More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0447 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0447  sporulation sigma factor SigE  100 
 
 
244 aa  484  1e-136  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000743913  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2062  sporulation sigma factor SigE  83.61 
 
 
243 aa  408  1e-113  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000360983  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0852  sporulation sigma factor SigE  70.83 
 
 
243 aa  344  7e-94  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0114797  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2001  sporulation sigma factor SigE  71.13 
 
 
241 aa  336  1.9999999999999998e-91  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000755771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1066  sporulation sigma factor SigE  72.2 
 
 
241 aa  335  3.9999999999999995e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000178993  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0686  sporulation sigma factor SigE  76.17 
 
 
241 aa  333  1e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.144622  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1290  sporulation sigma factor SigE  73.95 
 
 
249 aa  328  4e-89  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1900  sporulation sigma factor SigE  67.63 
 
 
239 aa  328  6e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09150  sporulation sigma factor SigE  67.62 
 
 
245 aa  328  6e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000261644  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1030  sporulation sigma factor SigE  67.63 
 
 
239 aa  328  7e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000129886  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1310  sporulation sigma factor SigE  75.46 
 
 
239 aa  327  1.0000000000000001e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000184343  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1426  sporulation sigma factor SigE  74.18 
 
 
241 aa  324  7e-88  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.126635  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3949  sporulation sigma factor SigE  68.2 
 
 
239 aa  324  9e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000781708  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3755  sporulation sigma factor SigE  68.2 
 
 
239 aa  324  9e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00369355  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3957  sporulation sigma factor SigE  68.2 
 
 
239 aa  324  9e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000112899  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3646  sporulation sigma factor SigE  68.2 
 
 
239 aa  324  9e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000510031  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3663  sporulation sigma factor SigE  68.2 
 
 
239 aa  324  9e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000395259  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4043  sporulation sigma factor SigE  68.2 
 
 
239 aa  324  9e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123936  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1236  sporulation sigma factor SigE  68.2 
 
 
239 aa  324  9e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000024975  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4005  sporulation sigma factor SigE  68.2 
 
 
239 aa  324  9e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00100878  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3918  sporulation sigma factor SigE  68.2 
 
 
239 aa  324  9e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000071882 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2015  sporulation sigma factor SigE  74.07 
 
 
235 aa  323  1e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.785691  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1733  sporulation sigma factor SigE  74.07 
 
 
235 aa  323  1e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0265453  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2553  sporulation sigma factor SigE  68.2 
 
 
239 aa  323  1e-87  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000344705  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3731  sporulation sigma factor SigE  67.36 
 
 
239 aa  320  9.000000000000001e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000278458  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4054  sporulation sigma factor SigE  73.3 
 
 
249 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000091924  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2469  sporulation sigma factor SigE  72.56 
 
 
246 aa  303  1.0000000000000001e-81  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130703  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1553  sporulation sigma factor SigE  66.51 
 
 
242 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000347236  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0835  sporulation sigma factor SigE  68 
 
 
240 aa  302  4.0000000000000003e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.935984  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0787  sporulation sigma factor SigE  68.52 
 
 
244 aa  297  9e-80  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.761292  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0982  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  45.11 
 
 
256 aa  203  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1501  sporulation sigma factor SigK  50.24 
 
 
231 aa  202  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2798  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigK  49.29 
 
 
234 aa  202  4e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1012  sporulation sigma factor SigK  47.6 
 
 
236 aa  194  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2021  sporulation sigma factor SigK  46.01 
 
 
233 aa  191  8e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.653409  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1738  sporulation sigma factor SigK  46.01 
 
 
233 aa  191  8e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.475543  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1582  sporulation sigma factor SigK  49.22 
 
 
226 aa  190  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000492275  normal  0.195753 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05860  sporulation sigma factor SigK  48.79 
 
 
232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000165586  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3546  sporulation sigma factor SigK  44.08 
 
 
249 aa  184  9e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0517  sporulation sigma factor SigK  43.9 
 
 
244 aa  182  3e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4421  sporulation sigma factor SigK  48.34 
 
 
265 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2471  sporulation sigma factor SigK  48.18 
 
 
236 aa  181  7e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4236  sporulation sigma factor SigK  48.34 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4074  sporulation sigma factor SigK  48.34 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4084  sporulation sigma factor SigK  48.34 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4190  sporulation sigma factor SigK  48.34 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4566  sporulation sigma factor SigK  48.34 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4459  sporulation sigma factor SigK  48.34 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177817  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4472  sporulation sigma factor SigK  48.34 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0778  sporulation sigma factor SigK  48.34 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.377161  hitchhiker  0.0088749 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0982  sporulation sigma factor SigK  47.51 
 
