75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0804 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0804  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
190 aa  387  1e-107  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000127204  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0592  transcriptional regulator, MerR family  51.02 
 
 
196 aa  197  6e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000184153  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1722  hypothetical protein  33.33 
 
 
245 aa  52.4  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.22489 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1864  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
201 aa  52.4  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0288491  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2925  MerR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
155 aa  52  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00455933  hitchhiker  0.00151967 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2610  MerR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
281 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1268  MerR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
272 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.194356 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0385  MerR family transcriptional regulator  24.71 
 
 
162 aa  49.7  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1914  MerR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
282 aa  49.3  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.346124  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1660  MerR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
129 aa  48.9  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0323  transcription regulator family  41.1 
 
 
253 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2056  regulatory protein MerR  34.72 
 
 
165 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.880106  normal  0.300945 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2331  transcriptional regulator, MerR family  34.72 
 
 
160 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.461102 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2017  transcriptional regulator, MerR family  34.72 
 
 
165 aa  48.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0483  transcriptional regulator, MerR family  29.11 
 
 
141 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1409  MerR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
206 aa  46.6  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.783915  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0831  MerR family transcriptional regulator  33.75 
 
 
177 aa  47  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.087298  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3558  MerR family transcriptional regulator  37.31 
 
 
136 aa  47  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.994671 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3022  transcriptional regulator, MerR family  30.56 
 
 
250 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.165787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4629  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
187 aa  46.2  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00782953  normal  0.030329 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1588  MerR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
195 aa  46.2  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1669  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
241 aa  46.2  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1288  transcriptional regulator, MerR family  33.8 
 
 
179 aa  45.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287887  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2649  MerR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
159 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1199  transcriptional regulator, MerR family  33.8 
 
 
179 aa  45.4  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10940  putative transcriptional regulator, MerR family  30.63 
 
 
174 aa  45.8  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.826856  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2664  MerR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
159 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.674524 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3755  MerR family transcriptional regulator  35.21 
 
 
294 aa  45.8  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000252575  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1165  MerR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
352 aa  45.8  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1235  MerR family transcriptional regulator  32.05 
 
 
366 aa  45.8  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1164  MerR family transcriptional regulator  32.05 
 
 
361 aa  45.4  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1148  MerR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
169 aa  45.8  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2620  MerR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
159 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2847  MerR family transcriptional regulator  36.23 
 
 
162 aa  45.4  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.786709  hitchhiker  0.005225 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2678  MerR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
252 aa  45.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00961924  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2652  MerR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
227 aa  45.1  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00282985  normal  0.0609514 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0108  MerR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
124 aa  44.7  0.0008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0081  MerR family transcriptional regulator  27.36 
 
 
265 aa  44.7  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00994643  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  28.26 
 
 
327 aa  43.9  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2633  MerR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
123 aa  44.3  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1617  putative transcriptional regulator, MerR family  35.21 
 
 
252 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.870774 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0580  hypothetical protein  28.81 
 
 
109 aa  43.9  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2688  regulatory protein, MerR  30.56 
 
 
229 aa  43.9  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.539161  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0713  MerR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
127 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.245561  normal  0.461713 
 
 
-
 
NC_002978  WD0058  hypothetical protein  33.85 
 
 
108 aa  43.5  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4570  regulatory protein MerR  28.24 
 
 
149 aa  43.1  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.922627  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2536  regulatory protein MerR  31.58 
 
 
111 aa  43.5  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2109  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
159 aa  42.7  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal  0.127157 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0487  transcriptional regulator, MerR family  30.77 
 
 
140 aa  43.1  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.452136  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  37.18 
 
 
292 aa  43.1  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0494  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
121 aa  42.7  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0739492  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1560  transcriptional regulator, MerR family  31.4 
 
 
151 aa  42.7  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000421328  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2092  MerR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
118 aa  42.7  0.003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.681298  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1313  transcriptional regulator, MerR family  33.82 
 
 
173 aa  42.7  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2364  MerR family transcriptional regulator  25.98 
 
 
151 aa  42.4  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0836  MerR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
116 aa  42.4  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1320  transcriptional regulator, MerR family  30.67 
 
 
254 aa  42  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0761  MerR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
118 aa  42  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0874748  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2393  MerR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
142 aa  42  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.161279  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0877  MerR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
247 aa  41.6  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1308  transcriptional regulator, MerR family  32.84 
 
 
342 aa  41.6  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0931  MerR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
247 aa  41.6  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1343  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
149 aa  41.6  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3212  MerR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
335 aa  41.6  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.645977  normal  0.909294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3069  MerR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
337 aa  41.6  0.008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1484  MerR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
170 aa  41.6  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3779  MerR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
367 aa  41.2  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1877  transcriptional regulator, MerR family  32.88 
 
 
159 aa  41.2  0.009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1411  MerR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
291 aa  41.2  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000846806  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  30.12 
 
 
300 aa  41.2  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0636  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 
160 aa  41.2  0.009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  24.85 
 
 
319 aa  41.2  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1866  transcriptional regulator  33.33 
 
 
247 aa  41.2  0.01  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190425  hitchhiker  0.000000000849298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1974  MerR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
118 aa  41.2  0.01  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0566268 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6232  MerR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
166 aa  41.2  0.01  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>