More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0908 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
303 aa  615  1e-175  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  66.34 
 
 
304 aa  422  1e-117  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  62.33 
 
 
305 aa  375  1e-103  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  56.61 
 
 
313 aa  352  4e-96  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.13 
 
 
306 aa  350  2e-95  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  55.89 
 
 
306 aa  345  8e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  58.48 
 
 
302 aa  342  5.999999999999999e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  58.22 
 
 
304 aa  340  2e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  55.67 
 
 
334 aa  337  9.999999999999999e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  55.08 
 
 
302 aa  336  2.9999999999999997e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  57.44 
 
 
304 aa  336  2.9999999999999997e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  54.75 
 
 
302 aa  335  5e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.75 
 
 
302 aa  335  5.999999999999999e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  54.75 
 
 
302 aa  335  5.999999999999999e-91  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  57.44 
 
 
302 aa  335  5.999999999999999e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  54.75 
 
 
302 aa  335  5.999999999999999e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  55.41 
 
 
302 aa  335  7e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  58.33 
 
 
306 aa  335  7e-91  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  54.67 
 
 
302 aa  334  1e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.43 
 
 
302 aa  333  2e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  54.43 
 
 
302 aa  333  3e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  58 
 
 
306 aa  332  3e-90  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  55.02 
 
 
300 aa  328  7e-89  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  53.26 
 
 
305 aa  317  1e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  54.61 
 
 
305 aa  307  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  49.48 
 
 
309 aa  307  1.0000000000000001e-82  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  54.61 
 
 
305 aa  307  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  50.17 
 
 
326 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  51.54 
 
 
331 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.49 
 
 
301 aa  306  2.0000000000000002e-82  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  54.03 
 
 
303 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.86 
 
 
303 aa  303  3.0000000000000004e-81  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.13 
 
 
296 aa  303  3.0000000000000004e-81  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.85 
 
 
308 aa  300  1e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.36 
 
 
305 aa  300  2e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.58 
 
 
296 aa  300  2e-80  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  51.67 
 
 
305 aa  300  3e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  48.24 
 
 
320 aa  295  9e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.18 
 
 
312 aa  290  2e-77  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.33 
 
 
322 aa  289  4e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.85 
 
 
304 aa  286  2e-76  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  49.49 
 
 
311 aa  285  5.999999999999999e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  49.83 
 
 
311 aa  285  7e-76  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  48.36 
 
 
306 aa  285  9e-76  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  48.54 
 
 
326 aa  284  1.0000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.48 
 
 
334 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.18 
 
 
347 aa  282  6.000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  46.86 
 
 
315 aa  282  6.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  47.21 
 
 
313 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  45.02 
 
 
334 aa  277  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  48.16 
 
 
305 aa  278  1e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  50.17 
 
 
304 aa  278  1e-73  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  46.18 
 
 
341 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.06 
 
 
312 aa  276  3e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  46.65 
 
 
341 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.11 
 
 
343 aa  276  4e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.44 
 
 
324 aa  275  6e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  48.03 
 
 
306 aa  275  8e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  48.63 
 
 
311 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  45.42 
 
 
329 aa  273  2.0000000000000002e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  48.28 
 
 
323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  47.67 
 
 
319 aa  271  8.000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  48 
 
 
319 aa  271  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.91 
 
 
319 aa  271  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  43.11 
 
 
377 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  49.49 
 
 
320 aa  267  2e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  45.48 
 
 
328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.97 
 
 
322 aa  265  5e-70  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  47.1 
 
 
339 aa  265  7e-70  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.13 
 
 
332 aa  265  7e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.42 
 
 
333 aa  264  1e-69  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.97 
 
 
321 aa  264  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.95 
 
 
326 aa  264  2e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.59 
 
 
343 aa  264  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  45.87 
 
 
314 aa  263  2e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  44.73 
 
 
376 aa  263  2e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.81 
 
 
316 aa  261  8.999999999999999e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  45.07 
 
 
314 aa  261  1e-68  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  44.07 
 
 
342 aa  260  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.63 
 
 
319 aa  259  3e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.6 
 
 
326 aa  259  3e-68  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.29 
 
 
319 aa  259  4e-68  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  44.25 
 
 
341 aa  259  4e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.45 
 
 
335 aa  259  5.0000000000000005e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  45.62 
 
 
336 aa  258  9e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.6 
 
 
319 aa  257  2e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.22 
 
 
313 aa  257  2e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  45.02 
 
 
334 aa  256  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.67 
 
 
310 aa  256  4e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  43.05 
 
 
315 aa  255  7e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  44.48 
 
 
351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  44.52 
 
 
322 aa  253  2.0000000000000002e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.76 
 
 
327 aa  253  3e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  42.51 
 
 
342 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  43.6 
 
 
343 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  44.37 
 
 
316 aa  253  4.0000000000000004e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  46.43 
 
 
352 aa  252  6e-66  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  43.21 
 
 
334 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  46.25 
 
 
318 aa  249  6e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.3 
 
 
349 aa  248  8e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>