More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0731 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  100 
 
 		 170 aa  347  4e-95  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  51.81 
 
 		 169 aa  187  5.999999999999999e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  47.13 
 
 		 174 aa  159  2e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  46.11 
 
 		 166 aa  154  5.0000000000000005e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  44.85 
 
 		 167 aa  152  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  42.07 
 
 		 166 aa  151  4e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  45.96 
 
 		 170 aa  149  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  45.1 
 
 		 169 aa  147  8e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  46.94 
 
 		 167 aa  144  5e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  40 
 
 		 170 aa  139  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  40.83 
 
 		 171 aa  130  9e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  40.76 
 
 		 177 aa  127  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  39.86 
 
 		 173 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  38.18 
 
 		 171 aa  125  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  40.13 
 
 		 179 aa  124  4.0000000000000003e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  39.88 
 
 		 182 aa  124  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  39.62 
 
 		 201 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  39.1 
 
 		 169 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  35.33 
 
 		 174 aa  112  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  41.96 
 
 		 173 aa  110  7.000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  35.9 
 
 		 192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  35.98 
 
 		 196 aa  106  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  32.72 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  40.82 
 
 		 165 aa  97.8  6e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  35.92 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  35.92 
 
 		 185 aa  93.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  36.25 
 
 		 165 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  36.88 
 
 		 165 aa  92.4  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  36.88 
 
 		 165 aa  92.4  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  37.2 
 
 		 220 aa  90.9  8e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  36.25 
 
 		 170 aa  90.5  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  30 
 
 		 188 aa  90.5  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  35.62 
 
 		 165 aa  89.4  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  33.33 
 
 		 165 aa  89.4  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  36.25 
 
 		 165 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  35 
 
 		 165 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0436  shikimate kinase  32.74 
 
 		 165 aa  88.6  4e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  34.78 
 
 		 165 aa  88.6  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  35 
 
 		 165 aa  87.4  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  33.93 
 
 		 165 aa  87.4  9e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  36.48 
 
 		 165 aa  87  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  29.38 
 
 		 184 aa  86.7  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  33.13 
 
 		 176 aa  86.7  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 166 aa  87  1e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  32.32 
 
 		 189 aa  86.3  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  35.48 
 
 		 220 aa  86.3  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0694  shikimate kinase  33.53 
 
 		 167 aa  85.9  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00295001  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0694  shikimate kinase  34.52 
 
 		 167 aa  85.9  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.233345  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  29.82 
 
 		 171 aa  86.3  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  34.44 
 
 		 182 aa  85.5  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1754  Shikimate kinase  35.09 
 
 		 184 aa  85.5  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  32.28 
 
 		 165 aa  85.5  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  30.59 
 
 		 192 aa  85.5  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 172 aa  84.7  5e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  31.85 
 
 		 182 aa  85.1  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  32.93 
 
 		 207 aa  84.7  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0052  shikimate kinase  34.71 
 
 		 170 aa  84.3  7e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32.1 
 
 		 539 aa  84  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  30.06 
 
 		 171 aa  84  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  30.59 
 
 		 173 aa  83.6  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  32.05 
 
 		 179 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 462 aa  82.8  0.000000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  31.85 
 
 		 180 aa  82.8  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2010  Shikimate kinase  36.42 
 
 		 189 aa  82.4  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000269674 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 454 aa  82  0.000000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  32.28 
 
 		 176 aa  82  0.000000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  31.85 
 
 		 180 aa  82.4  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  29.49 
 
 		 175 aa  81.6  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  31.25 
 
 		 206 aa  82  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  29.3 
 
 		 203 aa  81.3  0.000000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  31.41 
 
 		 174 aa  80.9  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  32.88 
 
 		 436 aa  80.9  0.000000000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  34.44 
 
 		 156 aa  80.9  0.000000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  32.91 
 
 		 235 aa  80.9  0.000000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  32.91 
 
 		 235 aa  80.9  0.000000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  32.91 
 
 		 235 aa  80.9  0.000000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 173 aa  80.5  0.000000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  31.61 
 
 		 187 aa  80.5  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  32.39 
 
 		 173 aa  80.5  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  30.95 
 
 		 183 aa  80.1  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  32.39 
 
 		 173 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  32.39 
 
 		 173 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  32.39 
 
 		 173 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  33.75 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2273  shikimate kinase  33.12 
 
 		 199 aa  79.3  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.151657  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0776  shikimate kinase  33.13 
 
 		 173 aa  78.2  0.00000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  29.94 
 
 		 183 aa  78.2  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  29.88 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  33.54 
 
 		 167 aa  77.8  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  31.03 
 
 		 174 aa  77.8  0.00000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  32.68 
 
 		 172 aa  77.8  0.00000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  31.61 
 
 		 191 aa  77.8  0.00000000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  31.79 
 
 		 190 aa  77.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  31.76 
 
 		 171 aa  77.4  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  28.21 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  32.52 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  30.99 
 
 		 172 aa  77  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  28.83 
 
 		 174 aa  76.6  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  29.82 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  28.57 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>