253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0774 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 82 aa  167  5e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  79.49 
 
 		 80 aa  134  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  74.07 
 
 		 86 aa  118  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  65.43 
 
 		 85 aa  118  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  67.53 
 
 		 80 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  65.75 
 
 		 86 aa  113  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  60.49 
 
 		 83 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  65.79 
 
 		 80 aa  111  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  68.57 
 
 		 83 aa  110  9e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  63.01 
 
 		 82 aa  109  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  59.26 
 
 		 84 aa  107  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  70 
 
 		 80 aa  106  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  71.01 
 
 		 80 aa  106  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  68.57 
 
 		 74 aa  102  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  68.57 
 
 		 74 aa  102  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  68.57 
 
 		 74 aa  102  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  68.57 
 
 		 74 aa  102  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  68.57 
 
 		 74 aa  102  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  68.57 
 
 		 74 aa  102  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  68.57 
 
 		 74 aa  102  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  68.57 
 
 		 74 aa  102  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  68.57 
 
 		 74 aa  102  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  68.57 
 
 		 74 aa  102  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  67.14 
 
 		 74 aa  102  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2103  RNA-binding protein Hfq  69.7 
 
 		 75 aa  100  5e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1223  RNA-binding protein Hfq  68.18 
 
 		 74 aa  98.6  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846944  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  61.43 
 
 		 76 aa  97.4  6e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  59.42 
 
 		 92 aa  92  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  50.62 
 
 		 84 aa  91.3  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  52.78 
 
 		 77 aa  87.4  6e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  54.93 
 
 		 92 aa  87  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  51.22 
 
 		 84 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  57.58 
 
 		 79 aa  86.3  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  51.22 
 
 		 84 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  51.22 
 
 		 84 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  56.16 
 
 		 88 aa  85.1  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  53.52 
 
 		 77 aa  84.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  53.52 
 
 		 77 aa  84.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  53.52 
 
 		 77 aa  84.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  60.61 
 
 		 90 aa  85.1  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  53.42 
 
 		 82 aa  84.7  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  57.58 
 
 		 77 aa  84.7  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  53.25 
 
 		 83 aa  84.3  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 98 aa  84.3  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 84 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 84 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  53.42 
 
 		 106 aa  83.6  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1760  RNA chaperone Hfq  59.09 
 
 		 86 aa  82.8  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000103863  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  52.05 
 
 		 83 aa  82  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  52 
 
 		 175 aa  82.8  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  50.68 
 
 		 83 aa  82  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 80 aa  80.9  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  46.91 
 
 		 82 aa  80.9  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  48.15 
 
 		 82 aa  80.9  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  51.39 
 
 		 78 aa  80.5  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 82 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  51.39 
 
 		 78 aa  80.5  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 82 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 82 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 82 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  56.72 
 
 		 160 aa  80.5  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  53.03 
 
 		 196 aa  80.5  0.000000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  51.39 
 
 		 78 aa  80.5  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  52 
 
 		 82 aa  80.1  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 80 aa  80.1  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 80 aa  80.1  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  54.55 
 
 		 109 aa  79.7  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  60 
 
 		 84 aa  79.7  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0395  RNA chaperone Hfq  58.21 
 
 		 90 aa  79.3  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000648221  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 82 aa  79.3  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 82 aa  79.3  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0411  RNA chaperone Hfq  58.21 
 
 		 90 aa  78.6  0.00000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.879276  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1533  RNA-binding protein Hfq  52.05 
 
 		 80 aa  77.8  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0326548 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1599  RNA chaperone Hfq  44.3 
 
 		 85 aa  77.4  0.00000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000150457  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 79 aa  76.6  0.00000000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2013  RNA chaperone Hfq  48.57 
 
 		 92 aa  76.6  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1589  RNA-binding protein Hfq  48.65 
 
 		 81 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000194767 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2101  RNA-binding protein Hfq  46.58 
 
 		 79 aa  76.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0726249  normal  0.0347469 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3238  RNA chaperone Hfq  49.25 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1251  RNA chaperone Hfq  45.21 
 
 		 87 aa  75.5  0.0000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2603  RNA-binding protein Hfq  46.58 
 
 		 89 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0475975  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0669  RNA chaperone Hfq  49.21 
 
 		 80 aa  74.7  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2081  RNA-binding protein Hfq  47.14 
 
 		 79 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0916086  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0447  RNA-binding protein Hfq  50.75 
 
 		 81 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2980  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 78 aa  74.3  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  53.12 
 
 		 82 aa  73.9  0.0000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1991  RNA-binding protein Hfq  47.95 
 
 		 96 aa  74.3  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.423806  normal  0.0165954 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 82 aa  73.9  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  48.57 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  46.67 
 
 		 80 aa  73.6  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1286  RNA chaperone Hfq  50.79 
 
 		 80 aa  73.9  0.0000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.519898  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1220  RNA-binding protein Hfq  50.79 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00041911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  55.38 
 
 		 88 aa  73.6  0.0000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  55.38 
 
 		 88 aa  73.6  0.0000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  50.79 
 
 		 80 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  50.79 
 
 		 79 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  50.79 
 
 		 79 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  50.79 
 
 		 79 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  50.79 
 
 		 79 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>