 
245 aa  181  9.000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3065  sporulation sigma factor SigK  48.34 
 
 
237 aa  180  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2020  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigK  44.22 
 
 
239 aa  180  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.851025  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0736  sporulation sigma factor SigK  43.32 
 
 
219 aa  177  1e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000259555  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2655  sporulation sigma factor SigK  44.02 
 
 
232 aa  168  9e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2290  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  45.36 
 
 
207 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.345877  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4418  RNA polymerase sigma-K factor  53.39 
 
 
149 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1770  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  51.28 
 
 
114 aa  108  8.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.692748  normal  0.378996 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1291  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigG  35.48 
 
 
259 aa  106  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1425  sporulation sigma factor SigG  34.14 
 
 
255 aa  105  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00153435  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0853  sporulation sigma factor SigG  32.67 
 
 
272 aa  105  6e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0182418  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0788  sporulation sigma factor SigG  33.07 
 
 
255 aa  104  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.667987  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1552  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigG  32.13 
 
 
256 aa  103  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178805  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0997  sigma-70 region 2 domain-containing protein  56.12 
 
 
118 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09160  sporulation sigma factor SigG  32.02 
 
 
260 aa  102  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000197734  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0448  sporulation sigma factor SigG  33.2 
 
 
257 aa  102  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000243038  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2061  sporulation sigma factor SigG  34.01 
 
 
257 aa  100  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147139  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1067  sporulation sigma factor SigG  31.56 
 
 
257 aa  98.6  7e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000166979  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0912  sigma-70 region 4 domain-containing protein  43.75 
 
 
118 aa  98.6  8e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0687  sporulation sigma factor SigG  32.53 
 
 
257 aa  98.6  8e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1732  sporulation sigma factor SigG  31.54 
 
 
257 aa  97.4  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0249664  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2014  sporulation sigma factor SigG  31.54 
 
 
257 aa  97.1  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1031  sporulation sigma factor SigG  30.95 
 
 
259 aa  96.3  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000174079  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3948  sporulation sigma factor SigG  30.42 
 
 
289 aa  95.5  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000196829  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3917  sporulation sigma factor SigG  30.42 
 
 
259 aa  95.9  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000372162 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3754  sporulation sigma factor SigG  30.42 
 
 
289 aa  95.5  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000419985  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3645  sporulation sigma factor SigG  30.42 
 
 
289 aa  95.5  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.74076e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3662  sporulation sigma factor SigG  30.42 
 
 
289 aa  95.5  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000167357  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3955  sporulation sigma factor SigG  30.42 
 
 
259 aa  95.9  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000614575  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4042  sporulation sigma factor SigG  30.42 
 
 
259 aa  95.9  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000307551  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2552  sporulation sigma factor SigG  30.42 
 
 
259 aa  95.5  6e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000004552  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4004  sporulation sigma factor SigG  30.42 
 
 
259 aa  95.9  6e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000100542  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0501  sigma 28 (flagella/sporulation)  45.65 
 
 
126 aa  95.1  8e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0836  sporulation sigma factor SigG  31.8 
 
 
234 aa  95.1  9e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.904059  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1901  sporulation sigma factor SigG  31.35 
 
 
259 aa  94.7  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2000  sporulation sigma factor SigG  30.71 
 
 
256 aa  94.7  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000480045  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2468  sporulation sigma factor SigG  31.64 
 
 
260 aa  94.4  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000740675  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1311  sporulation sigma factor SigG  34.14 
 
 
269 aa  94  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000268367  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1237  sporulation sigma factor SigG  30.04 
 
 
259 aa  94  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000299824  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4053  sporulation sigma factor SigG  33.19 
 
 
257 aa  94  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000132793  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3730  sporulation sigma factor SigG  30.04 
 
 
292 aa  93.2  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000187869  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0120  RNA polymerase, sigma 28 subunit  32.46 
 
 
246 aa  93.2  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2870  sporulation sigma factor SigG  30.52 
 
 
273 aa  92.8  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000515832  hitchhiker  0.0000000000171975 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1680  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  32.63 
 
 
232 aa  91.7  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1358  RNA polymerase, sigma 28 subunit  29.29 
 
 
258 aa  89.7  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.317901  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1559  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  34.98 
 
 
246 aa  89.4  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2284  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigF  30.83 
 
 
249 aa  87.8  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1737  putative RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  43.24 
 
 
113 aa  88.2  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0277937 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0975  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  27.27 
 
 
285 aa  87.4  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.0000391946  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2771  sporulation sigma factor SigF  28.69 
 
 
252 aa  87  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000547183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>