More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0988 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 297 aa  597  1e-169  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  51.28 
 
 		 309 aa  303  3.0000000000000004e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  53.47 
 
 		 309 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  47.6 
 
 		 307 aa  261  1e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  48.61 
 
 		 294 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  45.87 
 
 		 303 aa  256  3e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  46.51 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  46.51 
 
 		 294 aa  248  6e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  46.67 
 
 		 310 aa  246  4e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  48.63 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  44.6 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  46.59 
 
 		 302 aa  235  6e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  43.4 
 
 		 307 aa  232  6e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  43.55 
 
 		 283 aa  232  7.000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  46.34 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  43.9 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  43.4 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 307 aa  229  5e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 299 aa  228  7e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 307 aa  228  9e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 307 aa  228  9e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  45.38 
 
 		 304 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  42.14 
 
 		 298 aa  222  6e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  45.14 
 
 		 303 aa  222  7e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  50.45 
 
 		 305 aa  221  8e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  45.38 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  42.2 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 310 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 310 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  41.2 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  40.78 
 
 		 305 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  39.78 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  43.17 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  40.78 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  41.84 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  42.65 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  42.07 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  41.84 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 		 310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  41.38 
 
 		 314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  41.37 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.96 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  42.05 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  40.97 
 
 		 311 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 314 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 314 aa  209  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 314 aa  209  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  39.45 
 
 		 314 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  45.53 
 
 		 330 aa  209  4e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 314 aa  209  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 314 aa  209  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 314 aa  209  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.96 
 
 		 310 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  41.94 
 
 		 328 aa  208  7e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  46.18 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 314 aa  208  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  39.79 
 
 		 314 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  39.5 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  48.8 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  40.59 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  40.62 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 314 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  40.49 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 314 aa  206  5e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  45.34 
 
 		 280 aa  205  8e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  40.58 
 
 		 318 aa  205  8e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 371 aa  204  1e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 292 aa  204  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  38.02 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  40.58 
 
 		 314 aa  203  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 339 aa  202  5e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  43.07 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 314 aa  201  9e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  40.96 
 
 		 322 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  38.75 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  39.01 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  36.99 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  38.52 
 
 		 302 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  39.52 
 
 		 338 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>