 
 
373 aa  91.3  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000315443  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4314  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.96 
 
 
373 aa  91.3  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.2227e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4372  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.96 
 
 
375 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000624256  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4426  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.96 
 
 
375 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000104378  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4144  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.96 
 
 
375 aa  90.9  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000635558  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4409  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.96 
 
 
375 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000427068  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0827  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.96 
 
 
375 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000804536  decreased coverage  6.75333e-22 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1732  sporulation sigma factor SigG  28.74 
 
 
257 aa  90.5  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0249664  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0895  RNA polymerase sigma factor RpoD  28.09 
 
 
358 aa  90.9  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000160053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>