159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0504 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0504  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  100 
 
 
411 aa  837    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000299856  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0036  capsule biosynthesis protein, putative  35.15 
 
 
351 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3529  capsule biosynthesis protein, putative  36.33 
 
 
349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.198641  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3235  capsule biosynthesis protein, putative  35.8 
 
 
358 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1681  SH3 type 3 domain protein  33.33 
 
 
536 aa  179  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0286  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  34.44 
 
 
348 aa  176  5e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000357505  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0615  capsule biosynthesis protein, putative  33.74 
 
 
340 aa  176  9e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.546592  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3475  putative capsule biosynthesis protein  32.55 
 
 
327 aa  171  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2950  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  32.15 
 
 
331 aa  170  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.21297  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1210  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  32.84 
 
 
324 aa  169  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0483  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  34.13 
 
 
327 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1713  capsule biosynthesis protein CapA  33.1 
 
 
367 aa  166  9e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.680497  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3556  hypothetical protein  34.89 
 
 
373 aa  160  3e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0984898  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1856  hypothetical protein  32.62 
 
 
367 aa  158  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1535  hypothetical protein  33.22 
 
 
372 aa  157  3e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1971  hypothetical protein  32.85 
 
 
367 aa  157  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1719  hypothetical protein  32.85 
 
 
367 aa  157  4e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1855  hypothetical protein  32.85 
 
 
367 aa  157  4e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1584  hypothetical protein  34.75 
 
 
372 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.654532  normal  0.384648 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1671  capsule biosynthesis protein  32.49 
 
 
367 aa  156  6e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1940  hypothetical protein  30.72 
 
 
367 aa  156  7e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1893  hypothetical protein  32.85 
 
 
367 aa  156  7e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1696  capsule biosynthesis protein  32.49 
 
 
367 aa  155  8e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.369686  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3486  hypothetical protein  32.85 
 
 
367 aa  155  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4101  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  35.6 
 
 
588 aa  155  2e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.422401  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0679  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  31.83 
 
 
360 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0464077  n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0064  capsule biosynthesis protein CapA  31.13 
 
 
411 aa  149  8e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2317  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  34.48 
 
 
369 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6169  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  31.38 
 
 
337 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0471744  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2242  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  32.92 
 
 
374 aa  147  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00100002  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1511  Capsule synthesis protein, CapA  34.05 
 
 
338 aa  145  2e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.180166  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0668  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  31.02 
 
 
377 aa  144  3e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.133268  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14130  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  30.42 
 
 
420 aa  141  1.9999999999999998e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0689518  normal  0.290388 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1059  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  34.34 
 
 
390 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1870  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  33.92 
 
 
392 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1192  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  32.97 
 
 
314 aa  139  7.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2389  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  31.8 
 
 
342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2565  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  32.65 
 
 
365 aa  135  9e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2407  Mur ligase middle domain-containing protein  28.83 
 
 
1020 aa  135  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.29011 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2843  Capsule synthesis protein, CapA  29.75 
 
 
387 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2406  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  28.94 
 
 
328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163685  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3669  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  31.62 
 
 
375 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.573213  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0506  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  32.08 
 
 
325 aa  130  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3775  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  32 
 
 
398 aa  130  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4801  capsule biosynthesis protein, putative  29.39 
 
 
365 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3480  Capsule synthesis protein, CapA  32.26 
 
 
346 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0820  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  32.35 
 
 
429 aa  127  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4800  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  31.33 
 
 
360 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0617  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  32.02 
 
 
405 aa  127  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0836  hypothetical protein  30.48 
 
 
364 aa  126  5e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.346342  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1734  putative capsule biosynthesis protein  33.64 
 
 
375 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.720674  normal  0.681474 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1398  putative polyglutamate synthase CapA  30.03 
 
 
360 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46240  hypothetical protein  31.23 
 
 
370 aa  124  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.118841  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0144  hypothetical protein  28.89 
 
 
378 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2260  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  32.28 
 
 
474 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0234655  normal  0.0161393 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10584  hypothetical protein  29.45 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.114132  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0519  hypothetical protein  27.69 
 
 
366 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1991  CapA family protein  33.67 
 
 
378 aa  121  3e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1037  Mur ligase middle domain protein  29.35 
 
 
1584 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57988  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1872  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  28.7 
 
 
356 aa  119  7.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000802014  normal  0.278856 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0169  CapA family protein  33.45 
 
 
369 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0238  hypothetical protein  31.42 
 
 
377 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14480  capsule synthesis protein PGA_cap  28.61 
 
 
379 aa  117  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2483  poly-gamma-glutamate synthesis protein  27.39 
 
 
374 aa  117  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.152076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3859  putative capsule biosynthesis protein  32.64 
 
 
370 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.404083  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2400  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  30.07 
 
 
493 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144034  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3411  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  30.5 
 
 
373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.784569  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0220  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  28.75 
 
 
489 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2312  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  29.93 
 
 
493 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1312  capA protein, putative  30.75 
 
 
395 aa  114  5e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1093  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  29.71 
 
 
397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1489  hypothetical protein  32.82 
 
 
330 aa  112  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000816893  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1460  hypothetical protein  31.48 
 
 
409 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.900612  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0048  polyglutamate synthase  31.48 
 
 
491 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.97464  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0138  Capsule synthesis protein, CapA  29.05 
 
 
397 aa  110  5e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1651  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.15 
 
 
368 aa  110  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0375462  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1548  hypothetical protein  31.48 
 
 
478 aa  110  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.587704  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2244  capA-related protein  27.43 
 
 
388 aa  109  7.000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1797  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  34.58 
 
 
350 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0958  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  27.68 
 
 
607 aa  109  8.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0278824  normal  0.0914422 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1225  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  33.6 
 
 
418 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000030938  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1553  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  30.1 
 
 
466 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.561775  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1691  CapA family protein  29.3 
 
 
370 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2523  poly-gamma-glutamate synthesis protein  26.81 
 
 
368 aa  108  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7265  hypothetical protein  25.25 
 
 
431 aa  106  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0657  poly-gamma-glutamic synthesis  28.78 
 
 
329 aa  105  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.801382  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0638  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  30.51 
 
 
483 aa  104  3e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.379007  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2688  hypothetical protein  27.68 
 
 
712 aa  104  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.486891  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4946  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  27.16 
 
 
440 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0814916  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2278  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  30.03 
 
 
396 aa  103  7e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1556  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  32.05 
 
 
415 aa  102  9e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0509053  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1318  polyglutamate synthase  30.96 
 
 
377 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2679  Mur ligase middle domain-containing protein  31.3 
 
 
403 aa  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2631  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  30.15 
 
 
369 aa  101  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2329  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  27.82 
 
 
383 aa  100  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3259  hypothetical protein  27.53 
 
 
710 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.962957  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11420  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  27.34 
 
 
450 aa  99.8  7e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108091  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2477  CapA family protein  28.36 
 
 
388 aa  99.8  8e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.125105  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0698  Capsule synthesis protein, CapA  26.37 
 
 
373 aa  99.4  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0726  CapA domain protein  27.27 
 
 
450 aa  99.4  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000469143  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>